gmod_load_cvterms.plp - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

load_cvterms.pl - membandingkan istilah mana yang baru dalam file dibandingkan dengan database dan
memasukkannya

RINGKASAN

Penggunaan: perl load_cvterms.pl -H dbhost -D dbname [-vdntuFo] file

parameter

-g nama profil database GMOD (dapat memberikan host, nama DB, kata sandi, nama pengguna, dan
driver) Default: 'default'

-s nama database untuk penautan (harus dalam tabel db, misalnya GO )

-n nama kosakata terkontrol (misalnya 'proses_biologis'). opsional. Jika tidak diberikan,
syarat semua ruang nama yang terkait dengan nama basis data akan ditangani.

-F Format file. Bisa obo atau go_flat dan lainnya didukung oleh Bio::OntologyIO.
Bawaan: obo

-u memperbarui semua persyaratan. Tanpa -u, istilah dalam database tidak akan diperbarui ke
isi file, dari segi definisi, dll. Istilah baru akan tetap
menambahkan.

-v keluaran verbose

-o outfile untuk kesalahan penulisan dan pesan verbose (opsional)

-t modus percobaan. Jangan melakukan operasi toko sama sekali. (mode percobaan tidak dapat menguji
memasukkan data terkait untuk istilah baru)

Opsi berikut diperlukan jika tidak menggunakan profil GMOD

-H hostname untuk database [wajib jika -p tidak digunakan]

-D nama database [wajib jika -p tidak digunakan]

-p kata sandi (jika Anda perlu memberikan kata sandi untuk terhubung ke db Anda)

-r username (jika Anda perlu memberikan nama pengguna untuk terhubung ke database Anda)

-d nama driver (misalnya 'Pg' untuk postgres). Nama driver dapat diberikan di gmod_config

Script mem-parsing ontologi dalam file dan ontologi yang sesuai dalam database,
jika hadir. Ini membandingkan istilah mana yang baru dalam file dibandingkan dengan database dan
menyisipkannya, dan membandingkan semua hubungan yang baru dan menyisipkannya. Ini menghilangkan
hubungan yang tidak ditentukan dalam file dari database. Itu tidak pernah menghapus
entri istilah dari database.

Script ini bekerja dengan skema Chado (lihat gmod.org) dan mengakses tabel berikut:

db
dbxref
cv
cvterm
cvterm_relationship
cvtermsinonim
cvterm_dbxref
cvtermprop

Istilah yang ada di database tetapi tidak ada di file disetel ke is_obsolete=1. Semua
istilah yang ada dalam database diperbarui (jika menggunakan opsi -u) untuk mencerminkan
definisi istilah yang ada di dalam file. Istilah baru yang ada di file tetapi tidak di
basis data disimpan. Data berikut terkait dengan setiap sisipan/pembaruan istilah:

Nama istilah
Definisi istilah
Hubungan dengan istilah lain
Sinonim
ID sekunder
definisi dbxrefs
komentar

Gunakan gmod_load_cvterms.plp online menggunakan layanan onworks.net