Il s'agit de la commande exactSNP qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
exactSNP - un appelant SNP qui découvre les SNP en testant les signaux par rapport à l'arrière-plan local
bruits
UTILISATION
SNP exact [choix] -i contribution -g référence_génome -o sortie
Arguments requis :
-i
Spécifiez le nom d'un fichier d'entrée, y compris les résultats de mappage de lecture. Les
[-b si BAM] le format du fichier d'entrée peut être SAM ou BAM (-b doit être spécifié
si un fichier BAM est fourni).
-g
Spécifiez le nom du fichier, y compris toutes les séquences de référence. Un seul FASTA
fichier de format doit être fourni.
-o
Spécifiez le nom du fichier de sortie. Ce programme génère un fichier au format VCF qui
comprend les SNP découverts.
Arguments facultatifs :
-a
Fournissez un ensemble de SNP annotés (par exemple, les SNP inclus dans la base de données dbSNP). Les
le fichier fourni doit être au format VCF. Fournir des SNP connus au programme devrait
améliorer ses performances d'appel SNP. Notez que les SNP fournis peuvent ou non être
appelé.
-b Indiquez le fichier d'entrée fourni via -i est au format BAM.
-Q
Spécifiez le seuil de valeur q pour les appels SNP à une profondeur de séquençage de 50X. 12 par
défaut. Le seuil de valeur p correspondant est 10^(-1*Q). Notez que ce programme
ajuste automatiquement la coupure de la valeur q en fonction de la profondeur de séquençage à chaque
localisation chromosomique.
-f Spécifiez la fraction minimale de bases mal appariées contenant un SNP
l'emplacement doit avoir. Sa valeur doit être comprise entre 0 et 1. 0 par défaut.
-n
Spécifiez le nombre minimum de bases non concordantes qu'un emplacement contenant un SNP doit
ont. 1 par défaut.
-r
Spécifiez le nombre minimum de lectures mappées qu'un emplacement contenant SNP doit avoir (c.
la couverture minimale). 1 par défaut.
-x
Spécifiez le nombre maximal de lectures mappées qu'un emplacement contenant SNP a.
3000 par défaut. Tout emplacement ayant plus que le nombre seuil de lectures sera
pas être pris en compte pour les appels SNP. Cette option est utile pour supprimer la PCR
des artefacts.
-s
Spécifiez les scores de qualité de base minimum (scores Phred) que les bases de lecture doivent satisfaire pour
être utilisé pour les appels SNP. 13 par défaut. Lire les bases avec des scores de qualité inférieurs à 13
seront exclus de l'analyse.
-t
Spécifiez le nombre de bases coupées à chaque extrémité de la lecture. 3 par défaut.
-T
Spécifiez le nombre de threads. 1 par défaut.
-v version de sortie du programme.
Mise en situation :
SNP exact -i mon-alignement.sam -g mm10.fa -o mes-SNPs.txt
Utilisez exactSNP en ligne en utilisant les services onworks.net
