Il s'agit de la commande bp_fetchp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
bp_fetch.pl - récupère les séquences des bases de données indexées bioperl
SYNOPSIS
bp_fetch.pl suisse:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl net ::genbank:JX295726
bp_fetch.pl net::genpept:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl ace::myserver.somewhere.edu,21000:X56676
bp_fetch.pl -fmt GCG suisse:ROA1_HUMAN
DESCRIPTION
Récupère les séquences à l'aide des systèmes d'accès aux bases de données dans Bioperl. L'utilisation la plus courante est
pour bp_fetch des séquences à partir des index bioperl construits à l'aide de bpindex.pl, ou pour récupérer des séquences
sur le site du NCBI
Le format de récupération des séquences est volontairement similaire au format GCG/EMBOSS comme le
Suivante à la suite:
base de données:nom
avec le potentiel de mettre dans un type de base de données « méta », étant
méta::db:nom
Les méta-informations peuvent être de l'un des trois types
local - base de données de fichiers plats indexés locaux
net - en réseau http: base de données basée
ace - base de données ACeDB
Ces informations sont par défaut « locales » pour les noms de base de données sans informations sur la méta db
OPTIONS
-fmt - Format de sortie
Fasta (par défaut), EMBL, Raw, suisse ou GCG
-acc - la chaîne est un numéro d'accession, pas un
id.
options uniquement pour un usage expert
-dir - répertoire pour trouver les fichiers d'index
(remplace la variable d'environnement BIOPERL_INDEX)
-taper - type de fichier DBM à ouvrir
(remplace la variable d'environnement BIOPERL_INDEX_TYPE)
ENVIRONNEMENT
bp_index et bp_fetch coordonnent où se trouvent les bases de données en utilisant la variable d'environnement
BIOPERL_INDEX. Cela peut être remplacé à l'aide de l'option -dir. Le type d'index (SDBM ou
DB_File ou un autre fichier d'index) est contrôlé par la variable BIOPERL_INDEX_TYPE. Cette
par défaut SDBM_File
EN UTILISANT IT TOI MÊME
bp_fetch est un wrapper autour des modules bioperl qui prennent en charge le Bio::DB::BioSeqI
interface abstraite. Ceux-ci inclus:
Code auteur
James Gilbert - Indexeur Fasta, Indexeur abstrait
Aaron Mackay - Accès aux bases de données GenBank et GenPept
Ewan Birney - indexeur EMBL .dat
Beaucoup de gens - code SeqIO
Ces modules peuvent être utilisés directement, ce qui est bien mieux que d'utiliser ce script comme système
appel ou un tube à lire. Lisez le code source de bp_fetch pour voir comment il est utilisé.
EXTENSION IT
bp_fetch utilise un certain nombre de modules différents pour fournir un accès aux bases de données. N'importe quel module
qui souscrit à l'interface Bio::DB::BioSeqI peut être utilisé ici. Pour fichier plat
indexeurs, cela est mieux fait en étendant Bio::Index::Abstract, comme cela est fait dans
Bio::Index::EMBL et Bio::Index::Fasta. Pour accéder à d'autres bases de données, vous devrez
rouler votre propre interface.
Pour les nouveaux formats de sortie, vous devez ajouter un nouveau module SeqIO. Le plus simple est de regarder
à Bio::SeqIO::Fasta et découvrez comment le pirater pour votre propre format (appelez-le quelque chose
différent évidemment).
COMMENTAIRES
Mailing Liste
Les commentaires des utilisateurs font partie intégrante de l'évolution de ce module et d'autres modules Bioperl. Envoyer
vos commentaires et suggestions de préférence sur la liste de diffusion Bioperl. Votre participation
est très apprécié.
[email protected] - Discussion générale
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - À propos des listes de diffusion
Reporting Bugs
Signalez les bogues au système de suivi des bogues de Bioperl pour nous aider à suivre les bogues et leurs
résolution. Les rapports de bogues peuvent être soumis via le Web :
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
Utilisez bp_fetchp en ligne à l'aide des services onworks.net
