पीबीबारकोड - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

pbbarcode - एनोटेट PacBio अनुक्रमण बारकोड जानकारी के साथ पढ़ता है

वर्णन

RSI pbbarcode पैकेज सीधे व्यक्तिगत ZMWs को एनोटेट करने के लिए उपयोगिताएँ प्रदान करता है
bas.h5 फ़ाइल, प्रत्येक बारकोड के लिए तेज़[a|q] फ़ाइलें उत्सर्जित करती है, a में संग्रहीत संरेखण को लेबल करती है
cmp.h5 फ़ाइल, और छोटे एम्प्लिकॉन्स पर सर्वसम्मति को कॉल करना (आवश्यकता है)। pbdagcon(1))

फिलहाल, बारकोड को दो अलग-अलग तरीकों से स्कोर किया जा सकता है: सममित और बनती.
सममित मोड दोनों तरफ दो समान बारकोड के साथ बारकोड डिज़ाइन का समर्थन करता है
SMRTbell, उदाहरण के लिए, बारकोड (ए, बी) के लिए, अणुओं को ए--ए या बी--बी के रूप में लेबल किया जाता है। बनती
मोड अणु के प्रत्येक तरफ दो अलग-अलग बारकोड वाले डिज़ाइन का समर्थन करता है, लेकिन दोनों में से कोई भी नहीं
बारकोड अपने साथी के बिना प्रकट होता है। न्यूनतम उदाहरण निम्नलिखित के साथ दिया गया है
बारकोड: (एलेफ्ट, एराइट, बीलेफ्ट, ब्राइट), जहां निम्नलिखित बारकोड सेट की जांच की जाती है:
अलेबाएँ--दाएँ, बाएँ--उज्ज्वल।

यह उजागर करना महत्वपूर्ण है कि बारकोड FASTA फ़ाइल उपलब्ध की एक सूची निर्दिष्ट करती है
मूल्यांकन करने के लिए बारकोड। स्कोरिंग मोड के आधार पर, बारकोड को एक साथ समूहीकृत किया जाता है
विभिन्न तरीके। उदाहरण के लिए, में सममित मामले में, संभावित बारकोड की संख्या
परिणाम केवल FASTA में रूटीन को आपूर्ति किए गए बारकोड की संख्या हैं
फ़ाइल (उपयोग के लिए नीचे देखें) और एक अतिरिक्त नल बारकोड यह दर्शाता है कि कोई बारकोड नहीं है
मूल्यांकन किया जा सकता है ('--' द्वारा दर्शाया गया है)। फाइनल में इस (ए--ए) जैसे लेबल का उपयोग किया जाता है
आउटपुट. में बनती मोड, संभावित बारकोड परिणामों की संख्या आधी संख्या है
FASTA फ़ाइल में अनुक्रमों के साथ-साथ नल बारकोड. नल बारकोड यह बताता है
अणु को स्कोर करने का कोई प्रयास नहीं किया गया था या इसे उपयोगकर्ता के मानदंडों के अनुसार फ़िल्टर किया गया था।
अधिकांश मामले जब किसी अणु का स्कोर नहीं किया जाता है तो वे किसी भी अणु का अवलोकन न करने से संबंधित होते हैं
एडेप्टर. यदि किसी उपयोगकर्ता ने "हॉट-स्टार्ट" रन निष्पादित किया है, तो उपयोगकर्ता '--स्कोरफर्स्ट' आज़मा सकता है
पहले एडाप्टर के बारकोड को लेबल करने का प्रयास करने के लिए पैरामीटर। इससे उपज बढ़ती है
संभवतः कुछ गलत सकारात्मकताओं की कीमत पर लेबल लगाने की प्रक्रिया।

सॉफ़्टवेयर को एक मानक पायथन पैकेज के रूप में कार्यान्वित किया गया है। बारकोड को तदनुसार लेबल किया जाता है
निम्नलिखित उच्च स्तरीय तर्क के लिए। प्रत्येक अणु के लिए, सभी एडेप्टर पाए जाते हैं। प्रत्येक के लिए
एडाप्टर, हम प्रत्येक बारकोड और उसके रिवर्स को संरेखित करते हैं (मानक स्मिथ-वॉटरमैन संरेखण का उपयोग करके)।
एडॉप्टर के फ़्लैंकिंग अनुक्रम का पूरक। यदि दो पूर्ण फ़्लैंकिंग अनुक्रम हैं
उपलब्ध है, तो हम 2 से विभाजित करते हैं, अन्यथा 1 यदि केवल एक फ़्लैंकिंग अनुक्रम उपलब्ध था (औसत)।
एडॉप्टर पर स्कोर)। यह एडेप्टर में स्कोर को समान पैमाने पर रखने की अनुमति देता है (कल्पना)।
पता लगाना)। निर्भर करना मोड, फिर हम यह निर्धारित करते हैं कि कौन से बारकोड अधिकतम हैं
स्कोरिंग. हम दो अधिकतम स्कोरिंग बारकोड, उनके संरेखण स्कोर का योग संग्रहीत करते हैं
एडाप्टरों के पार. तब औसत बारकोड स्कोर लगभग इस प्रकार दिया जा सकता है:
कुल-स्कोर/एडाप्टर की संख्या। फिलहाल, संरेखण पैरामीटर यहां तय किए गए हैं:

┌──────────┬───────┐
│प्रकार │ स्कोर │
├──────────┼───────┤
│सम्मिलन │ -1 │
├──────────┼───────┤
│हटाना │ -1 │
├──────────┼───────┤
│मिसमैच │ -2 │
├──────────┼───────┤
│मैच │ 2 │
└──────────┴───────┘

निवेश और उत्पादन
लेबलZmws
उपयोग: pbbarcode लेबलZmws [-एच] [--बाहरDir बाहर] [--आउटफॉन आउटफॉन]
[--एडेप्टरसाइडपैड एडाप्टरसाइडपैड] [--इन्सर्टसाइडपैड इन्सर्टसाइडपैड] [--स्कोरमोड
{सममित,युग्मित}] [--मैक्सएडाप्टर मैक्सएडेप्टर] [--स्कोरफर्स्ट]
[--स्टार्टटाइम कटऑफ़ STARTTIMECUTOFF] [--nZmws NZMWS] [--nProcs NPROCS]
[--saveExtendedInfo] बारकोड.फास्टा इनपुट.एफओएफएन

बेस h5 फ़ाइलों से एक barcode.h5 फ़ाइल बनाता है।

अवस्था का तर्क:
barcode.fasta इनपुट बारकोड fasta फ़ाइल इनपुट.fofn इनपुट आधार
fofn

वैकल्पिक तर्क:

-h, --मदद
यह सहायता संदेश दिखाएं और बाहर निकलें

--आउटडिर बाहर
नव निर्मित barcode.h5 फ़ाइलें कहाँ लिखें। (गलती करना:
/होम/यूनिक्सहोम/जेबुलार्ड/प्रोजेक्ट्स/सॉफ्टवेयर/बायोइंफॉर्मेटिक्स/टूल्स/पीबीबारकोड/डॉक)

--outFofn आउटफ़ॉन
आउटफ़ॉफ़न को लिखें (डिफ़ॉल्ट: barcode.fofn)

--एडेप्टरसाइडपैड एडॉप्टरसाइडपैड
एडाप्टरसाइडपैड बेस के साथ पैड (डिफ़ॉल्ट: 4)

-साइडपैड डालें इन्सर्टसाइडपैड
इन्सर्टसाइडपैड बेस वाला पैड (डिफ़ॉल्ट: 4)

--स्कोरमोड {सममित,युग्मित}
वह मोड जिसमें बारकोड को स्कोर किया जाना चाहिए। (डिफ़ॉल्ट: सममित)

--मैक्सएडाप्टर मैक्सएडेप्टर
केवल पहले अधिकतम एडाप्टर स्कोर करें (डिफ़ॉल्ट: 20)

--स्कोरफर्स्ट
क्या किसी ट्रेस में सबसे बाएं बारकोड को स्कोर करने का प्रयास करना है। (डिफ़ॉल्ट: ग़लत)

--स्टार्टटाइमकटऑफ़ प्रारंभसमयकटऑफ़
कब शामिल करने के लिए इस मान से पहले पढ़ना शुरू होना चाहिए
स्कोरफर्स्ट सेट है. (डिफ़ॉल्ट: 10.0)

--nZmws एनजेडएमडब्ल्यूएस
परीक्षण के लिए पहले n ZMW का उपयोग करें (डिफ़ॉल्ट: -1)

--nProcs एनपीआरओसीएस
कितनी प्रक्रियाओं का उपयोग करना है (डिफ़ॉल्ट: 8)

--सेवएक्सटेंडेडइन्फो
विस्तारित जानकारी को बारकोड.h5 फ़ाइलों में सहेजना है या नहीं; यह
जानकारी डिबगिंग और चिमेरा डिटेक्शन के लिए उपयोगी है (डिफ़ॉल्ट:
झूठा)

RSI लेबलZmws कमांड संचालित करने के लिए bas.h5 फ़ाइलों के एक सेट का प्रतिनिधित्व करने वाला एक इनपुट.fofn लेता है
पर। इसके अतिरिक्त, यह एक barcode.fasta फ़ाइल लेता है। इस पर निर्भर करते हुए स्कोरमोड, FASTA फ़ाइल
अलग-अलग तरीकों से प्रोसेस किया जाएगा. विशेष रूप से, में बनती मोड, प्रत्येक दो लगातार
फ़ाइल में बारकोड को एक सेट माना जाता है।

पैरामीटर, एडॉप्टरसाइडपैड और इन्सर्टसाइडपैड दर्शाता है कि कितने आधार होने चाहिए
कल्पित बारकोड के प्रत्येक पक्ष पर विचार किया गया। ये पैरामीटर इस प्रकार बाध्य हैं
कि: |एडेप्टरसाइडपैड| + |इन्सर्टसाइडपैड| + |बारकोड| < 65.

उपयोगकर्ताओं के पास विभिन्न आउटपुट के लिए एक अलग आउटपुट स्थान निर्दिष्ट करने का विकल्प होता है।
विशेष रूप से, इनपुट.एफओएफएन में प्रत्येक bas.h5 फ़ाइल के लिए, एक bc.h5 (बारकोड hdf5) फ़ाइल है
उत्पन्न. ये फ़ाइलें फ़ाइल में सूचीबद्ध हैं आउटफॉन जिसे आमतौर पर बस कहा जाता है
बारकोड.fofn. बारकोड hdf5 फ़ाइल के विवरण के लिए नीचे देखें।

लेबल संरेखण
उपयोग: pbbarcode लेबल संरेखण [-एच]
[--minAvgBarcodeScore MINAVGBARCODESCORE] [--minNumBarcodes MINNUMBARCODES]
[--minScoreRatio MINSCORERATIO] barcode.fofn संरेखित_reads.cmp.h5

पिछली कॉल से cmp.h5 फ़ाइल में बारकोड संरेखण के बारे में जानकारी जोड़ता है
"लेबलZmws"।

अवस्था का तर्क:
barcode.fofn इनपुट बारकोड fofn फ़ाइल संरेखित_reads.cmp.h5 cmp.h5 फ़ाइल
बारकोड लेबल जोड़ने के लिए

वैकल्पिक तर्क:

-h, --मदद
यह सहायता संदेश दिखाएं और बाहर निकलें

--minAvgBarcodeScore मिनवगबारकोडेस्कोर
ZMW फ़िल्टर: यदि औसत बारकोड स्कोर इस मान से कम है तो ZMW को बाहर कर दें
(डिफ़ॉल्ट: 0.0)

--minNumBarcodes मिननंबरकोड
ZMW फ़िल्टर: यदि देखे गए बारकोड की संख्या इससे कम है तो ZMW को बाहर कर दें
मान (डिफ़ॉल्ट: 1)

--न्यूनतमस्कोरअनुपात न्यूनतम स्कोररेटियो
ZMW फ़िल्टर: ZMW को बाहर करें जिनके सर्वोत्तम स्कोर को दूसरे सर्वोत्तम स्कोर से विभाजित किया गया है
इस अनुपात से कम है (डिफ़ॉल्ट: 1.0)

RSI लेबल संरेखण कमांड कॉल से गणना किए गए बारकोड.फोफ़न को इनपुट के रूप में लेता है
लेबलZMWs और एक cmp.h5 फ़ाइल जहां बारकोड जानकारी लिखी जाती है। एक के लिए नीचे देखें
Cmp.h5 फ़ाइल परिवर्धन का विवरण।

EmitFastqs
उपयोग: pbbarcode EmitFastqs [-एच] [--बाहरDir आउटपुट.डीआईआर] [--उपपाठ]
[--unlabeledZmws] [--trim TRIM] [--fasta] [--minMaxInsertLength
MINMAXINSERTLENGTH] [--hqStartTime HQSTARTTIME] [--minReadScore MINREADSCORE]
[--minAvgBarcodeScore MINAVGBARCODESCORE] [--minNumBarcodes MINNUMBARCODES]
[--minScoreRatio MINSCORERATIO] इनपुट.फ़ोफ़न बारकोड.फ़ोफ़न

एक bas.h5 fofn और एक barcode.h5 fofn लेता है और प्रत्येक के लिए एक fast[a|q] फ़ाइल बनाता है
बारकोड.

अवस्था का तर्क:
इनपुट.एफओएफएन इनपुट बेस या सीसीएस एफओएफएन फ़ाइल बारकोड.एफओएफएन इनपुट
barcode.h5 fofn फ़ाइल

वैकल्पिक तर्क:

-h, --मदद
यह सहायता संदेश दिखाएं और बाहर निकलें

--आउटडिर आउटपुट.डीआईआर उत्पादन डायरेक्टरी सेवा मेरे लिखना फास्टक्यू फ़ाइलों (चूक जाना: /होम/
UNIXHOME/Jbullard/परियोजनाएं/सॉफ्टवेयर/जैव सूचना विज्ञान/भी ls/pbbarcode/doc)

--उपपाठ
क्या सबरीड्स के लिए fastq फ़ाइलों का उत्पादन करना है; डिफ़ॉल्ट का उपयोग करना है
सीसीएस पढ़ता है. यह विकल्प केवल तभी लागू होता है जब इनपुट.एफओएफएन में सर्वसम्मति और दोनों हों
कच्चा पढ़ता है, अन्यथा इनपुट.एफओएफएन से पढ़ा गया प्रकार वापस कर दिया जाएगा।
(डिफ़ॉल्ट: ग़लत)

--लेबल नहीं किया गयाZmws
क्या बिना लेबल वाले ZMWs के लिए फास्टक्यू फ़ाइल उत्सर्जित की जाए। ये ZMW हैं
जहां आमतौर पर कोई एडाप्टर नहीं मिलता (डिफ़ॉल्ट: गलत)

--ट्रिम ट्रिम
बारकोड और किसी भी अतिरिक्त स्थिर अनुक्रम को ट्रिम करें (डिफ़ॉल्ट: 20)

--फास्टा
क्या उत्पादित फ़ाइलें FASTQ के विपरीत FASTA फ़ाइलें होनी चाहिए
(डिफ़ॉल्ट: ग़लत)

--minMaxInsertLength मिनमैक्सइनसर्टलेंथ
ZMW फ़िल्टर: यदि सबसे लंबा सबरीड इस मात्रा से कम है तो ZMW को बाहर कर दें
(डिफ़ॉल्ट: 0)

--hqस्टार्टटाइम मुख्यालयप्रारंभसमय
ZMW फ़िल्टर: यदि मुख्यालय क्षेत्र का प्रारंभ समय इस मान से अधिक है तो ZMW को बाहर कर दें
(सेकंड) (डिफ़ॉल्ट: inf)

--minReadScore मिनरीडस्कोर
ZMW फ़िल्टर: यदि रीडस्कोर इस मान से कम है तो ZMW को बाहर करें (डिफ़ॉल्ट: 0)

--minAvgBarcodeScore मिनवगबारकोडेस्कोर
ZMW फ़िल्टर: यदि औसत बारकोड स्कोर इस मान से कम है तो ZMW को बाहर कर दें
(डिफ़ॉल्ट: 0.0)

--minNumBarcodes मिननंबरकोड
ZMW फ़िल्टर: यदि देखे गए बारकोड की संख्या इससे कम है तो ZMW को बाहर कर दें
मान (डिफ़ॉल्ट: 1)

--न्यूनतमस्कोरअनुपात न्यूनतम स्कोररेटियो
ZMW फ़िल्टर: ZMW को बाहर करें जिनके सर्वोत्तम स्कोर को दूसरे सर्वोत्तम स्कोर से विभाजित किया गया है
इस अनुपात से कम है (डिफ़ॉल्ट: 1.0)

RSI EmitFastqs कमांड इनपुट के रूप में bas.h5 फ़ाइलों के लिए एक इनपुट.fofn और साथ ही एक इनपुट लेता है
लेबलZmws पर कॉल से barcode.fofn। वैकल्पिक पैरामीटर आउटडिरो निर्देश देता है कि कहां
फ़ाइलें लिखी जाएंगी. प्रत्येक खोजे गए बारकोड के लिए, एक fast[a|q] फ़ाइल उत्सर्जित की जाएगी
उस बारकोड के लिए सभी रीड्स। ट्रिम पैरामीटर यह तय करता है कि कितना पढ़ा जाना चाहिए
काट दिया जाए. के लिए डिफ़ॉल्ट पैरामीटर ट्रिम बारकोड की लंबाई है (जो है
बारकोड hdf5 फ़ाइलों में संग्रहीत)। फिलहाल, बारकोड FASTA फ़ाइल में सभी बारकोड
समान लंबाई होनी चाहिए, इसलिए केवल एक स्थिर ट्रिम मान समर्थित है। व्यवहार में,
यह सुनिश्चित करने के लिए कि सिरों पर कोई अतिरिक्त आधार न रह जाए, आक्रामक तरीके से ट्रिमिंग की जा सकती है
पढ़ता है. अंततः उपपाठ पैरामीटर तय करता है कि सबरीड्स या सीसीएस रीड्स होनी चाहिए या नहीं
इनपुट फ़ाइल प्रकार के अनुसार डिफ़ॉल्ट रूप से उपयुक्त रीडिंग के साथ लौटाया गया,
या तो सीसीएस या सबरीड्स। इस पैरामीटर का निरीक्षण केवल तभी किया जाता है जब इनपुट.एफओएफएन में दोनों शामिल हों
सीसीएस और सबरीड डेटा, यदि इनपुट.एफओएफएन में केवल सबरीड या सीसीएस डेटा है तो वह है
की स्थिति की परवाह किए बिना वापस आ गया उपपाठ पैरामीटर और एक चेतावनी जारी की जाती है।

आम सहमति
उपयोग: pbbarcode आम सहमति [-एच] [--उपनमूना उपनमूना] [--nZmws NZMWS]
[--outDir OUTDIR] [--keepTmpDir] [--ccsFofn CCSFOFN] [--nProcs NPROCS]
[--noQuiver] [--minMaxInsertLength MINMAXINSERTLENGTH] [--hqStartTime
HQSTARTTIME] [--minReadScore MINREADSCORE] [--minAvgBarcodeScore
MINAVGBARCODESCORE] [--minNumBarcodes MINNUMBARCODES] [--minScoreRatio
न्यूनतम स्कोररेटियो] [--बारकोड बारकोड [बारकोड ...]] इनपुट.फोफन बारकोड.फोफन

प्रत्येक बारकोड के लिए सर्वसम्मति अनुक्रमों की गणना करें।

अवस्था का तर्क:
इनपुट.एफओएफएन इनपुट बेस.एच5 एफओएफएन फ़ाइल बारकोड.एफओएफएन इनपुट बीसी.एच5
fofn फ़ाइल

वैकल्पिक तर्क:

-h, --मदद
यह सहायता संदेश दिखाएं और बाहर निकलें

--उपनमूना उपनमूना
सबसैंपल ZMWs (डिफ़ॉल्ट: 1)

--nZmws एनजेडएमडब्ल्यूएस
n ZMW लें (डिफ़ॉल्ट: -1)

--आउटडिर बाहर
परिणाम आउटपुट करने के लिए इस निर्देशिका का उपयोग करें (डिफ़ॉल्ट: .)

--keepTmpDir --ccsFofn CCSFOFN के बजाय ccsFofn से CCS डेटा प्राप्त करें
इनपुट.एफओएफएन
(चूक जाना: )

--nProcs एनपीआरओसीएस
निष्पादित करने के लिए nProcs का उपयोग करें। (डिफ़ॉल्ट: 16)

--noQuiver --minMaxInsertLength MINMAXINSERTLENGTH
ZMW फ़िल्टर: यदि सबसे लंबा सबरीड इस मात्रा से कम है तो ZMW को बाहर कर दें
(डिफ़ॉल्ट: 0)

--hqस्टार्टटाइम मुख्यालयप्रारंभसमय
ZMW फ़िल्टर: यदि मुख्यालय क्षेत्र का प्रारंभ समय इस मान से अधिक है तो ZMW को बाहर कर दें
(सेकंड) (डिफ़ॉल्ट: inf)

--minReadScore मिनरीडस्कोर
ZMW फ़िल्टर: यदि रीडस्कोर इस मान से कम है तो ZMW को बाहर करें (डिफ़ॉल्ट: 0)

--minAvgBarcodeScore मिनवगबारकोडेस्कोर
ZMW फ़िल्टर: यदि औसत बारकोड स्कोर इस मान से कम है तो ZMW को बाहर कर दें
(डिफ़ॉल्ट: 0.0)

--minNumBarcodes मिननंबरकोड
ZMW फ़िल्टर: यदि देखे गए बारकोड की संख्या इससे कम है तो ZMW को बाहर कर दें
मान (डिफ़ॉल्ट: 1)

--न्यूनतमस्कोरअनुपात न्यूनतम स्कोररेटियो
ZMW फ़िल्टर: ZMW को बाहर करें जिनके सर्वोत्तम स्कोर को दूसरे सर्वोत्तम स्कोर से विभाजित किया गया है
इस अनुपात से कम है (डिफ़ॉल्ट: 1.0)

--बारकोड बारकोड [बारकोड ...]
केवल एक बारकोड के लिए सर्वसम्मति निकालने के लिए इसका उपयोग करें। (डिफ़ॉल्ट: कोई नहीं)

RSI EmitFastqs कमांड इनपुट के रूप में bas.h5 फ़ाइलों के लिए एक इनपुट.fofn और साथ ही एक इनपुट लेता है
लेबलZmws पर कॉल से barcode.fofn। परिणाम प्रत्येक के लिए एक प्रविष्टि के साथ एक FASTA फ़ाइल हैं
सर्वसम्मति एम्प्लिकॉन अनुक्रम युक्त बारकोड। यह विधा उपयोग करती है तरकश और pbdagcon
सर्वसम्मति की गणना करने के लिए.

ऐसे मामलों में जहां एम्प्लिकॉन 2.5k बेस से कम है, सीसीएस डेटा का उपयोग करना काफी मददगार है।
--ccsFofn किसी को सीधे सीसीएस फ़ाइलें पास करने की अनुमति देता है। कई मामलों में, सीसीएस और रॉ दोनों
बेसकॉल एक ही फ़ाइल में हैं इसलिए आप उसी पैरामीटर को पास करके जांच सकते हैं
इनपुट.fofn को ccsFofn के रूप में।

निर्भरता
Pbbarcode पैकेज एक मानक pbcore इंस्टालेशन पर निर्भर करता है (-
https://github.com/PacificBiosciences/pbcore). यदि कोई इसका उपयोग करना चाहता है आम सहमति उपकरण,
pbdagcon स्थापित करने की आवश्यकता है (https://github.com/PacificBiosciences/pbdagcon).

बारकोड एचडीएफ5 पट्टिका
बारकोड hdf5 फ़ाइल, बीसी.एच5, बारकोड कॉल और उनके लिए एक सरल डेटा स्टोर का प्रतिनिधित्व करता है
प्रत्येक ZMW के लिए स्कोर। आम तौर पर, उपयोगकर्ता को बारकोड hdf5 फ़ाइलों के साथ इंटरैक्ट करने की आवश्यकता नहीं होती है, लेकिन वह ऐसा कर सकता है
परिणामी cmp.h5 फ़ाइल या fast[a|q] फ़ाइलों में संग्रहीत परिणामों का उपयोग करें। बारकोड
hdf5 फ़ाइल में निम्नलिखित संरचना है:

/BarcodeCalls/best - (nZMWs, 6)[32-बिट पूर्णांक] निम्नलिखित कॉलम के साथ डेटासेट:
होलनंबर, एनएडेप्टर, बारकोडआईडीएक्स1, बारकोडस्कोर1, बारकोडआईडीएक्स2, बारकोडस्कोर2

इसके अतिरिक्त, सबसे अच्छा डेटासेट में निम्नलिखित विशेषताएं हैं:

┌────────────┬───────────────────── ────────── ────────────────────────────┐
│मूवीनाम │ m120408_042614_रिचर्ड_c100309392550000001523011508061222_s1_p0 │
├────────────┼───────────────────── ────────── ────────────────────────────┤
│कॉलमनाम │ होलनंबर,एनएडेप्टर,बारकोडआईडीएक्स1,बारकोडस्कोर1,बारकोडआईडीएक्स2, │
│ │ बारकोडस्कोर2 │
└────────────┴───────────────────── ──────────────────────────────────┘

│स्कोरमोड │ [सममित|युग्मित] │
├────────────┼───────────────────── ────────── ────────────────────────────┤
│बारकोड │ 'bc_1', 'bc_2', ...., 'bc_N' │
└────────────┴───────────────────── ──────────────────────────────────┘

दो बारकोडआईडीएक्स1 और बारकोडआईडीएक्स2 कॉलम सूचकांक हैं बारकोड गुण।
स्कोरमोड बारकोड को संरेखित करने के लिए स्कोरिंग मोड का उपयोग किया जाता है। बारकोड विशेषता के अनुरूप है
बारकोड.फास्टा अनुक्रम नाम।

इसके अतिरिक्त, कुछ परिस्थितियों में, इसके संपूर्ण इतिहास को बनाए रखना उपयोगी होता है
स्कोरिंग, यानी, प्रत्येक बारकोड ने सभी ZMWs में प्रत्येक एडाप्टर को स्कोर किया। इसे बरकरार रखने के लिए
जानकारी, किसी को कॉल करना होगा:
pbbarcode लेबलZmws --सेवएक्सटेंडेडइन्फो ...

इस मोड में, परिणामी HDF5 फ़ाइल के अंतर्गत एक अतिरिक्त डेटासेट होगा
बारकोडकॉल्स समूह, जिसका नाम है: सब. इस डेटासेट का प्रारूप निम्न है:

/बारकोडकॉल्स/सभी - (nbarcodes * nadapters[zmw_i], 4) forall i in 1 ... nZMWs
`छेद संख्या, एडाप्टरआईडीएक्स, बारकोडआईडीएक्स, स्कोर'

RSI एडाप्टरआईडीएक्स अणु के साथ एडाप्टर का सूचकांक है, अर्थात, एडाप्टर आईडीएक्स 1 है
पहला एडॉप्टर स्कोर किया।

परिवर्धन सेवा मेरे la तुलना एचडीएफ5 (सीएमपी.एच5) पट्टिका
बारकोड hdf5 फ़ाइल के अलावा, एक कॉल लेबल संरेखण एक cmp.h5 को एनोटेट करेगा
फ़ाइल। यह एनोटेशन cmp.h5 फ़ाइल स्वरूप के अनुरूप तरीके से संग्रहीत किया जाता है।
विशेष रूप से, एक नया समूह:
/बारकोडइन्फो/
आईडी (nBarcodeLabels + 1, 1)[32-बिट पूर्णांक]
नाम (nBarcodeLabels + 1, 1)[परिवर्तनीय लंबाई स्ट्रिंग]

/BarcodeInfo/ समूह के अलावा, कुंजी डेटासेट जो संरेखण निर्दिष्ट करता है
बारकोड यहां स्थित है:

/AlnInfo/Barcode (nAlignments, 3)[32-बिट पूर्णांक] निम्नलिखित कॉलम के साथ:
सूचकांक, गिनती, सर्वोत्तम सूचकांक, सर्वोत्तम स्कोर, दूसरा सर्वोत्तम सूचकांक, दूसरा सर्वोत्तम स्कोर

यहां सूचकांक का तात्पर्य सूचकांक से है नाम वेक्टर, स्कोर के योग से मेल खाता है
बारकोड के लिए स्कोर, और अंत में, गिनती में पाए जाने वाले एडेप्टर की संख्या को संदर्भित करता है
अणु।

दिसम्बर 2015 पीबीबारकोड(1)

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