gmx-cluster - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx-cluster - Structures de cluster

SYNOPSIS

cluster gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-dm [<.xpm>]] [-om [<.xpm>]] [-o [<.xpm>]] [-g [<.log>]]
[-dist [<.xvg>]] [-ev [<.xvg>]] [-conv. [<.xvg>]]
[-sz [<.xvg>]] [-tr [<.xpm>]] [-ntr [<.xvg>]]
[-clid [<.xvg>]] [-cl [<.xtc/.trr/...>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-toi ] [-[maintenant]
[-xvg ] [-[no]dista] [-nniveaux ]
[-couper ] [-[pas] en forme] [-max ] [-sauter ]
[-[non]av] [-wcl ] [-nst ] [-rmsmin ]
[-méthode ] [-instruire ] [-[no]binaire]
[-M ] [-P ] [-la graine ] [-nitre ]
[-naléatoire ] [-kT ] [-[non]pbc]

DESCRIPTION

gmx grappe peut regrouper des structures en utilisant plusieurs méthodes différentes. Distances entre
les structures peuvent être déterminées à partir d'une trajectoire ou lues à partir d'un .xpm fichier matriciel avec le
-dm option. L'écart RMS après ajustement ou l'écart RMS des distances des paires d'atomes peut être
utilisé pour définir la distance entre les structures.

liaison simple : ajouter une structure à un cluster lorsque sa distance à n'importe quel élément du
cluster est inférieur à coupure.

Jarvis Patrick : ajouter une structure à un cluster lorsque cette structure et une structure dans le
cluster ont comme voisins et ils ont au moins P voisins en commun. Les
voisins d'une structure sont les M structures les plus proches ou toutes les structures à l'intérieur coupure.

Monte Carlo : réordonner la matrice RMSD à l'aide de Monte Carlo de telle sorte que l'ordre des trames
utilise les plus petits incréments possibles. Avec cela, il est possible de faire un lisse
animation passant d'une structure à une autre avec le plus grand RMSD possible (ex.)
entre eux, cependant les étapes intermédiaires doivent être aussi petites que possible. Applications
pourrait être de visualiser un potentiel de force moyenne ensemble de simulations ou une traction
simulation. Il est évident que l'utilisateur doit bien préparer la trajectoire (par exemple en ne
superposition de cadres). Le résultat final peut être inspecté visuellement en regardant la matrice
.xpm fichier, qui devrait varier en douceur de bas en haut.

diagonalisation : diagonaliser la matrice RMSD.

gromos : utiliser l'algorithme tel que décrit dans Daura et Al. (Angew. Chem. Int. Ed. 1999, 38, pp
236-240). Comptez le nombre de voisins en utilisant la coupure, prenez la structure avec le plus grand nombre de
voisins avec tous ses voisins comme cluster et l'éliminer du pool de clusters.
Répétez l'opération pour les structures restantes dans la piscine.

Lorsque l'algorithme de clustering affecte chaque structure à exactement un cluster (un seul
liaison, Jarvis Patrick et gromos) et un fichier de trajectoire est fourni, la structure avec
la plus petite distance moyenne aux autres ou à la structure moyenne ou à toutes les structures pour
chaque cluster sera écrit dans un fichier de trajectoire. Lors de l'écriture de toutes les structures, séparez
des fichiers numérotés sont créés pour chaque cluster.

Deux fichiers de sortie sont toujours écrits :

· -o écrit les valeurs RMSD dans la moitié supérieure gauche de la matrice et un graphique
représentation des grappes dans la moitié inférieure droite lorsque -instruire = 1 le graphique
la représentation est noire lorsque deux structures sont dans le même cluster. Lorsque -instruire > 1
des couleurs différentes seront utilisées pour chaque cluster.

· -g écrit des informations sur les options utilisées et une liste détaillée de tous les clusters et
leurs membres.

De plus, un certain nombre de fichiers de sortie facultatifs peuvent être écrits :

· -dist écrit la distribution RMSD.

· -ev écrit les vecteurs propres de la diagonalisation de la matrice RMSD.

· -sz écrit les tailles de cluster.

· -tr écrit une matrice du nombre de transitions entre les paires de clusters.

· -ntr écrit le nombre total de transitions vers ou depuis chaque cluster.

· -clid écrit le numéro de cluster en fonction du temps.

· -cl écrit la moyenne (avec option -un V) ou structure centrale de chaque cluster ou écrit
fichiers numérotés avec des membres de cluster pour un ensemble sélectionné de clusters (avec option -wcl,
dépend -nst et -rmsmin). Le centre d'un cluster est la structure avec le
le plus petit RMSD moyen de toutes les autres structures du cluster.

OPTIONS

Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Facultatif)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Facultatif)
Structure+masse(db) : tpr gro g96 pdb freiner

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index

-dm [<.xpm>] (rmsd.xpm) (Facultatif)
Fichier de matrice compatible X PixMap

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-om [<.xpm>] (rmsd-raw.xpm)
Fichier de matrice compatible X PixMap

-o [<.xpm>] (rmsd-clust.xpm)
Fichier de matrice compatible X PixMap

-g [<.log>] (cluster.log)
Fichier journal

-dist [<.xvg>] (rmsd-dist.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-ev [<.xvg>] (rmsd-eig.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-conv. [<.xvg>] (mc-conv.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-sz [<.xvg>] (clust-taille.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-tr [<.xpm>] (clust-trans.xpm) (Facultatif)
Fichier de matrice compatible X PixMap

-ntr [<.xvg>] (clust-trans.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-clid [<.xvg>] (identifiant de cluster.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-cl [<.xtc/.trr/...>] (clusters.pdb) (Facultatif)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

D'autres options:

-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)

-toi (pss)
Unité pour les valeurs de temps : fs, ps, ns, us, ms, s

-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps et .pdb fichiers

-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun

-[no]dista (non)
Utiliser le RMSD des distances au lieu de l'écart RMS

-nniveaux (40)
Discrétiser la matrice RMSD dans ce nombre de niveaux

-couper (0.1)
coupure RMSD (nm) pour que deux structures soient voisines

-[pas] en forme (Oui)
Utiliser l'ajustement des moindres carrés avant le calcul du RMSD

-max (-1)
Niveau maximum dans la matrice RMSD

-sauter (1)
Analyser uniquement chaque n-ième image

-[non]av (non)
Écrire la structure moyenne iso moyenne pour chaque cluster

-wcl (0)
Écrire les structures de ce nombre de clusters dans des fichiers numérotés

-nst (1)
N'écrivez toutes les structures que si plus de ce nombre de structures par cluster

-rmsmin (0)
différence minimale efficace avec le reste du cluster pour l'écriture des structures

-méthode (lien)
Méthode de détermination des grappes : liaison, jarvis-patrick, monte-carlo,
diagonalisation, gromos

-instruire (1)
Nombre minimum de structures en cluster pour la coloration dans le .xpm filet

-[no]binaire (non)
Traitez la matrice RMSD comme composée de 0 et 1, où le seuil est donné par
-couper

-M (10)
Nombre de voisins les plus proches pris en compte pour l'algorithme Jarvis-Patrick, 0 est utilisé
coupure

-P (3)
Nombre de voisins identiques les plus proches requis pour former un cluster

-la graine (1993)
Graine de nombre aléatoire pour l'algorithme de clustering Monte Carlo : <= 0 signifie générer

-nitre (10000)
Nombre d'itérations pour MC

-naléatoire (0)
Les premières itérations pour MC peuvent être effectuées de manière complètement aléatoire, pour mélanger les images

-kT (0.001)
Facteur de pondération de Boltzmann pour l'optimisation Monte Carlo (zéro s'éteint en montée
pas)

-[non]pbc (Oui)
chèque PBC

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