Il s'agit de la commande gmx-velacc qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-velacc - Calculer les fonctions d'autocorrélation de vitesse
SYNOPSIS
gmx velacc [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-OS [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[maintenant] [-xvg ] [-[non]m] [-[no]recette]
[-[non]mol] [-aflen ] [-[non]normaliser] [-P ]
[-fitfn ] [-commencer ] [-ajustement d'extrémité ]
DESCRIPTION
gmx vélac calcule la fonction d'autocorrélation de la vitesse. Quand le -m l'option est utilisée,
la fonction d'autocorrélation de quantité de mouvement est calculée.
Avec l'option -mol la fonction d'autocorrélation de la vitesse des molécules est calculée. Dans ce
cas, le groupe d'indice doit être constitué de numéros de molécules au lieu de numéros d'atomes.
Assurez-vous que votre trajectoire contient des images avec des informations de vitesse (c'est-à-dire nstvout était
mis dans votre original .mdp fichier) et que l'intervalle de temps entre les points de collecte de données
est beaucoup plus courte que l'échelle de temps de l'autocorrélation.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Trajectoire de précision complète : trr cpt tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Facultatif)
Structure+masse(db) : tpr gro g96 pdb freiner
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-o [<.xvg>] (vac.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-OS [<.xvg>] (spectre.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr
D'autres options:
-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)
-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps et votre .pdb fichiers
-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun
-[non]m (non)
Calculer la fonction d'autocorrélation de quantité de mouvement
-[no]recette (Oui)
Utilisez cm^-1 sur l'axe X au lieu de 1/ps pour les spectres.
-[non]mol (non)
Calculer la vitesse acf des molécules
-aflen (-1)
Longueur de l'ACF, la valeur par défaut est la moitié du nombre d'images
-[non]normaliser (Oui)
Normaliser ACF
-P (0)
Ordre du polynôme de Legendre pour ACF (0 indique aucun): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Aucun)
Fonction d'ajustement : aucune, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-commencer (0)
Moment où commencer l'ajustement exponentiel de la fonction de corrélation
-ajustement d'extrémité (-1)
Temps où se termine l'ajustement exponentiel de la fonction de corrélation, -1 est jusqu'à ce que le
fin
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