gmx-chi - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx-chi - Calculez tout ce que vous voulez savoir sur le chi et les autres dièdres

SYNOPSIS

gmx chi [-s [<.gro/.g96/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-ss [<.dat>]]
[-o [<.xvg>]] [-p [<.pdb>]] [-jc [<.xvg>]] [-corr [<.xvg>]]
[-g [<.log>]] [-pas [<.xvg>]] [-Oh [<.xvg>]] [-rt [<.xvg>]]
[-cp [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ] [-[maintenant]
[-xvg ] [-r0 ] [-[non]phi] [-[pas]psi] [-[pas]oméga]
[-[non]rama] [-[non]viole] [-[pas]périodique] [-[non]tout] [-[non]rad]
[-[pas] de décalage] [-largeur de bac ] [-core_rotamer ]
[-maxchi ] [-[non]normhisto] [-[pas] de ramomega]
[-bfait ] [-[non]chi_prod] [-[non]HChi] [-bmax ]
[-aflen ] [-[non]normaliser] [-P ] [-fitfn ]
[-commencer ] [-ajustement d'extrémité ]

DESCRIPTION

gmx chi calcule les dièdres phi, psi, oméga et chi pour tous vos acides aminés et
chaînes latérales. Il peut calculer l'angle dièdre en fonction du temps et sous forme d'histogramme
répartitions. Les répartitions (histo-(dièdre)(RESIDUE).xvg) sont cumulatifs sur l'ensemble
résidus de chaque type.

Si option -corr est donné, le programme calculera les fonctions d'autocorrélation dièdres.
La fonction utilisée est C(t) = . L'utilisation de cosinus plutôt
que les angles eux-mêmes, résout le problème de la périodicité. (Van der Spoel & Berendsen
(1997), Biophys. J. 72, 2032-2041). Fichiers séparés pour chaque dièdre de chaque résidu
(corr(dièdre)(RESIDUE)(nresnr).xvg) sont générés, ainsi qu'un fichier contenant les
informations pour tous les résidus (argument de -corr).

Avec l'option -tout, les angles eux-mêmes en fonction du temps pour chaque résidu sont imprimés
séparer les fichiers (dièdre)(RESIDUE)(nresnr).xvg. Ceux-ci peuvent être en radians ou en degrés.

Un fichier journal (argument -g) est également écrit. Cela contient

· des informations sur le nombre de résidus de chaque type.

· Les constantes de couplage RMN ^3J issues de l'équation de Karplus.

· un tableau pour chaque résidu du nombre de transitions entre rotamères par
nanoseconde, et le paramètre d'ordre S^2 de chaque dièdre.

· un tableau pour chaque résidu d'occupation rotamère.

Tous les rotamères sont considérés comme triples, à l'exception des dièdres oméga et chi aux groupes planaires
(c'est-à-dire chi_2 des aromatiques, Asp et Asn ; chi_3 de Glu et Gln ; et chi_4 de Arg), qui sont
2 fois. "rotamère 0" signifie que le dièdre n'était pas dans la région centrale de chaque rotamère.
La largeur de la région centrale peut être réglée avec -core_rotamer

Les paramètres d'ordre S^2 sont également sortis vers un .xvg fichier (argument -o ) et éventuellement comme
a .pdb fichier avec les valeurs S^2 comme facteur B (argument -p). Le nombre total de rotamer
transitions par pas de temps (argument -pas), le nombre de transitions par rotamer (argument
-rt), et les couplages ^3J (argument -jc), peut également être écrit sur .xvg des dossiers. Noter que
l'analyse des transitions rotamères suppose que les repères de trajectoire fournis sont
équidistants dans le temps.

If -chi_prod est défini (et -maxchi > 0), rotamers cumulatifs, par ex.
1+9(chi_1-1)+3(chi_2-1)+(chi_3-1) (si le résidu a trois dièdres triples et -maxchi
>= 3) sont calculés. Comme auparavant, si un dièdre n'est pas dans la région centrale, le rotamère est
pris égal à 0. Les occupations de ces rotamers cumulés (commençant par rotamer 0) sont
écrit dans le fichier qui est l'argument de -cpet si le -tout drapeau est donné, le
rotamers en tant que fonctions du temps sont écrits sur chiproduct(RESIDUE)(nresnr).xvg et leur
occupations à histo-chiproduct(RESIDUE)(nresnr).xvg.

L'option -r génère un tracé de contour de l'angle oméga moyen en fonction du phi
et les angles psi, c'est-à-dire que dans un tracé de Ramachandran, l'angle oméga moyen est tracé en utilisant
code de couleurs.

OPTIONS

Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-s [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
Fichier de structure : gro g96 pdb brk ent esp tpr

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-ss [<.dat>] (ssdump.dat) (Facultatif)
Fichier de données générique

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-o [<.xvg>] (commande.xvg)
fichier xvgr/xmgr

-p [<.pdb>] (commande.pdb) (Facultatif)
Fichier de banque de données de protéines

-jc [<.xvg>] (Jcouplage.xvg)
fichier xvgr/xmgr

-corr [<.xvg>] (dihcorr.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-g [<.log>] (chi.log)
Fichier journal

-pas [<.xvg>] (dihtrans.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-Oh [<.xvg>] (trhisto.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-rt [<.xvg>] (restrans.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-cp [<.xvg>] (chiprodhisto.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

D'autres options:

-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)

-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps et .pdb fichiers

-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun

-r0 (1)
résidu de départ

-[non]phi (non)
Sortie pour les angles dièdres phi

-[pas]psi (non)
Sortie pour les angles dièdres psi

-[pas]oméga (non)
Sortie pour les dièdres oméga (liaisons peptidiques)

-[non]rama (non)
Générer des graphiques de Ramachandran phi/psi et chi_1/chi_2

-[non]viole (non)
Écrivez un fichier qui donne 0 ou 1 pour les angles de Ramachandran violés

-[pas]périodique (Oui)
Imprimer des angles dièdres modulo 360 degrés

-[non]tout (non)
Sortez des fichiers séparés pour chaque dièdre.

-[non]rad (non)
dans les fichiers d'angle par rapport au temps, utilisez des radians plutôt que des degrés.

-[pas] de décalage (non)
Calculer les déplacements chimiques à partir des angles phi/psi

-largeur de bac (1)
largeur du bac pour les histogrammes (degrés)

-core_rotamer (0.5)
seulement la centrale -core_rotamer*(360/multiplicité) appartient à chaque rotamère (le reste
est affecté au rotamère 0)

-maxchi (0)
calculer les premiers dièdres ndih chi : 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6

-[non]normhisto (Oui)
Normaliser les histogrammes

-[pas] de ramomega (non)
calculer l'oméga moyen en fonction de phi/psi et le tracer dans un .xpm parcelle

-bfait (-1)
Valeur du facteur B pour .pdb fichier pour les atomes sans paramètre d'ordre dièdre calculé

-[non]chi_prod (non)
calculer un seul rotamère cumulé pour chaque résidu

-[non]HChi (non)
Inclure les dièdres aux hydrogènes à chaîne latérale

-bmax (0)
Facteur B maximal sur l'un des atomes qui composent un dièdre, pour le dièdre
angle à prendre en compte dans les statistiques. S'applique au travail de base de données où un certain nombre de
Les structures aux rayons X sont analysées. -bmax <= 0 signifie aucune limite.

-aflen (-1)
Longueur de l'ACF, la valeur par défaut est la moitié du nombre d'images

-[non]normaliser (Oui)
Normaliser ACF

-P (0)
Ordre du polynôme de Legendre pour ACF (0 indique aucun): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Aucun)
Fonction d'ajustement : aucune, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-commencer (0)
Moment où commencer l'ajustement exponentiel de la fonction de corrélation

-ajustement d'extrémité (-1)
Temps où se termine l'ajustement exponentiel de la fonction de corrélation, -1 est jusqu'à ce que le
fin

CONNUE QUESTIONS

· Produit BEAUCOUP de fichiers de sortie (jusqu'à environ 4 fois le nombre de résidus dans la protéine,
deux fois plus si les fonctions d'autocorrélation sont calculées). Généralement plusieurs centaines de fichiers
sont sorties.

· Les dièdres phi et psi sont calculés de manière non standard, en utilisant HN-CA-C pour phi
au lieu de C(-)-N-CA-C, et N-CA-CO pour psi au lieu de N-CA-CN(+). Ce qui provoque
écarts (généralement petits) avec la sortie d'autres outils comme gmx cadre.

· -r0 l'option ne fonctionne pas correctement

· Les rotamères de multiplicité 2 sont imprimés en chi.log comme s'ils avaient la multiplicité 3, avec
le 3e (g(+)) ayant toujours la probabilité 0

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