Il s'agit de la commande primer3_core qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
primer3_core - Conçoit des amorces pour la PCR
SYNOPSIS
primer3_core [-format_output] [-strict_tags] [ fichier_entrée]
DESCRIPTION
primer3_core sélectionne des amorces pour les réactions PCR, en considérant comme critère l'oligonucléotide
température de fusion, taille, teneur en GC et possibilités d'amorces-dimères, taille du produit PCR,
contraintes de position dans la séquence source et diverses autres contraintes.
Par défaut, primer3_core accepte les entrées et produit une sortie au format Boulder-io, un pré-XML
format d'entrée/sortie basé sur du texte pour le format d'échange de données de programme à programme. Les
Le format Boulder-io et les commandes comprises par primer3_core sont décrits dans le
README fichier, qui sur les systèmes Debian peut être trouvé dans /usr/share/doc/primer3/.
OPTIONS
-format_sortie
Imprime un rapport plus orienté utilisateur pour chaque séquence.
-strict_tags
primer3_core renvoie et ignore toutes les balises qu'il ne reconnaît pas, à moins que le
-strict_tags flag est défini sur la ligne de commande, auquel cas primer3_core affiche un
erreur dans la balise de sortie PRIMER_ERROR et imprime des informations supplémentaires sur la sortie standard ;
cette option peut être utile pour le débogage des systèmes qui incorporent une amorce.
Notez
L'ancien indicateur -2x_compat n'est plus pris en charge.
EXIT STATUT CODES
· 0 en fonctionnement normal.
· -1 dans les conditions suivantes : arguments de ligne de commande illégaux, impossible
stdout, impossible d'ouvrir (pour écrire et créer) un fichier .for, .rev ou .int (probablement
en raison d'un problème de protection).
· -2 sur mémoire insuffisante.
· -3 entrée vide.
· Erreur -4 dans une variable d'entrée "Global" (message dans PRIMER_ERROR).
RÉFÉRENCE
Veuillez citer Rozen, S., Skaletsky, H. " Primer3 sur le WWW pour les utilisateurs généraux et pour
programmeurs biologistes. » Dans S. Krawetz et S. Misener, eds. Bioinformatics Methods and
Protocoles de la série Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, New Jersey, 2000,
pages 365-386.
Utilisez primer3_core en ligne en utilisant les services onworks.net
