Il s'agit de la commande SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh - prédire l'effet d'une substitution d'acide aminé sur
fonction des protéines
SYNOPSIS
SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh
[BLAST_PROCESSORS]
DESCRIPTION
SIFT prédit si une substitution d'acide aminé affecte la fonction des protéines en se basant sur
homologie de séquence et les propriétés physiques des acides aminés.
Les résultats sont stockés dans ./ .SIFTprédiction.
Ce programme est utilisé pour la saisie FASTA et fait partie de la suite SIFT.
OPTIONS
Séquence de protéines au format fasta.
Base de données de protéines à rechercher. Ces séquences sont supposées fonctionnelles.
Dossier de substitutions à prévoir. Voir /usr/share/doc/sift/examples/lacI.subst
pour un exemple de format. Si vous donnez '-', les scores pour toutes les mutations de l'ensemble
séquences protéiques sont imprimées.
[BLAST_PROCESSORS]
Nombre de processeurs/cœurs à utiliser lors de l'exécution de blast via le -a argument.
EXEMPLES
SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh /usr/share/doc/sift/examples/lacI.fasta [BLAST_DB] /usr/share/doc/sift/examples/lacI.subst
Utilisez SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh en ligne à l'aide des services onworks.net
