Il s'agit de la commande gmx-density qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-density - Calculer la densité du système
SYNOPSIS
densité gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-Oeuf [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[maintenant] [-xvg ] [-d ]
[-sl ] [-tanières ] [-ng ] [-[pas]centre]
[-[non]sym] [-[pas] de parenté]
DESCRIPTION
gmx densité calcule les densités partielles à travers la boîte, en utilisant un fichier d'index.
Pour la densité totale des simulations NPT, utilisez gmx énergie à la place.
Option -centre effectue le regroupement d'histogrammes par rapport au centre d'un élément arbitraire
groupe, en coordonnées de boîte absolues. Si vous calculez des profils le long de la zone de l'axe Z
dimension bZ, la sortie serait de -bZ/2 à bZ/2 si vous centrez sur l'ensemble du système.
Notez que ce comportement a changé dans GROMACS 5.0 ; les versions antérieures effectuaient simplement un
binning statique en (0,bZ) et décalé la sortie. Calculons maintenant le centre de chaque image
et bin dans (-bZ/2,bZ/2).
Option -sym symétrise la sortie autour du centre. Cela s'allumera automatiquement
-centre trop. Option -relatif effectue le binning en relatif au lieu de la boîte absolue
coordonne et met à l'échelle la sortie finale avec la dimension moyenne de la boîte le long de la sortie
axe. Ceci peut être utilisé en combinaison avec -centre.
Les densités sont en kg/m^3, et les densités numériques ou les densités électroniques peuvent également être
calculé. Pour les densités électroniques, un fichier décrivant le nombre d'électrons pour chaque
type d'atome doit être fourni en utilisant -Oeuf. Cela devrait ressembler à :
2
nom_atome = nrelectrons
nom_atome = nrelectrons
La première ligne contient le nombre de lignes à lire dans le fichier. il devrait y en avoir un
ligne pour chaque nom d'atome unique dans votre système. Le nombre d'électrons pour chaque atome est
modifié par sa charge partielle atomique.
CONSIDÉRATIONS IMPORTANTES POUR LES BILAYERS
L'un des scénarios d'utilisation les plus courants consiste à calculer la densité de divers groupes
à travers une bicouche lipidique, généralement avec l'axe z étant la direction normale. Pour faire court
simulations, petits systèmes et tailles de boîtes fixes, cela fonctionnera bien, mais pour les plus
le cas général des bicouches lipidiques peut être compliqué. Le premier problème que tandis que les deux
les protéines et les lipides ont une faible compressibilité volumique, les lipides ont une surface assez élevée
compressibilité. Cela signifie que la forme de la boîte (épaisseur et surface/lipide) fluctuera
sensiblement même pour un système entièrement détendu. Puisque GROMACS place la boîte entre le
origine et coordonnées positives, cela signifie à son tour qu'une bicouche centrée dans la boîte
se déplacera un peu vers le haut/bas en raison de ces fluctuations et brouillera votre profil. Le plus facile
moyen de résoudre ce problème (si vous voulez un couplage de pression) est d'utiliser le -centre option qui
calcule le profil de densité par rapport au centre de la boîte. Notez que vous pouvez
toujours centré sur la partie bicouche même si vous avez un système non symétrique complexe avec un
bicouche et, disons, les protéines membranaires - alors notre sortie aura simplement plus de valeurs sur un
côté de la référence d'origine (centre).
Même le calcul centré entraînera un brouillage des profils de sortie, car
les lipides eux-mêmes sont comprimés et dilatés. Dans la plupart des cas, vous voulez probablement ceci (puisque
cela correspond à des expériences macroscopiques), mais si vous voulez regarder des détails moléculaires
vous pouvez utiliser la -relatif option pour tenter de supprimer encore plus les effets de volume
les fluctuations.
Enfin, les grandes bicouches qui ne sont pas soumises à une tension superficielle présenteront des ondulations
fluctuations, où des « ondes » se forment dans le système. C'est un fondamental
propriété du système biologique, et si vous comparez avec des expériences, vous
voulez inclure l'effet de maculage d'ondulation.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fichier d'entrée d'exécution portable xdr
-Oeuf [<.dat>] (électrons.dat) (Facultatif)
Fichier de données générique
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-o [<.xvg>] (densité.xvg)
fichier xvgr/xmgr
D'autres options:
-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)
-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps et .pdb fichiers
-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun
-d (Z)
Prendre la normale sur la membrane dans la direction X, Y ou Z.
-sl (50)
Divisez la boîte en ce nombre de tranches.
-tanières (Masse)
Densité : masse, nombre, charge, électron
-ng (1)
Nombre de groupes dont calculer les densités.
-[pas]centre (non)
Effectuez le binning par rapport au centre de la boîte (changeante). Utile pour
bicouches.
-[non]sym (non)
Symétriser la densité le long de l'axe, par rapport au centre. Utile pour
bicouches.
-[pas] de parenté (non)
Utilisez des coordonnées relatives pour changer les boîtes et mettez à l'échelle la sortie par dimensions moyennes.
CONNUE QUESTIONS
· Lors du calcul des densités électroniques, les noms d'atomes sont utilisés à la place des types. C'est mauvais.
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