Ini adalah perintah exactSNP yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows, atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
persisSNP - pemanggil SNP yang menemukan SNP dengan menguji sinyal dengan latar belakang lokal
suara
PENGGUNAAN
tepatSNP [pilihan] -i memasukkan -g referensi_genom -o keluaran
Argumen yang diperlukan:
-i
Tentukan nama file input termasuk hasil pemetaan baca. NS
[-b jika BAM] format file input dapat berupa SAM atau BAM (-b perlu ditentukan
jika file BAM disediakan).
-g
Tentukan nama file termasuk semua urutan referensi. Hanya satu FASTA single
format file harus disediakan.
-o
Tentukan nama file output. Program ini mengeluarkan file berformat VCF yang
termasuk SNP yang ditemukan.
Argumen opsional:
-a
Sediakan satu set SNP beranotasi (misalnya SNP yang disertakan dalam database dbSNP). NS
file yang disediakan harus dalam format VCF. Memberikan SNP yang diketahui ke program harus
meningkatkan kinerja panggilan SNP-nya. Perhatikan bahwa SNP yang disediakan mungkin atau mungkin tidak
dipanggil.
-b Tunjukkan file input yang disediakan melalui -i dalam format BAM.
-Q
Tentukan batas nilai-q untuk panggilan SNP pada kedalaman pengurutan 50X. 12 oleh
bawaan. Batas nilai p yang sesuai adalah 10^(-1*Q). Perhatikan bahwa program ini
secara otomatis menyesuaikan batas nilai-q sesuai dengan kedalaman pengurutan di masing-masing
lokasi kromosom.
-f Tentukan fraksi minimum dari basis yang tidak cocok yang mengandung SNP
lokasi harus memiliki. Nilainya harus antara 0 dan 1. 0 secara default.
-n
Tentukan jumlah minimum pangkalan yang tidak cocok yang harus dimiliki oleh lokasi yang mengandung SNP
memiliki. 1 secara default.
-r
Tentukan jumlah minimum pembacaan yang dipetakan yang harus dimiliki lokasi yang mengandung SNP (mis.
cakupan minimal). 1 secara default.
-x
Tentukan jumlah maksimum pembacaan yang dipetakan yang dimiliki lokasi yang mengandung SNP.
3000 secara default. Lokasi mana pun yang memiliki lebih dari ambang batas pembacaan akan
tidak dipertimbangkan untuk panggilan SNP. Opsi ini berguna untuk menghapus PCR
artefak.
-s
Tentukan skor kualitas dasar minimum (skor Phred) yang harus dipenuhi oleh basis baca untuk
digunakan untuk panggilan SNP. 13 secara default. Baca basis dengan skor kualitas kurang dari 13
akan dikeluarkan dari analisis.
-t
Tentukan jumlah pangkalan yang dipangkas dari setiap ujung bacaan. 3 secara default.
-T
Tentukan jumlah utas. 1 secara default.
-v versi keluaran program.
Contoh:
tepatSNP -i keselarasan saya.sam -g mm10.fa -o my-SNPs.txt
Gunakan exactSNP online menggunakan layanan onworks.net
