वर्कॉल - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

varcall - ea-utils: आउटपुट सारांश आँकड़े या वैरिएंट कॉलिंग करें

SYNOPSIS

varcall <-s|-v> <-एफ रेफरी> [विकल्पों] bam1 [bam2...]

वर्णन

संस्करण: 0.9.632 (बीटा)

या तो फ़ाइलों की सूची के लिए सारांश आँकड़े आउटपुट करता है, या वैरिएंट कॉलिंग करता है

विकल्प (बाद के विकल्प पहले से ओवरराइड होते हैं):

-s आँकड़ों की गणना करें -v आपूर्ति के आधार पर वेरिएंट की गणना करें
पैरामीटर्स (देखें -S) -f संदर्भ fasta (यदि bams का उपयोग करना आवश्यक है, तो नजरअंदाज कर दिया गया
अन्यथा) -m न्यूनतम लोकी गहराई (0) -a न्यूनतम एलील गहराई (0) -p
गुणवत्ता के अनुसार न्यूनतम एलील पीसीटी (0) -q न्यूनतम क्वाल (3) -Q न्यूनतम मैपिंग गुणवत्ता (0)
-b न्यूनतम पीसीटी बैलेंस (स्ट्रैंड/कुल) (0) -D फ़्लोट अधिकतम डुप्लिकेट पढ़ा गया अंश
(गहराई/लंबाई प्रति स्थिति) (1) -B BAQ सुधार बंद करें (गलत) -R
होमोपोलिमर रिपीट इंडेल फ़िल्टरिंग (8) -e उपयोग के लिए FLOAT अल्फ़ा फ़िल्टर की आवश्यकता है -l or -S
(.05) -g फ़्लोट वैश्विक न्यूनतम त्रुटि दर (डिफ़ॉल्ट: मान लें कि फ़्रेड ठीक है) -l INT
बोनफेरोनी के लिए प्रयुक्त कुल पाइलअप में लोकी की संख्या (1 मिलियन) -x सीएचआर:पीओएस इस स्थिति को आउटपुट करें
केवल, फिर छोड़ो -N FIL आउटपुट शोर आँकड़े FIL को -S FIL आँकड़ों में पढ़ें और
पिछले रन से पैरामीटर -s (इसे करें!) -A ANNOT का उपयोग करके इन-टार्गेट आँकड़ों की गणना करें
एनोटेशन फ़ाइल (आवश्यकता है -o) -o उपसर्ग आउटपुट उपसर्ग (नोट: के साथ ओवरलैप होता है -N)

इनपुट फ़ाइलें

फ़ाइलों को उपलब्ध बाई इंडेक्स फ़ाइलों के साथ bam फ़ाइलों द्वारा क्रमबद्ध किया जाना चाहिए। वैकल्पिक रूप से, एक एकल
पाइलअप फ़ाइल की आपूर्ति की जा सकती है।

आउटपुट फ़ाइलें

वर्कॉल्स स्टडआउट पर जाते हैं। आँकड़े stdout पर जाते हैं, या varcalling होने पर stderr पर भी जाते हैं

If an उत्पादन उपसर्ग is उपयोग किया गया, फ़ाइलों रहे बनाया as इस प्रकार है:
उपसर्ग.वर
टैब सीमांकित 'varcall' प्रारूप में भिन्न कॉल

उपसर्ग.eav
टैब सीमांकित 'ईए-वार' प्रारूप में वेरिएंट कॉल

उपसर्ग.वीसीएफ
भिन्न कॉल, वीसीएफ प्रारूप में

उपसर्ग।वरसम
भिन्न कॉलों का सारांश

उपसर्ग।टीजीटी
ऑन-टार्गेट आँकड़े विवरण

उपसर्ग।tgtsum
ऑन-टार्गेट आँकड़ों का सारांश

उपसर्ग। शोर
शोर आँकड़े विवरण

आँकड़े आउटपुट:

गहराई, आधार गुणवत्ता, रीड लेन, मैपिंग के लिए माध्य, माध्यिका, चतुर्थक जानकारी शामिल है
गुणवत्ता, इंडेल स्तर। वैरिएंट कॉल के लिए उपयुक्त मापदंडों का भी अनुमान लगाता है, और हो सकता है
वैरिएंट कॉल के लिए सीधे इस प्रोग्राम में पास किया गया

फ़िल्टरिंग विवरण:

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन varcall का उपयोग करें