प्लास्ट - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

प्लास्ट - समानांतर स्थानीय अनुक्रम संरेखण खोज उपकरण

वर्णन

प्लास्ट २

- निर्माण तिथि: 2016-02-09 09:47:45 - ओएस: लिनक्स-4.3.0-1-amd64 - कंपाइलर: /usr/bin/cc
(5.3.1) - होस्ट सीपीयू: 4 कोर उपलब्ध

[*] अनिवार्य तर्क को दर्शाता है।

-p [*]:
प्रोग्राम का नाम [plastp, tplastn, plastx, tplastx या plastn]

-d [*]:
विषय डेटाबेस फ़ाइल

-i [*]:
क्वेरी डेटाबेस फ़ाइल

-o : PLAST रिपोर्ट आउटपुट फ़ाइल

-e : अपेक्षा मूल्य

-n : पड़ोस का आकार अनगैप्ड एक्सटेंशन बना रहा है

-s : अनगैप्ड थ्रेशोल्ड एक छोटे गैप वाले एक्सटेंशन को ट्रिगर करता है

-g : छोटे गैप विस्तार के लिए सीमा

-b : छोटे अंतराल वाले विस्तार के लिए बैंडविड्थ

-a : उपयोग करने के लिए प्रोसेसर की संख्या

-G : एक अंतर खोलने की लागत

-E : अंतराल बढ़ाने की लागत

-एक्सड्रॉप-अनगैप :
अनगैप्ड संरेखण के लिए एक्स ड्रॉपऑफ़ मान (बिट्स में) (शून्य डिफ़ॉल्ट व्यवहार 20 को आमंत्रित करता है
बिट्स)

-X : गैप्ड संरेखण के लिए एक्स ड्रॉपऑफ़ मान (बिट्स में) (शून्य डिफ़ॉल्ट व्यवहार को आमंत्रित करता है)

-Z : बिट्स में अंतिम गैप्ड संरेखण के लिए एक्स ड्रॉपऑफ़ मान (0.0 डिफ़ॉल्ट व्यवहार को आमंत्रित करता है)

-सूचकांक-सीमा :
पड़ोसियों के बीच समानता की गणना करने के लिए सूचकांक सीमा

-F : क्वेरी अनुक्रम फ़िल्टर करें

-M : स्कोर मैट्रिक्स (BLOSUM62 या BLOSUM50)

-स्ट्रैंड :
प्लास्टन के लिए स्ट्रैंड: 'प्लस', 'माइनस' या 'दोनों' (डिफ़ॉल्ट)

-r : न्यूक्लियोटाइड मैच के लिए इनाम (प्लास्टन)

-q : न्यूक्लियोटाइड बेमेल के लिए जुर्माना (प्लास्टन)

-बल-प्रश्न-आदेश :
आउटपुट फ़ाइल में प्रश्नों के क्रम को बाध्य करें।

-अधिकतम-डेटाबेस-आकार :
किसी डेटाबेस के लिए अधिकतम अनुमत आकार (बाइट्स में)। यदि अधिक है, तो डेटाबेस खंडित है।

-अधिकतम-हिट-प्रति-क्वेरी :
प्रति क्वेरी अधिकतम हिट. 0 मान सभी हिट्स को डंप कर देगा (डिफ़ॉल्ट)

-मैक्स-एचएसपी-प्रति-हिट :
प्रति हिट अधिकतम संरेखण. 0 मान सभी हिट्स को डंप कर देगा (डिफ़ॉल्ट)

-बाहर :
आउटपुट स्वरूप: सारणीबद्ध (डिफ़ॉल्ट) के लिए 1, विस्तारित ट्यूबुलेटेड के लिए 2, एनसीबीआई के लिए 4
विस्फोट जैसा.

-स्ट्रैंड्स-सूची :
न्यूक्लियोटिड का उपयोग करते हुए एल्गो का उपयोग करते समय उपयोग किए जाने वाले स्ट्रैंड्स की सूची (उदा: "1,2,6")
डेटाबेस।

-ऑप्टिम-कोडन-स्टॉप :
अंतिम अमान्य वर्ण और अगले पड़ाव के बीच अनुमत सीमा का आकार
कोडोन

-कारखाना-प्रेषक :
फ़ैक्टरी जो डिस्पैचर बनाती है।

-कारखाना-सांख्यिकी :
सांख्यिकी निर्माता बनाने वाली फ़ैक्टरी।

-फैक्ट्री-इंडेक्सेशन :
फ़ैक्टरी जो इंडेक्सेशन बिल्डर बनाती है।

-फ़ैक्टरी-हिट-अनगैप :
फ़ैक्टरी जो अनगैप हिट इटरेटर बनाती है।

-फ़ैक्टरी-हिट-स्मॉलगैप :
फैक्ट्री जो छोटे अंतर पैदा करती है वह इटरेटर को हिट करती है।

-फैक्ट्री-हिट-फुलगैप :
फैक्ट्री जो फुल गैप बनाती है वह इटरेटर को हिट करती है।

-फ़ैक्टरी-हिट-रचना :
वह फ़ैक्टरी जो कंपोज़िशन हिट इटरेटर बनाती है।

-कारखाना-अंतराल-परिणाम :
फ़ैक्टरी जो गैप संरेखण परिणाम बनाती है।

-कारखाना-अनगैप-परिणाम :
फ़ैक्टरी जो अनगैप संरेखण परिणाम बनाती है।

-स्प्लिटर :
फ़ैक्टरी जो संरेखण विभाजक बनाती है। स्ट्रिंग: 'सामान्य' या 'बैंडेड' (डिफ़ॉल्ट)

-ऑप्टिम-फ़िल्टर-अनगैप :
अनुकूलन जो अनगैप संरेखण के माध्यम से फ़िल्टर करता है।

-दंड आरेख :
निष्पादन के दौरान प्रगति पट्टी प्रदर्शित करें।

-बारग्राफ-आकार :
बारग्राफ के पात्रों की एनबी.

-प्रगति-फ़ाइल :
किसी फ़ाइल में वर्तमान निष्पादन प्रतिशत डंप करें।

-कहना :
एल्गोरिथम निष्पादन के दौरान जानकारी प्रदर्शित करें।

-पूर्ण आँकड़े :
डंप एल्गोरिथम आँकड़े।

-आंकड़े :
सामान्य आँकड़े डंप करें.

-आँकड़े-एफएमटी :
आँकड़ों का प्रारूप: 'कच्चा' (डिफ़ॉल्ट) या 'xml'

-आँकड़े-ऑटो :
स्वचालित आँकड़े फ़ाइल निर्माण

-संरेखण-प्रगति :
एल्गोरिथम के दौरान अनगैप/अनगैप संरेखण की बढ़ती संख्या को एक फ़ाइल में डंप करें।

-संसाधन-प्रगति :
एल्गोरिथम के दौरान संसाधनों के बारे में एक फ़ाइल में जानकारी डंप करें।

-प्लास्टआरसी :
प्लास्ट कॉन्फ़िग फ़ाइल का पथनाम.

-xmlfilter :
XML फ़िल्टर फ़ाइल का Uri.

-बीज-उपयोग-अनुपात :
उपयोग किये जाने वाले बीजों का अनुपात.

-बीज-सूचकांक-फ़िल्टर :
इंडेक्सेशन फिल्टर के लिए बीज की लंबाई का उपयोग किया जाना चाहिए।

-पूर्ण-विषय-डेटाबेस-आँकड़े-फ़ाइल :
संपूर्ण विषय डेटाबेस के आँकड़ों के लिए फ़ाइल पथ

-W : बीज का आकार

-h : मदद

प्लास्ट का हवाला देते हुए: गुयेन वीएच, लावेनियर डी. (2009) प्लास्ट: समानांतर स्थानीय संरेखण खोज उपकरण
डेटाबेस तुलना के लिए. बीएमसी जैव सूचना विज्ञान, खंड 10, संख्या 329।

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