Il s'agit de la commande hmmlogo qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
hmmlogo - étant donné un HMM, produit les données requises pour créer un logo HMM
SYNOPSIS
logo hmm [choix]
DESCRIPTION
logo hmm calcule la hauteur des lettres et les paramètres indel qui peuvent être utilisés pour produire un profil
logo HMM. Cet outil est essentiellement une interface de ligne de commande pour la plupart des données
sous-jacent au serveur de logo Skylign (skylign.org).
Par défaut, logo hmm imprime un tableau des hauteurs de lettres par position (en fonction de la
méthode de hauteur demandée), puis imprime un tableau des probabilités d'écart par position.
Dans un logo typique, la hauteur totale d'une pile de lettres pour une position dépend de la
contenu informatif de la position, et cette hauteur de pile est subdivisée selon le
probabilités d'émission des lettres de l'alphabet.
OPTIONS
-h Aider; imprimer un bref rappel de l'utilisation de la ligne de commande et de toutes les options disponibles.
--height_relent_all
Hauteur totale = entropie relative (alias contenu d'information) ; toutes les lettres reçoivent un
hauteur positive. (défaut)
--height_relent_abovebg
Hauteur totale = entropie relative (alias contenu d'information) ; seulement les lettres avec ci-dessus-
probabilité de fond reçoivent une hauteur positive.
--hauteur_score
Hauteur totale = sommes des scores de lettres positives ; la hauteur des lettres dépend de
le score de cette lettre à cette position. Seules les lettres avec au-dessus de l'arrière-plan
probabilité (score positif) reçoivent une hauteur positive. (Notez que seule la lettre
la hauteur est significative - la hauteur de la pile n'a aucune signification inhérente).
--no_indel
N'imprimez pas la table de probabilité indel.
Utilisez hmmlogo en ligne en utilisant les services onworks.net
