यह कमांड प्रीडिक्टप्रोटीन है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
प्रेडिक्टप्रोटीन - प्रोटीन अनुक्रम का विश्लेषण करें
SYNOPSIS
प्रेडिक्टप्रोटीन [--ब्लास्ट-प्रोसेसर] [--num-cpus|c] [--debug|d] [--help] [--make-file|m]
[--makedebug] [--man] [--method] [--dryrun|n] [--numresmax] [--output-dir|o]
[--print-ext-method-map] [--profnumresmin] [--psicexe] [--prot-name|p] [--sequence|seq|s]
[--seqfile] [--spkeyidx] [--लक्ष्य]* [--version|v] [--work-dir|w]
प्रेडिक्टप्रोटीन [--बिगब्लास्टडीबी] [--बिग80ब्लास्टडीबी] [--पीएफएएम2डीबी] [--पीएफएएम3डीबी] [--प्रोडोमब्लास्टडीबी]
[--prositedat] [--prositeconvdat] [--swissblastdb]
प्रेडिक्टप्रोटीन [--सेटासीएल|एसीएल] [-- कैश-मर्ज] [-- फ़ोर्स-कैश-स्टोर]
[-- उपयोग-कैश]
वर्णन
प्रेडिक्टप्रोटीन प्रोटीन अनुक्रम विश्लेषण विधियों का एक सेट चलाता है:
स्टैण्डर्ड तरीकों
ये विधियाँ डिफ़ॉल्ट लक्ष्य 'सभी' द्वारा चलाई जाती हैं:
फ़ीचर लक्ष्य एक्सटेंशन मैन पेज
------- ------ ------ --------
परमाणु गतिशीलता profbval profbval, profb4snap प्रोफ़बवाल(1)
बैक्टीरियल ट्रांसमेम- proftmb proftmb, proftmbdat proftmb(1)
ब्रैन बीटा बैरल
कुंडलित कुंडल कुंडलित कुंडल कुंडल, कुंडल_कच्चा कुंडल-लपेटें(1)
एनकॉइल्स(1)
डाइसल्फ़ाइड ब्रिज डाइसल्फ़ाइंडर डाइसल्फ़ाइंडर डाइसल्फ़िंडर(1)
जीन ओन्टोलॉजी शब्द मेटास्टूडेंट मेटास्टूडेंट.बीपीओ.txt, मेटास्टूडेंट(1)
मेटास्टूडेंट.सीसीओ.टीएक्सटी,
मेटास्टूडेंट.MFO.txt
स्थानीय संरेखण ब्लास्ट ब्लास्टPsiOutTmp, chk, ब्लास्टपीजीपी(1)
ब्लास्टPsiMat,
ब्लास्टPsiAli,
ब्लास्टपीस्विसएम8 ब्लास्टल(1)
स्थानीय जटिलता एनसीबीआई-सेग सेगनॉर्म, सेगनॉर्मजीसीजी एनसीबीआई-सेग(1)
गैर-नियमित माध्यमिक Norsp Nors, SumNors नॉर्स्प(1)
संरचना
परमाणु स्थानीयकरण पूर्वानुमानnls nls, nlsDat, nlsSum भविष्यवाणी(1)
पीएफएएम स्कैन हम्मेर वी2 हम्म2पीएफएएम हम्म2पीएफएएम हम्म2pfam(1)
Pfam स्कैन हम्मर v3 hmm3pfam hmm3pfam, hmm3pfamTbl, हम्मस्कैन(1)
hmm3pfamDomTbl
प्रोसाइट स्कैन प्रोसाइट प्रोसाइट prosite_scan(1)
प्रोटीन-प्रोटीन प्रोफ़िसिस आइसिस प्रोफ़िसिस(1)
इंटरेक्शन साइटें
माध्यमिक संरचना, प्रोफेसर प्रोफेसरआरडीबी रखने की(1)
से पहुंच
अनुक्रम प्रोफ़ाइल
माध्यमिक संरचना, प्रोफेसर prof1Rdb रखने की(1)
से पहुंच
एकल अनुक्रम
माध्यमिक संरचना, रिप्रोफ रिप्रोफ फटकार(1)
से पहुंच
एकल अनुक्रम
ट्रांसमेम्ब्रेन पीएचडी पीएचडीप्रेड, पीएचडीआरडीबी रखने की(1)
हेलिक्स
असंरचित लूप्स नॉर्सनेट नॉर्सनेट Norsnet(1)
ऐच्छिक तरीकों
ये विधियां गैर-पुनर्वितरण योग्य हैं या गैर-पुनर्वितरण योग्य सॉफ़्टवेयर पर निर्भर करती हैं (संकेत दिया गया है)।
द्वारा '*')। इससे पहले कि आप गैर-पुनर्वितरण योग्य घटकों को स्वयं प्राप्त कर सकें
इन तरीकों का प्रयोग करें.
ये विधियाँ लक्ष्य 'वैकल्पिक' द्वारा चलायी जाती हैं।
फ़ीचर लक्ष्य एक्सटेंशन मैन पेज
------- ------ ------ --------
अव्यवस्थित क्षेत्र मेटाडिसऑर्डर एमडिसऑर्डर मेटाडिसॉर्डर(1)
उपकोशिकीय loctree3 {आर्क,बैक्ट,यूका}.lc3 loctree3(1)
टीएमएचएमएम* टीएमएचएमएम ना
प्रोटीन-आरएनए, सोमेना सोमेना सोमेना(1)
प्रोटीन डीएनए
इंटरेक्शन साइटें
स्थिति-विशिष्ट psic* psic, clustalngz मानसिक(1)
स्वतंत्र मायने रखता है रनन्यूपीएसआईसी(1)
और इसका आधार बहु- clustalw(1)
ple संरेखण
ट्रांसमेम्ब्रेन हेलिकॉप्टर टीएमएचएमएम टीएमएचएमएम ना
टीएमएसईजी टीएमएसईजी tmseg(1)
कार्यात्मक क्षेत्र consurf _consurf.grades consurf(1)
संसाधन
डेटाबेस Cmd लाइन तर्क
-------- -----------------
बड़ा (यूनिप्रोट+पीडीबी) ब्लास्ट डेटाबेस--बिगब्लास्टडीबी
big_80 (बड़ा @ 80% अनुक्रम पहचान --big80blastdb
अतिरेक स्तर) ब्लास्ट डेटाबेस
स्विस ब्लास्ट डेटाबेस--स्विसब्लास्टडीबी
पीएफएएम वी2 डेटाबेस--पीएफएएम2डीबी
पीएफएएम वी3 डेटाबेस--पीएफएएम3डीबी
prosite_convert.dat --prositeconvdat
संसाधन एसटी वैकल्पिक लक्ष्य
डेटाबेस Cmd लाइन तर्क
-------- -----------------
बड़ा (यूनिप्रोट+पीडीबी) ब्लास्ट डेटाबेस--बिगब्लास्टडीबी
prosite.dat --prositedat
स्विस-प्रोट कीवर्ड-टू-एक्सेसन --spkeyidx
लोक्ट्री के लिए 'सूचकांक'
उत्पादक संसाधन
विक्टर जर्कोव्स्की के सौजन्य से:
* रोस्टलैब-डेटा-prosite_convert prosite.dat prosite_convert.dat
* पर्ल /usr/share/loctree/perl/keyindex4loctree.pl < keyindex.txt > keyindex_loctree.txt
*ह्म्मप्रेस Pfam-ए.हम्म
उत्पादन प्रारूप
विधि आउटपुट को जमा किया जाता है --आउटपुट-डीआईआर. प्रत्येक विधि में एक या अधिक फ़ाइल नाम होते हैं
इससे जुड़े एक्सटेंशन, ऊपर दी गई तालिका देखें। के मैन पेज का संदर्भ लें
अधिक जानकारी के लिए व्यक्तिगत तरीके। `gz' से समाप्त होने वाले एक्सटेंशन को इसके साथ संपीड़ित किया जाता है
gzip(1).
संदर्भ
रोस्ट, बी., याचदाव, जी., और लियू, जे. (2004)। प्रेडिक्टप्रोटीन सर्वर। न्यूक्लिक एसिड रेस,
32(वेब सर्वर समस्या), W321-6।
यदि आपको प्रेडिक्टप्रोटीन और उपयोगी उपकरण मिलते हैं तो कृपया उद्धृत करें:
* PredictProtein के संदर्भ, ऊपर देखें
* आपके द्वारा उपयोग किए गए टूल के संदर्भ, टूल के मैन पेज पर संदर्भ देखें
विकल्प
--विस्फोट-प्रोसेसर
उपयोग करने के लिए प्रोसेसर की संख्या, डिफ़ॉल्ट = 1
-c, --num-cpus
नौकरियाँ बनाएँ, डिफ़ॉल्ट = 1
-d, - दाढ़
--मदद
एक संक्षिप्त सहायता संदेश प्रिंट करें और बाहर निकलें।
-m, --मेक-फ़ाइल
उपयोग करने के लिए फ़ाइल बनाएं, डिफ़ॉल्ट = /usr/share/predictprotein/MakefilePP.mk
--makedebug
मेक के लिए डिबग तर्क, देखें बनाना(1)
--पुरुष
यह दस्तावेज़ीकरण पृष्ठ
--तरीका
विधि नियंत्रण मापदंडों का वर्णन करता है और विधियों को कब चलाने का अनुरोध करता है --लक्ष्य नहीं है
सब. प्रारूप उदाहरण:
--विधि=नॉरस्प, जीत=50
* विधि नाम से शुरू करें, उदाहरण के लिए `norsp'
* सूची विधि नियंत्रण पैरामीटर, उदाहरण के लिए जीत = 50
सभी विधियाँ अपने आदिम होने के कारण इस तरह से नियंत्रण मापदंडों को पारित करने का समर्थन नहीं करती हैं
कमांड लाइन इंटरफ़ेस.
-n, --पूर्वाभ्यास
निष्पादित न करें, बस वही दिखाता है जो चलने वाला है
--numresmax
अधिकतम अनुक्रम लंबाई, डिफ़ॉल्ट: 6000. इससे ज्यादा लंबे सीक्वेंस बनेंगे
प्रेडिक्टप्रोटीन संबंधित त्रुटि कोड के साथ विफल हो जाता है, ERRORS देखें।
-o, --आउटपुट-डीआईआर
जब तक कैशिंग का उपयोग नहीं किया जाता तब तक आउटपुटफ़ाइलों का अंतिम स्थान आवश्यक है।
--प्रिंट-एक्सट-विधि-मानचित्र
एक्सटर्नशन-टू-मेथड मानचित्र प्रिंट करें। संगति जांचकर्ताओं के लिए इनपुट फ़ाइल के रूप में उपयोगी।
प्रारूप: .
--profnumresmin
प्रोफेसर द्वारा आवश्यक न्यूनतम अनुक्रम लंबाई, डिफ़ॉल्ट: 17. इससे छोटे अनुक्रम
संबंधित त्रुटि कोड के साथ प्रेडिक्टप्रोटीन विफल हो जाएगा, ERRORS देखें।
--psicexe
psic आवरण निष्पादन योग्य, डिफ़ॉल्ट: /usr/share/rost-runpsic/runNewPSIC.pl
-p, --प्रोट-नाम
परिणाम फ़ाइलों का आधार नाम और प्रोटीन नाम - उदाहरण के लिए - FASTA फ़ाइलें। डिफ़ॉल्ट =
'प्रश्न'.
मान्य नाम वर्ण सेट "[[:alnum:]._-]" के हैं।
-s, --सेक, --अनुक्रम
एक अक्षर अमीनो एसिड अनुक्रम इनपुट
--seqfile
FASTA अमीनो एसिड अनुक्रम फ़ाइल; यदि `-', मानक इनपुट पढ़ा जाता है
--spkeyidx
स्विस-प्रोटेक्ट कीवर्ड-टू-आइडेंटिफ़ायर 'इंडेक्स' फ़ाइल के लिए लोकट्री(1).
--लक्ष्य=स्ट्रिंग
चलाने के लिए विधि समूह. आपके लिए आवश्यक प्रत्येक लक्ष्य के लिए यह तर्क दीजिए। डिफ़ॉल्ट:
कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल में `default_targets' का मान; 'सब' यदि वह नहीं दिया गया है।
रुचि के कुछ लक्ष्य:
सब वे विधियाँ जो GPL हैं या गैर-वाणिज्यिक संस्थाओं को पुनर्वितरित करने योग्य हैं
वैकल्पिक
वे विधियाँ जो फिट नहीं बैठतीं सब
लक्ष्यों की सूची के लिए /usr/share/predictprotein/MakefilePP.mk देखें ("स्रोत का उपयोग करें
ल्यूक")।
-v, --संस्करण
पैकेज संस्करण प्रिंट करें
-w, --कार्य-दिर
कार्यशील निर्देशिका, वैकल्पिक
डाटाबेस विकल्पों
--बिगब्लास्टडीबी
व्यापक ब्लास्ट डेटाबेस का पथ
--big80blastdb
80% अनुक्रम पहचान अतिरेक स्तर पर व्यापक ब्लास्ट डेटाबेस का पथ
--pfam2db
Pfam v2 डेटाबेस, उदाहरण के लिए Pfam_ls
--pfam3db
Pfam v3 डेटाबेस, उदाहरण के लिए Pfam-ए.हम्म
--prodomblastdb
अप्रचलित। यह तर्क केवल पुराने संस्करणों के साथ अनुकूलता बनाए रखने के लिए रखा गया है।
--prositedat
`prosite.dat' फ़ाइल का पथ, देखें
--prositeconvdat
`prosite_convert.dat' फ़ाइल का पथ, देखें
--swissblastdb
स्विसप्रोट ब्लास्ट डेटाबेस का पथ
कैश सम्बंधित विकल्पों
--एसीएल, --सेटाक्ल
अभिगम नियंत्रण सूचियाँ सेट करें. अभिगम नियंत्रण सूचियाँ सेट की गई हैं केवल मामले में परिणाम हैं
कैश में संग्रहीत. अन्यथा यह विकल्प अप्रभावी है. पिछले सभी एसीएल हैं
खो गया - कोई विलय नहीं. रीड बिट परिणामों की ब्राउज़ेबिलिटी को नियंत्रित करता है। अन्य बिट्स नहीं हैं
इस्तेमाल किया गया। उदाहरण के लिए
यू: चुनाव: 4, यू: ग्याचदाव: 4, जी: चुनाव: 4, ओ :: 0
--कैश-मर्ज
--नोकैश-मर्ज
परिणामों को कैश में मर्ज करें/मर्ज न करें। --कैश-मर्ज कैश में पहले से मौजूद परिणामों का पुन: उपयोग करता है;
यह बदल जाता है --उपयोग-कैश स्वचालित रूप से। --कैश-मर्ज के साथ असंगत है
--फोर्स-कैश-स्टोर.
--नोकैश-मर्ज जब तक डिफ़ॉल्ट न हो
· --उपयोग-कैश चालू है और
· --नोफोर्स-कैश-स्टोर प्रभाव में है और
· --लक्ष्य प्रयोग किया जाता है और
· कैश खाली नहीं है
--कैश-मर्ज कैश खाली होने की स्थिति में इसे चुपचाप नजरअंदाज कर दिया जाता है।
--फोर्स-कैश-स्टोर
--नोफोर्स-कैश-स्टोर
कैश में परिणामों के जबरन भंडारण को सक्षम/अक्षम करें। तात्पर्य --उपयोग-कैश. चूक जाना:
--नोफोर्स-कैश-स्टोर
- --नोफोर्स-कैश-स्टोर जब प्रीडिक्टप्रोटीन को कैश्ड परिणाम मिलते हैं तो यह आसानी से प्राप्त हो जाता है
उन्हें कैश से निकालें और कोई प्रोसेसिंग न करें (भले ही परिणाम अधूरे हों)। साथ
--फोर्स-कैश-स्टोर प्रेडिक्टप्रोटीन कैश से कुछ भी नहीं लाता है लेकिन लाता है
जो कैश किया गया था उसे पूरी तरह से प्रतिस्थापित करते हुए, परिणामों को संग्रहीत करें।
--फोर्स-कैश-स्टोर के साथ असंगत है --कैश-मर्ज.
--उपयोग-कैश
--nouse-कैश
प्रेडिक्टप्रोटीन परिणामों के लिए कैश का उपयोग करें/उपयोग न करें। गलती करना: --nouse-कैश.
डिफ़ॉल्ट को ओवरराइड करने के लिए कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइलों में विकल्प 'use_cache' दिया जा सकता है।
त्रुटियों
253 अनुक्रम बहुत लंबा है, देखिए --numresmax
254 अनुक्रम बहुत छोटा है, प्रोफेसर द्वारा अपेक्षित न्यूनतम लंबाई से छोटा है। देखना
--profnumresmin.
उदाहरण
प्रेडिक्टप्रोटीन --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --आउटपुट-dir /tmp/pp
प्रेडिक्टप्रोटीन --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --output-dir /tmp/pp --target query.profRdb --target loctree3
प्रेडिक्टप्रोटीन --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method=norsp,win=100 --आउटपुट-dir /tmp/pp
कैश उदाहरण
परिणामों को कैश में संग्रहीत करें, फ़ाइलों को संग्रहीत करने की परवाह न करें --आउटपुट-डीआईआर:
प्रेडिक्टप्रोटीन --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method=norsp,win=100 --use-cache --setacl g:rostlab:7
यदि कैश स्टोर में नहीं है, अन्यथा कैश से परिणाम प्राप्त करें --आउटपुट-डीआईआर:
प्रेडिक्टप्रोटीन --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method=norsp,win=100 --use-cache --setacl g:rostlab:7 --output-dir /tmp/pp
वातावरण
प्रिडिक्टप्रोटीनकॉन्फ़
अन्य कॉन्फ़िगरेशन को ओवरराइड करते हुए, उपयोग करने के लिए प्रीडिक्टप्रोटीनआरसी कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल का स्थान
फ़ाइलों
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन प्रेडिक्टप्रोटीन का उपयोग करें
