Ini adalah perintah bed2gff3p yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
ucsc_genes2gff.pl - Mengkonversi file gen format UCSC Genome Browser menjadi file GFF yang sesuai
untuk memuat ke gbrowse
RINGKASAN
% uscsc_genes2gff.pl [opsi] ucsc_file1 ucsc_file2...
Pilihan:
-src Pilih sumber untuk gen, default "UCSC"
-asal Pilih posisi relatif ke nomor dari, default
adalah "1"
DESKRIPSI
Skrip ini memijat file gen yang tersedia dari tautan "tabel" genom UCSC
browser (genome.ucsc.edu) ke dalam bentuk yang sesuai untuk memuat gbrowse. Peringatan: itu saja
bekerja dengan tabel gen. Tabel lain, seperti penjajaran EST, kontur, dan pengulangan,
memiliki format mereka sendiri yang akan membutuhkan skrip lain untuk diuraikan.
Untuk menggunakan skrip ini, dapatkan satu atau lebih tabel UCSC, baik dari tautan "Tabel" di
browser, atau dari situs FTP UCSC Genome Browser. Berikan file tabel sebagai argumen untuk
skrip ini. Anda mungkin ingin memberikan bidang "sumber" alternatif. Jika tidak, ini
skrip default ke "UCSC".
% pucsc_genes2gff.pl -src RefSeq refseq_data.ucsc > refseq.gff
File GFF yang dihasilkan kemudian dapat dimuat ke dalam database Bio::DB::GFF menggunakan yang berikut:
perintah:
% bulk_load_gff.pl -d refseq.gff
Gunakan bed2gff3p online menggunakan layanan onworks.net
