Il s'agit de la commande gmx-densmap qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-densmap - Calculer des cartes de densité 2D planaires ou axiales-radiales
SYNOPSIS
carte dens gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-od [<.dat>]] [-o [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[maintenant] [-poubelle ] [-aver ]
[-xmin ] [-xmax ] [-n1 ] [-n2 ]
[-amax ] [-rmax ] [-[pas] de miroir] [-[pas] de sommes]
[-unité ] [-dmin ] [-dmax ]
DESCRIPTION
gmx carte densifiée calcule des cartes de densité numérique 2D. Il peut faire une densité plane et axiale-radiale
Plans. Le résultat .xpm le fichier peut être visualisé avec par exemple xv et peut être converti en
postface avec xpm2ps. En option, la sortie peut être sous forme de texte vers un .dat fichier avec -od,
au lieu de l'habituel .xpm fichier avec -o.
L'analyse par défaut est une carte de densité numérique 2-D pour un groupe sélectionné d'atomes dans le xy
avion. Le sens de la moyenne peut être modifié avec l'option -aver. Quand -xmin et/ou
-xmax sont définis, seuls les atomes qui se trouvent dans la ou les limites dans le sens de la moyenne sont pris
en compte. L'espacement de la grille est défini avec l'option -poubelle. Quand -n1 or -n2 est différent de zéro,
la taille de la grille est définie par cette option. Les fluctuations de la taille des boîtes sont correctement prises en compte
compte.
Lorsque les options -amax et -rmax sont définis, une carte de densité numérique axiale-radiale est réalisée. Trois
groupes doivent être fournis, les centres de masse des deux premiers groupes définissent l'axe,
le troisième définit le groupe d'analyse. La direction axiale va de -amax à +amax, où
le centre est défini comme le milieu entre les centres de masse et le positif
la direction va du premier au deuxième centre de masse. La direction radiale va
de 0 à rmax ou de -rmax à +rmax lorsque le -miroir l'option a été définie.
La normalisation de la sortie est définie avec le -unité option. La valeur par défaut produit un vrai
densité de nombre. Unité nm-2 laisse de côté la normalisation pour le moyennage ou l'angulaire
direction. Option compter produit le nombre pour chaque cellule de la grille. Quand vous ne voulez pas que
échelle dans la sortie pour aller de zéro à la densité maximale, vous pouvez définir le maximum avec
l'option -dmax.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Facultatif)
Structure+masse(db) : tpr gro g96 pdb freiner
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-od [<.dat>] (densmap.dat) (Facultatif)
Fichier de données générique
-o [<.xpm>] (densmap.xpm)
Fichier de matrice compatible X PixMap
D'autres options:
-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)
-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps et .pdb fichiers
-poubelle (0.02)
Taille de la grille (nm)
-aver (z)
La direction à moyenner sur : z, y, x
-xmin (-1)
Coordonnée minimale pour la moyenne
-xmax (-1)
Coordonnée maximale pour la moyenne
-n1 (0)
Nombre de cellules de la grille dans la première direction
-n2 (0)
Nombre de cellules de la grille dans la deuxième direction
-amax (0)
Distance axiale maximale du centre
-rmax (0)
Distance radiale maximale
-[pas] de miroir (non)
Ajouter l'image miroir sous l'axe axial
-[pas] de sommes (non)
Imprimer les sommes de densité (carte 1D) sur la sortie standard
-unité (nm-3)
Unité de sortie : nm-3, nm-2, count
-dmin (0)
Densité minimale en sortie
-dmax (0)
Densité maximale en sortie (0 signifie la calculer)
Utilisez gmx-densmap en ligne en utilisant les services onworks.net
