Ini adalah perintah obfit yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
mendapatkan — melapiskan dua molekul berdasarkan pola
RINGKASAN
mendapatkan SMARTS-pola file tetap file keluar
DESKRIPSI
Tumpangkan dua molekul menggunakan quaternion fit. Atom-atom yang digunakan untuk menyesuaikan dua molekul
didefinisikan oleh pola SMARTS yang diberikan oleh pengguna. Berguna untuk menyelaraskan deret kongenerik
molekul pada perancah struktural umum untuk studi 3D-QSAR. Ini juga dapat berguna untuk
menampilkan hasil generasi konformasi.
Setiap molekul yang cocok dengan pola SMARTS yang disediakan akan diputar dan diterjemahkan untuk memberikan
RMSD sekecil mungkin antara daerah yang cocok. Jika suatu molekul tidak cocok dengan
Pola SMARTS, itu akan menjadi output tanpa transformasi.
CONTOH
Sejajarkan semua molekul di 'testmv.sdf' pada satu molekul 'testref.sdf' dengan
melapiskannya pada bagian N-methylpiperidyl (dan mengeluarkan file SD baru ke
keluaran standar):
obfit '[nh]1c2c(=O)n(C)c(=O)n(C)c2cc1' testref.sdf testmv.sdf
Gunakan obfit online menggunakan layanan onworks.net
