Ini adalah perintah gmod_make_gff_from_dbxref.plp yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
gmod_make_gff_from_dbxref.pl - alat untuk membuat file gff3 yang diberikan daftar dbxrefs dan
file fasta.
SINOPSIS
% gmod_make_gff_from_dbxref.pl --fasta_dir --tmp_dir \
<dbxref_list
GARIS KOMANDO PILIHAN
--fasta_dir Direktori yang berisi file fasta (wajib)
--tmp_dir Direktori sementara (default: / Tmp)
--type SO istilah yang akan digunakan untuk fitur yang dibuat (default: region)
--source Kolom 2 dari file GFF (default: .)
DESKRIPSI
Alat ini mengambil daftar pengidentifikasi dan aksesi db yang dipisahkan tab pada baris perintah
(seperti gmod_extract_dbxref_from_gff.pl akan menghasilkan) bersama dengan direktori yang berisi
file fasta dan membuat file GFF. Script mencoba beberapa opsi untuk mengidentifikasi
aksesi di baris deskripsi fasta. Ini adalah jenis hal yang saat ini
mencoba:
>mi|5419616|mn|TC130707|
untuk mendapatkan TC130707
>gi|34072055|gb|CG180994.1|CG180994
untuk mendapatkan CG180994.1
>mi|12821100|mn|2_11498(1330441)|
untuk mendapatkan 2_11498.
> 123456
untuk mendapatkan 123456 (yaitu, seluruh baris, yang merupakan pilihan terakhir).
Jika Anda memiliki baris deskripsi yang berbeda dari ini dan ingin bantuan memodifikasi
skrip ini untuk bekerja dengan data Anda, silakan kirim email ke milis skema:
[email dilindungi]. Jika Anda memodifikasi skrip sendiri agar berfungsi dengan
data, harap kirimkan juga milis skema untuk melaporkan perubahan Anda sehingga dapat
disertakan.
Gunakan gmod_make_gff_from_dbxref.plp online menggunakan layanan onworks.net
