Il s'agit de la commande macs2_refinepeak qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
macs2_refinepeak - Analyse basée sur un modèle pour le séquençage de puces
DESCRIPTION
utilisation : macs2 raffinepeak [-h] -b LIT -i FICHIERS [FICHIERS ...]
[-f {AUTO,BAM,SAM,LIT,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}]
[-c CUTOFF] [-w WINDOWSIZE] [--verbose VERBOSE] [--outdir OUTDIR] (-o DOSSIER |
--o-préfixe OPRÉFIXE)
facultatif arguments:
-h, --Aidez-moi
afficher ce message d'aide et quitter
-b LIT
Dossier pic candidat au format BED. OBLIGATOIRE.
-i IFILE [IFILE...], --fichier FICHIERS [FICHIERS ...]
Fichier d'alignement ChIP-seq. Si plusieurs fichiers sont donnés comme '-t AB C', alors ils seront
tous être lus et combinés. Notez que les données de fin de paire ne sont pas censées fonctionner avec ce
commander. OBLIGATOIRE.
-f {AUTO,BAM,SAM,LIT,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}, --format
{AUTO,BAM,SAM,LIT,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}
Format du fichier tag, "AUTO", "BED" ou "ELAND" ou "ELANDMULTI" ou "ELANDEXPORT" ou
"SAM" ou "BAM" ou "BOWTIE". L'option AUTO par défaut laissera 'macs2 affiner le pic'
Décidez du format du fichier. Veuillez vérifier la définition dans le fichier README si vous
choisissez ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE. PAR DÉFAUT : « AUTO »
-c COUPER, --couper COUPER
Coupure PAR DÉFAUT : 5
-w LA TAILLE DE LA FENÊTRE, --la taille de la fenêtre LA TAILLE DE LA FENÊTRE
Taille de la fenêtre de numérisation des deux côtés du sommet (par défaut : 100 pb)
--verbeux VERBEUX
Définir le niveau verbeux. 0 : afficher uniquement le message critique, 1 : afficher un avertissement supplémentaire
message, 2 : afficher les informations sur le processus, 3 : afficher les messages de débogage. Si tu veux savoir
où sont les lectures en double, utilisez 3. DEFAULT:2
--répertoire extérieur EXTÉRIEUR
Si spécifié, tous les fichiers de sortie seront écrits dans ce répertoire. Par défaut : le
répertoire de travail actuel
-o DOSSIERS, --offile DOSSIER
Nom du fichier de sortie. En exclusivité mutuelle avec --o-préfixe.
--o-préfixe OPRÉFIX
Préfixe du fichier de sortie. En exclusivité mutuelle avec -o/--fichier.
Utilisez macs2_refinepeak en ligne à l'aide des services onworks.net
