fastq-mcf - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

fastq-mcf - ea-utils: एडाप्टर की उपस्थिति के स्तर का पता लगाएं, संभावनाओं और स्थानों की गणना करें
एडेप्टर का

SYNOPSIS

fastq-एमसीएफ [विकल्पों] [mate1.fq ...]

वर्णन

संस्करण: 1.04.676

एडाप्टर की उपस्थिति के स्तर का पता लगाता है, संभावनाओं और स्थानों (प्रारंभ, अंत) की गणना करता है
एडेप्टर. fastq फ़ाइल(फ़ाइलों) से एडाप्टर अनुक्रम हटाता है।

आँकड़े stderr पर जाते हैं, जब तक -o अधिकृत है।

निर्दिष्ट करें -0 सभी डिफ़ॉल्ट सेटिंग्स को बंद करने के लिए

यदि आप एकाधिक 'युग्मित-अंत' इनपुट निर्दिष्ट करते हैं, तो a -o प्रत्येक के लिए विकल्प आवश्यक है. अर्थात:
-o read1.clip.q -o read2.clip.fq

विकल्प

-h यह मदद

-o FIL आउटपुट फ़ाइल (आँकड़े स्टडआउट करने के लिए)

-s एडॉप्टर के लिए एनएन लॉग स्केल न्यूनतम-लंबाई-मिलान (2.2)

-t एडाप्टर क्लिपिंग से पहले एन% घटना सीमा (0.25)

-m एन न्यूनतम क्लिप लंबाई, स्केल किए गए ऑटो को ओवरराइड करती है (1)

-p एन अधिकतम एडाप्टर अंतर प्रतिशत (10)

-l एन न्यूनतम शेष अनुक्रम लंबाई (19)

-L एन अधिकतम शेष अनुक्रम लंबाई (कोई नहीं)

-D N डुप्लिकेट रीड्स हटाएं: Read_1 में समान N आधार हैं (0)

-k एन एसकेयू प्रतिशत-कम-चक्र हटाने के कारण (2)

-x एन 'एन' (ख़राब पढ़ा गया) चक्र हटाने का कारण बनने वाला प्रतिशत (20)

-q एन गुणवत्ता सीमा जिसके कारण आधार हटाया जा रहा है (10)

-w गुणवत्तापूर्ण ट्रिमिंग के लिए एन विंडो-आकार (1)

-H >95% होमोपोलिमर रीड्स हटाएं (नहीं)

-X कम जटिलता वाले पाठ हटाएँ (नहीं)

-0 सभी डिफ़ॉल्ट पैरामीटर को शून्य पर सेट करें/कुछ न करें

-U|यू इलुमिना पीएफ फ़िल्टरिंग को बलपूर्वक अक्षम/सक्षम करें (स्वतः)

-P एन फ्रेड-स्केल (ऑटो)

-R पढ़ने के अग्रभाग/छोर से एन को न हटाएं

-n क्लिप न करें, बस आउटपुट करें कि क्या किया जाएगा

-C एन उप-नमूनाकरण के लिए उपयोग किए जाने वाले रीड्स की संख्या (300k)

-S छोड़े गए सभी पाठों को '.स्किप' फ़ाइलों में सहेजें

-d बहुत सारी यादृच्छिक डिबगिंग सामग्री आउटपुट करें

गुणवत्ता समायोजन विकल्प हैं:
--साइकिल-समायोजित
CYC,AMT राशि AMT द्वारा चक्र CYC (नकारात्मक = अंत से ऑफसेट) समायोजित करें

--फ़्रेड-एडजस्ट करें
स्कोर, एएमटी राशि एएमटी के अनुसार स्कोर स्कोर समायोजित करें

--फ़्रेड-एडजस्ट-मैक्स
स्कोर स्कोर समायोजित करें > स्कोर से स्कोर

छनन विकल्प*:
--[साथी-]गुण-मतलब
NUM न्यूनतम औसत गुणवत्ता स्कोर

--[साथी-]क्वाल-जीटी
NUM,THR कम से कम NUM गुण > THR

--[साथी-]मैक्स-एनएस
पढ़ने में NUM मैक्समियम एन-कॉल (% हो सकता है)

--[साथी-]मिन-लेन
NUM न्यूनतम शेष लंबाई (समान)। -l)

--होमोपोलिमर-पीसीटी
पीसीटी होमोपोलिमर फ़िल्टर प्रतिशत (95)

--लोकॉम्प्लेक्स-पीसीटी
पीसीटी जटिलता फ़िल्टर प्रतिशत (95)

यदि मेट- उपसर्ग का उपयोग किया जाता है, तो यह दूसरे गैर-बारकोड केवल पढ़ने के लिए लागू होता है

एडाप्टर फ़ाइलें 'फास्टा' स्वरूपित हैं:

एडाप्टर क्लिपिंग को बंद करने के लिए n/a निर्दिष्ट करें, और केवल फ़िल्टर का उपयोग करें

स्केल बढ़ाने से पहचान-लंबाई लंबी हो जाती है, 100 का स्केल बाध्य करेगा
एडेप्टर की पूर्ण-लंबाई पहचान।

उनके लेबल में _5p के साथ एडाप्टर अनुक्रम 'अंत' से मेल खाएंगे, और _3p के साथ अनुक्रम
उनका लेबल 'प्रारंभ' से मेल खाएगा, अन्यथा 'अंत' स्वतः निर्धारित है।

तिरछा तब होता है जब एक चक्र ख़राब होता है, किसी विशेष आधार की ओर 'तिरछा' होता है। यदि कोई न्यूक्लियोटाइड है
तिरछा प्रतिशत से कम, तो पूरा चक्र हटा दिया जाता है। मिथाइल-सेक के लिए अक्षम करें,
इत्यादि

तिरछा सेट करें (-k) या एन-पीसीटी (-x) इसे बंद करने के लिए 0 (miRNA, एम्प्लिकॉन के लिए किया जाना चाहिए)।
और अन्य कम जटिलता वाली स्थितियाँ!)

डुप्लिकेट रीड फ़िल्टरिंग असेंबली कार्यों के लिए उपयुक्त है, और रीड लेंथ के लिए कभी नहीं
अपेक्षित कवरेज. -D 50, 4.5 मीटर डीएनए रीड्स पर 100 जीबी रैम का उपयोग करेगा - सावधान रहें। आरएनए के लिए बढ़िया
सभा।

*क्लिपिंग/ट्रिमिंग के बाद गुणवत्ता फिल्टर का मूल्यांकन किया जाता है

होमोपॉलीमर फ़िल्टरिंग कम-जटिलता का एक सबसेट है, लेकिन इसे अलग से ट्रैक नहीं किया जाएगा
जब तक कि दोनों चालू न हों।

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