यह कमांड कन्वर्ट_प्रोजेक्ट है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर में से एक का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
कन्वर्ट_प्रोजेक्ट - असेंबली और अनुक्रमण फ़ाइल प्रकारों को परिवर्तित करें
वर्णन
यह प्रोग्राम MIRA असेंबलर पैकेज का हिस्सा है। इसका उपयोग प्रोजेक्ट फाइल को कन्वर्ट करने के लिए किया जाता है
अन्य प्रकारों में टाइप करें। अधिक विस्तृत जानकारी के लिए कृपया नीचे दिए गए दस्तावेज़ देखें
कन्वर्ट_प्रोजेक्ट के बारे में जानकारी।
SYNOPSIS
कन्वर्ट_प्रोजेक्ट
[-एफ ] [-टी [-टी ...]] [-aChimMsuZ] [-AcflnNoqrtvxXyz
{...}] {इनफाइल} {आउटफाइल} [ ...]
विकल्प
-f
इस प्रकार की प्रोजेक्ट फाइलों को लोड करें, जहां से टाइप है:
सीएएफ से एक पूर्ण असेंबली या एकल अनुक्रम caf
सीएएफ से एक पूर्ण असेंबली या एकल अनुक्रम माफ करें
FASTA फ़ाइल से फास्टा अनुक्रम
एक FASTQ फ़ाइल से fastq क्रम
GBF फ़ाइल से gbf अनुक्रम
एक पीएचडी फ़ाइल से पीएचडी अनुक्रम
fofnexp
फ़ाइल नामों की फ़ाइल से EXP फ़ाइलों में अनुक्रम
-t
इस प्रकार के अनुक्रम/असेंबली लिखें (कई उल्लेख -t अनुमति दी जाती है):
ऐस अनुक्रम या एसीई के लिए पूर्ण संयोजन
सीएएफ अनुक्रम या सीएएफ के लिए पूर्ण विधानसभा
एमएएफ अनुक्रम या एमएएफ के लिए पूर्ण असेंबली
सैम पूर्ण विधानसभा सैम के लिए
ऊपर की तरह samnbb, लेकिन मैपिंग असेंबली में संदर्भ (रीढ़ की हड्डी) छोड़ना
जीबीएफ अनुक्रम या जीबीएफ के लिए आम सहमति
GFF3 GFF3 के लिए आम सहमति
फ़ाइल को घुमाने के लिए विग असेंबली कवरेज जानकारी
gcwig असेंबली gc सामग्री जानकारी फ़ाइल को घुमाने के लिए
फास्टा अनुक्रम या FASTA फ़ाइल के लिए आम सहमति (गुणों के लिए
योग्यता)
Fastq अनुक्रम या FASTQ फ़ाइल के लिए आम सहमति
क्स्प फ़ाइलों में क्स्प अनुक्रम या पूर्ण असेंबली
निर्देशिका। निर्देशित असेंबली के रूप में गैप 4 आयात के लिए पूर्ण असेंबली उपयुक्त हैं।
नोट: हालांकि गैप2 में आयात करने के लिए caf4gap का उपयोग करने की अनुशंसा की जाती है
टेक्स्ट संरेखण के लिए टेक्स्ट पूर्ण असेंबली (केवल जब -f is
सीएफ़एफ़, माफ़ या जीबीएफ)
एचटीएमएल एचटीएमएल के लिए पूर्ण असेंबली (केवल जब -f कैफ है, माफ करना or
जीबीएफ)
tcs tcs . को पूर्ण असेंबली
एचएसएनपी एसएनपी टैग (एसआरओसी, एसएओसी, एसआईओसी) के आसपास एचटीएमएल (केवल जब -f कैफ है, माफ करना or
जीबीएफ)
एसएनपी टैग का asnp विश्लेषण (केवल जब -f सीएफ़, एमएएफ या जीबीएफ है)
cstats contig आँकड़े फ़ाइल जैसे MIRA से (केवल जब स्रोत में contigs होता है)
crlist contig पढ़ने की सूची फ़ाइल जैसे MIRA से (केवल जब स्रोत में contigs होता है)
नकाबपोश
पढ़ता है जहां अनुक्रमण वेक्टर को FASTA फ़ाइल में (X के साथ) छुपाया जाता है (गुण to
योग्यता)
स्कैफ़ सीक्वेंस या सिंगल सीक्वेंस के लिए पूर्ण असेंबली CAF
-a पुनर्लेखन के बजाय लक्ष्य फ़ाइलों में जोड़ें
-A
MIRA पैरामीटर के साथ स्ट्रिंग को पार्स किया जाना है प्रभावित करने वाले पैरामीटर सेट करते समय उपयोगी
सर्वसम्मति कॉलिंग लाइक -सीओ:एमआरपीजी आदि। जैसे: -a "454_SETTINGS -सीओ:एमआरपीजी=3"
-b ब्लाइंड डेटा सभी आधारों को 'सी' के साथ रीड्स/कॉग में बदल देता है
-C पढ़ने के लिए हार्ड क्लिप निष्पादित करें क्लिपिंग बिंदुओं को परिभाषित करने वाले प्रारूपों को पढ़ते समय,
रिजल्ट फाइल में सिर्फ अनक्लिप्ड पार्ट को सेव करें।
केवल उन फाइलों/प्रारूपों पर लागू होता है जिनमें शामिल नहीं है
अंजीर
-d केवल गैप हटाएं कॉलम जब आउटपुट कंटिग्स होता है: कॉलम हटाएं जो हैं
पूरी तरह से अंतराल (जैसे गैप 4 या इसी तरह के संपादन के दौरान हटाए जाने के बाद)
जब आउटपुट पढ़ा जाता है: पढ़ने में अंतराल हटाएं
-F समूहों को पढ़ने के लिए फ़िल्टर करें विशेष उपयोग के मामले, अभी तक उपयोग न करें।
-m अंजीर बनाएं (केवल के लिए -t = सीएफ़ या एमएएफ) एकल पठन को कॉन्टिग सिंगलेट्स के रूप में संलग्न करें
सीएएफ / एमएएफ फ़ाइल।
-n
दिए जाने पर, केवल उस फ़ाइल में नाम से दिए गए रीड्स या कंटिग्स का चयन करता है।
-i कब -n उपयोग किया जाता है, चयन को उलट देता है
-o Fastq गुणवत्ता ऑफ़सेट (केवल के लिए) -f = 'फास्टक') FASTQ में गुणवत्ता मूल्यों की ऑफसेट
फ़ाइल। 0 का डिफ़ॉल्ट स्वचालित रूप से पहचानने का प्रयास करता है।
-Q
गुणवत्ता मानों के बिना फ़ाइल प्रकारों में आधारों के लिए डिफ़ॉल्ट गुणवत्ता सेट करें इसके अलावा, करें
यदि अपेक्षित गुणवत्ता वाली फाइलें गायब हैं तो रुकें नहीं (उदाहरण के लिए '.फास्टा')
-R
दिए गए नाम स्ट्रिंग के साथ कंटिग्स/सिंगलेट्स/रीड्स का नाम बदलें, जिसमें एक काउंटर है
संलग्न। ज्ञात बग: इनपुट होने पर डुप्लिकेट नाम बनाएगा
इसमें कंटिग्स/सिंगलेट्स के साथ-साथ फ्री रीड्स शामिल हैं, यानी रीड्स नॉट इन कंटिग्स और न ही
एकल
-S
(नाम)पढ़ने का नाम बदलने की योजना, युग्मित-छोरों के लिए महत्वपूर्ण केवल 'सोलेक्सा' है
वर्तमान में समर्थित है।
RSI निम्नलिखित स्विच काम केवल कब निवेश (सीएएफ or एमएएफ) शामिल हैं अंजीर
खबरदार: CAF और MAf में सिर्फ रीड्स भी हो सकते हैं।
-M अंजीर (या उनकी सहमति) न निकालें, लेकिन वे जिस क्रम में पढ़ते हैं उसका क्रम है
की रचना।
-N
पसंद -n, लेकिन फ़ाइल में दिए गए क्रम के अनुसार आउटपुट को सॉर्ट करता है।
-r [सीसीक्यूएफ]
सर्वसम्मति और / या सर्वसम्मति गुणवत्ता मूल्यों और / या एसएनपी सुविधा टैग की पुनर्गणना करें।
'सी' विपक्ष और विपक्ष गुण (आईयूपीएसी के साथ) 'सी' पुनर्गणना विपक्ष और विपक्ष गुण
(फोर्सिंग नॉन-आईयूपीएसी) 'क्यू' रिकैल्क सर्वसम्मति गुण केवल 'एफ' रीकैल एसएनपी फीचर्स
नोट: केवल cCq का अंतिम प्रासंगिक है, f a के रूप में कार्य करता है
स्विच और cQq के साथ जोड़ा जा सकता है (जैसे "-r C -r एफ")
नोट: यदि सीएएफ/एमएएफ में कई उपभेद हैं, तो विपक्ष और विपक्ष की पुनर्गणना
गुण मजबूर हैं, तुम
आईयूपीएसी का उपयोग किया जाता है या नहीं, यह सिर्फ प्रभावित कर सकता है।
-s एकल फ़ाइल बनाने के बजाय आउटपुट को कई फ़ाइलों में विभाजित करें
-u 'फिलअप स्ट्रेन जीनोम' एक स्ट्रेन (एन या @) के जीनोम में छेद भरें
अन्य उपभेदों की आम सहमति से अनुक्रम केवल किसके साथ प्रभावी होता है -r और -t जीबीएफ या
फास्टा/क्यू में फास्टा/क्यू: भरे गए बेस जीबीएफ में लोअर केस में हैं: भरे गए बेस हैं
ऊपरी मामले में
-q
न्यूनतम गुणवत्ता को परिभाषित करता है एक तनाव का सर्वसम्मति आधार होना चाहिए, आम सहमति आधार
इसके नीचे 'एन' होगा डिफ़ॉल्ट: 0 केवल के साथ प्रयोग किया जाता है -r, तथा -f सीएफ़/एमएफ़ है और -t is
(फास्टा
या जीबीएफ)
-v प्रिंट संस्करण संख्या और बाहर निकलें
-x
न्यूनतम कंटीग या रीड लेंथ लोड करते समय, सभी कंटिग्स को छोड़ दें / a . के साथ पढ़ें
इस मान से कम लंबाई। डिफ़ॉल्ट: 0 (= बंद) नोट: पढ़ने के लिए लागू नहीं
अंजीर में!
-X
के समान -x लेकिन केवल पढ़ने के लिए और फिर क्लिप की गई लंबाई पर लागू होता है।
-y
न्यूनतम औसत कॉन्टेग कवरेज लोड करते समय, औसत के साथ सभी कंटिग्स को छोड़ दें
इस मूल्य से कम कवरेज। डिफ़ॉल्ट: 1
-z
कॉन्टीग में रीड्स की न्यूनतम संख्या लोड करते समय, सभी कंटिग्स को एक नंबर के साथ छोड़ दें
इस मान से कम पढ़ता है। डिफ़ॉल्ट: 0 (= बंद)
-l
जब टेक्स्ट या HTML के रूप में आउटपुट: एक संरेखण लाइन में दिखाए गए आधारों की संख्या। चूक जाना:
60.
-c
जब टेक्स्ट या HTML के रूप में आउटपुट: कैरेक्टर एंडगैप्स को पैड करने के लिए उपयोग किया जाता है। डिफ़ॉल्ट: '' (रिक्त)
उपनाम: caf2html, exp2fasta, ... आदि। कोई भी संयोजन " 2 "
प्रोग्राम नाम के रूप में इस्तेमाल किया जा सकता है (लिंक का उपयोग करके भी) ताकि कन्वर्ट_प्रोजेक्ट स्वचालित रूप से हो सके
सेट -f और -t तदनुसार।
उदाहरण
कन्वर्ट_प्रोजेक्ट सोर्स.माफ डेस्ट.सैम
Convert_project source.caf dest.fasta wig ace
Convert_project -x 2000 -y 10 source.caf dest.caf
caf2html -l 100 -c। source.caf dest
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके Convert_project ऑनलाइन का उपयोग करें