Il s'agit de l'éditeur de commandes qui peut être exécuté dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
sawriter - générer des matrices de suffixes pour les séquences nucléotidiques
SYNOPSIS
scénariste SaOut FastaIn [fastaIn2 fastaIn3 ...] [-blt p] [-4bit]
[-larsson|-maman|-kar|-mafé|-confusion]
scénariste FastaIn (écrit à fastaIn.sa)
OPTIONS
-blt p Construire une table de recherche sur les préfixes de longueur p. Cela accélère considérablement les recherches
(plus que la table LCP), mais les correspondances manquées sont inférieures à p lors de la recherche.
-4bit Lire dans (un) fichier fasta en tant que fichier de séquence compressé.
Méthodologie
-larsson (par défaut) Utilise la méthode de Larsson et Sadakane pour construire le tableau.
-maman Utilise la méthode de MAnber et MYers pour construire le tableau (plus lent que larsson,
et produit le même résultat. Il s'agit principalement d'une double vérification des
justesse de larsson).
-kark Utilisez la méthode Karkkainen DS3 pour créer le tableau de suffixes. Ce sera probablement
être plus lent que larsson, mais ne prend qu'un espace supplémentaire N/(sqrt 3) supplémentaire.
-mafé (désactivé pour l'instant !) Utilisez l'algorithme de construction légère de Manzini
et Ferragina
-confusion
Utilisez une construction de tableau de suffixes léger (sorte de lumière). C'est un peu
plus lent que le larsson normal.
-poids welter N
utiliser une couverture de différence de taille N pour construire le tableau de suffixes. Les valeurs valides sont
7,32,64,111, 2281 et XNUMX.
Utilisez sawriter en ligne en utilisant les services onworks.net
