Il s'agit de l'application Windows nommée Pipeline Builder pour les outils NGS dont la dernière version peut être téléchargée en tant que pipeline_builder_20150106-1044-build-baf32e1.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée Pipeline Builder pour les outils NGS avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Pipeline Builder pour les outils NGS
DESCRIPTION
La gestion des fichiers de configuration de l'outil NGS est un véritable défi pour les biologistes et biotechnologues modernes. Pour augmenter la productivité, la spécificité et améliorer le traitement des données, cet outil fournit un ensemble de commandes déjà structurées, amenant l'utilisateur à construire le bon pipeline pour les données qu'il doit analyser.
Pipeline Builder est un outil de script permettant de gérer des pipelines d'analyse NGS complexes. Il aide l'utilisateur à composer les commandes de l'outil NGS et à composer son propre pipeline d'analyse. Il permet une analyse reproductible indépendante des données créant un environnement protégé qui sépare les données des résultats grâce à l'exportation de variables. Il s'agit d'un outil en ligne de commande avec des menus d'assistant et des didacticiels pas à pas.
Pipeline Builder est écrit en Perl et est multiplateforme.
Caractéristiques
- Construction de pipeline NGS
- Appel parallèle de l'outil NGS
- Stockage des données sans chevauchement ni redondance
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Perl
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/pipelinebuilder/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
