फीचर_ड्रॉप - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

फीचर_ड्रा.पीएल - एक बायो::ग्राफिक्स फीचर फ़ाइल प्रस्तुत करें

SYNOPSIS

फीचर_ड्रा.पीएल [विकल्प] फ़ाइल.txt [फ़ाइल2.txt...] > रेंडरिंग.पीएनजी
फीचर_ड्रा.पीएल [विकल्प] फ़ाइल.txt [फ़ाइल2.txt...] | दिखाना -

वर्णन

फीचर_ड्रा.पीएल स्क्रिप्ट बायो::ग्राफिक्स मॉड्यूल के चारों ओर एक पतला फ्रंट एंड है। यह
अनुक्रम (प्रोटीन, न्यूक्लियोटाइड) सुविधा निर्देशांक वाली फ़ाइलों की एक सूची स्वीकार करता है
कमांड लाइन या मानक इनपुट पर सूचीबद्ध फ़ाइल(फ़ाइलें), उन्हें प्रस्तुत करती हैं, और एक उत्पन्न करती हैं
मानक आउटपुट पर पीएनजी फ़ाइल।

ऑप्शंस
यह स्क्रिप्ट GNU-शैली के लंबे विकल्पों का उपयोग करती है। यह आपको छवि की चौड़ाई निर्दिष्ट करने की अनुमति देता है
विकल्प, उदाहरण के लिए, निम्नलिखित वैकल्पिक रूपों में से किसी के साथ:

--चौड़ाई=800
--चौड़ाई 800
-चौड़ाई 800
-W 800

--चौड़ाई
यह छवि की चौड़ाई पिक्सेल में निर्धारित करता है। डिफ़ॉल्ट 800 पिक्सेल है.

--श्रेणी
यह प्रारंभ से अंत तक आधार जोड़े में प्रदर्शित क्षेत्र की सीमा निर्धारित करता है। का कोई भी
निम्नलिखित प्रारूप स्वीकार किए जाते हैं:

--रेंज 1..1000
--रेंज 1,1000
--रेंज 1-1000

नकारात्मक श्रेणियों की अनुमति है.

Feature फ़ाइलें प्रारूप

यह स्क्रिप्ट एक सरल टैब-सीमांकित प्रारूप में अनुक्रम एनोटेशन को स्वीकार और संसाधित करती है
जीएफएफ प्रारूप में.

फ़ीचर फ़ाइल स्वरूप में एक कॉन्फ़िगरेशन अनुभाग और एक डेटा अनुभाग होता है। विन्यास
अनुभाग छवि का आकार और समग्र गुण सेट करता है, और डेटा अनुभाग देता है
फीचर डेटा ही.

विन्यास अनुभाग
यदि प्रदान नहीं किया गया है, तो यह स्क्रिप्ट एक उचित डिफ़ॉल्ट कॉन्फ़िगरेशन अनुभाग उत्पन्न करती है
आप, इसलिए आपको उचित छवि प्राप्त करने के लिए कॉन्फ़िगरेशन अनुभाग प्रदान करने की आवश्यकता नहीं है।
हालाँकि, छवि के स्वरूप को समायोजित करने के लिए, आप संभवतः इसमें बदलाव करना चाहेंगे
विन्यास। यहाँ कॉन्फ़िगरेशन अनुभाग से एक अंश दिया गया है:

# उदाहरण फ़ाइल
[आम]
आधार = -1000..21000
ऊँचाई = 12

[ईएसटी]
ग्लिफ़ = खंड
बीजी रंग = पीला
कनेक्टर = धराशायी
ऊँचाई = 5

[एफजीनस]
ग्लिफ़ = प्रतिलेख2
बीजी रंग = हरा
विवरण = 1

कॉन्फ़िगरेशन अनुभाग को अनुभागों के एक सेट में विभाजित किया गया है, प्रत्येक को एक के साथ लेबल किया गया है
[अनुभाग शीर्षक]। [सामान्य] अनुभाग संपूर्ण छवि के लिए वैश्विक विकल्प निर्दिष्ट करता है।
अन्य अनुभाग विशेष सुविधा प्रकारों पर लागू होते हैं। उपरोक्त उदाहरण में, कॉन्फ़िगरेशन
[ईएसटी] अनुभाग में ईएसटी के रूप में लेबल की गई सुविधाओं पर लागू होता है, जबकि कॉन्फ़िगरेशन में
[FGENES] अनुभाग FGENES जीन से भविष्यवाणियों के रूप में लेबल की गई सुविधाओं पर लागू होता है
भविष्यवाणी कार्यक्रम.

प्रत्येक अनुभाग के अंदर नाम = मूल्य जोड़े की एक श्रृंखला है, जहां नाम एक का नाम है
सेट करने का विकल्प. आप इसे अधिक पठनीय बनाने के लिए = चिह्न के चारों ओर रिक्त स्थान डाल सकते हैं, या यहां तक ​​कि इसे और भी अधिक पठनीय बना सकते हैं
यदि आप चाहें तो कोलन (:) का प्रयोग करें। निम्नलिखित विकल्प नाम पहचाने जाते हैं:

विकल्प मान उदाहरण
------ ----- --------

आधार अनुक्रम सीमा का न्यूनतम और अधिकतम (बीपी) 1200..60000
छवि की चौड़ाई चौड़ाई (पिक्सेल) 600
ऊँचाई प्रत्येक ग्राफ़िकल तत्व की ऊँचाई (पिक्सेल) 10
प्रत्येक ग्राफ़िकल तत्व की ग्लिफ़ शैली (नीचे देखें) प्रतिलेख
fgcolor प्रत्येक तत्व का अग्रभूमि रंग पीला
bgcolor प्रत्येक तत्व का पृष्ठभूमि रंग नीला
लाइनविड्थ लाइनों की चौड़ाई 3
लेबल सुविधा का नाम प्रिंट करें 1
विवरण क्या फीचर का विवरण प्रिंट करना है 0
टक्कर तत्वों को टकराने की अनुमति नहीं है 1
तीरों पर टिक चिह्न प्रिंट करें 1
कनेक्टर समूह कनेक्टर का प्रकार (धराशायी, टोपी या ठोस) धराशायी

"आधार" और "चौड़ाई" विकल्प केवल [सामान्य] अनुभाग में प्रासंगिक हैं। वे हैं
समान नाम वाले कमांड-लाइन विकल्पों द्वारा ओवरराइड किया गया।

शेष विकल्प किसी भी अनुभाग में स्थित हो सकते हैं, लेकिन यदि मौजूद हैं
[सामान्य] अनुभाग दूसरों के लिए डिफ़ॉल्ट सेट करेगा।

रंग अंग्रेजी भाषा के रंग नाम या वेब-शैली #RRGGBB रंग हैं (HTML पर एक पुस्तक देखें)।
स्पष्टीकरण के लिए)। सत्य/असत्य मान सत्य के लिए 1 और असत्य के लिए 0 हैं। संख्यात्मक श्रेणियाँ कर सकते हैं
दो बिंदुओं के साथ आरंभ..अंत के रूप में, या एक हाइफ़न के साथ आरंभ-अंत के रूप में व्यक्त किया जाना चाहिए।

"ग्लिफ़" विकल्प नियंत्रित करता है कि सुविधाएँ कैसे प्रस्तुत की जाती हैं। निम्नलिखित ग्लिफ़ हैं
कार्यान्वित:

नाम का विवरण
---- --------

बॉक्स ए भरा हुआ आयताकार, गैर-दिशात्मक।
दीर्घवृत्त एक अंडाकार.
तीर एक तीर; यूनिडायरेक्शनल या हो सकता है
द्विदिशात्मक. यह प्रदर्शित करने में भी सक्षम है
बड़े और छोटे टिकमार्क वाला एक पैमाना, और हो सकता है
क्षैतिज या लंबवत रूप से उन्मुख होना।
खंड ठोस से जुड़े हुए भरे हुए आयतों का एक सेट
पंक्तियाँ. जैसे बाधित सुविधाओं के लिए उपयोग किया जाता है
गैप्ड संरेखण और एक्सॉन समूह।
प्रतिलेख खंडों के समान है, लेकिन कनेक्टिंग लाइन है
एक "टोपी" आकार, और की दिशा
प्रतिलेखन एक छोटे तीर द्वारा दर्शाया गया है।
प्रतिलेख2 प्रतिलेख के समान, लेकिन दिशा
प्रतिलेखन एक टर्मिनल खंड द्वारा दर्शाया गया है
एक तीर के आकार में.
प्राइमर्स दो अंदर की ओर इशारा करने वाले तीर एक रेखा से जुड़े हुए हैं। एसटीएस के लिए उपयोग किया जाता है।

छवि के स्वरूप को नियंत्रित करने के लिए बम्प विकल्प सबसे महत्वपूर्ण विकल्प है। यदि सेट हो
गलत करने के लिए (संख्या 0), तो सुविधाओं को ओवरलैप करने की अनुमति है। यदि सत्य पर सेट किया गया है (
संख्या 1), तो टकराव से बचने के लिए विशेषताएं लंबवत रूप से चलेंगी। यदि निर्दिष्ट नहीं है,
यदि किसी दिए गए प्रकार की अनुक्रम सुविधा की संख्या 50 से अधिक है तो बम्प चालू हो जाता है।

जानकारी अनुभाग
डेटा अनुभाग कॉन्फ़िगरेशन अनुभाग का अनुसरण कर सकता है या आगे बढ़ सकता है. दो खंड कर सकते हैं
भी मिश्रित होना चाहिए। डेटा अनुभाग एक टैब या व्हाइटस्पेस-सीमांकित फ़ाइल है जिसे आप कर सकते हैं
स्प्रेडशीट एप्लिकेशन या वर्ड प्रोसेसर फ़ाइल से निर्यात करें (टेक्स्ट के रूप में सहेजना सुनिश्चित करें
केवल!)

यहाँ एक उदाहरण डेटा अनुभाग है:

कॉस्मिड B0511 . 516-619 कॉस्मिड बी0511। 3185-3294 कॉस्मिड
बी0511 . 10946-11208 कॉस्मिड बी0511। 13126-13511 कॉस्मिड
बी0511 . 66-208 कॉस्मिड बी0511। 6354-6499 कॉस्मिड बी0511
. 13955-14115 ईएसटी yk595e6.5 + 3187-3294 ईएसटी yk846e07.3 -
11015-11208 ईएसटी yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 EST yk53c10.5 +
16032-16105 स्विसप्रोट पेकेनेक्स + 13153-13656 स्वीडिश मछली एफजेनेश "जीन
1" - 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 ट्रांसमेम्ब्रेन डोमेन
FGENESH "जीन 2" - 16626-17396,17451-17597 किनेसे और सुशी डोमेन

फ़ाइल की प्रत्येक पंक्ति में पाँच कॉलम हैं। कॉलम हैं:

कॉलम # विवरण
-------- --------

1 सुविधा प्रकार
2 सुविधा नाम
3 किनारा
4 निर्देशांक
5 विवरण

फ़ीचर प्रकार
फ़ीचर प्रकार को [फ़ीचर प्रकार] शीर्षकों में से एक के अनुरूप होना चाहिए
कॉन्फ़िगरेशन अनुभाग. यदि ऐसा नहीं होता है, तो [सामान्य] विकल्प लागू किए जाएंगे
इसे प्रस्तुत करते समय सुविधा। फ़ीचर नाम फ़ीचर का एक नाम है. का उपयोग करो "।" या
"-" यदि यह प्रासंगिक नहीं है। यदि नाम में रिक्त स्थान है तो सिंगल या डबल डालें
नाम के चारों ओर उद्धरण ("")।

किनारा
स्ट्रैंड इंगित करता है कि सुविधा किस स्ट्रैंड पर है। यह फॉरवर्ड के लिए "+" में से एक है
स्ट्रैंड, "-" रिवर्स स्ट्रैंड के लिए, या "।" उन सुविधाओं के लिए जो फंसे हुए नहीं हैं।

निर्देशांक
निर्देशांक स्तंभ एक या अधिक श्रेणियों का एक सेट है जो सुविधा द्वारा व्याप्त है।
श्रेणियाँ ".." का उपयोग करके लिखी जाती हैं जैसे कि स्टार्ट..स्टॉप में, या हाइफ़न के साथ, जैसे कि स्टार्ट-स्टॉप में।
उन सुविधाओं के लिए जो कई श्रेणियों से बनी हैं &em; उदाहरण के लिए उसे प्रतिलेखित करता है
कई एक्सॉन हैं &em; आप या तो श्रेणियों को एक ही पंक्ति से अलग करके रख सकते हैं
अल्पविराम या रिक्त स्थान, या श्रेणियों को अलग-अलग पंक्तियों में रखें और बस उसी सुविधा का उपयोग करें
उन्हें समूहित करने के लिए नाम और प्रकार लिखें। उपरोक्त उदाहरण में, कॉस्मिड B0511 सुविधाओं का उपयोग किया जाता है
व्यक्तिगत पंक्ति शैली, जबकि FGENESH विशेषताएँ एक-पंक्ति पर सभी श्रेणियों का उपयोग करती हैं
शैली.

विवरण
अंतिम कॉलम में कुछ वर्णनात्मक पाठ है। यदि विवरण विकल्प सेट है
सच है, यह पाठ रेंडरिंग में फीचर के नीचे मुद्रित किया जाएगा।

अंततः, संबंधित सुविधाओं को एक साथ समूहित करना संभव है। एक उदाहरण ईएसटी है
yk53c10.5 और yk53c10.3, जो क्लोन के दोनों सिरों से पढ़े जाने से संबंधित हैं
yk53c10. इस संबंध को इंगित करने के लिए, एक अनुभाग बनाएं जो इस तरह दिखता है:

ईएसटी yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

समूह को एक पंक्ति द्वारा दर्शाया गया है जिसमें सुविधा वाले केवल दो कॉलम हैं
समूह के लिए प्रकार और एक अद्वितीय नाम। इसे बनाने वाली सभी विशेषताओं के साथ इस पंक्ति का अनुसरण करें
समूह बनाएं, लेकिन पहला कॉलम (फ़ीचर प्रकार) खाली छोड़ दें। समूह द्वारा प्रस्तुत किया जाएगा
समूह के सभी सदस्यों के बीच एक धराशायी रेखा खींचना। आप इसे बदल सकते हैं
इस सुविधा के लिए कॉन्फ़िगरेशन अनुभाग में एक अलग कनेक्टर विकल्प निर्दिष्ट करना
प्रकार।

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन फीचर_ड्रॉप का उपयोग करें