Ini adalah perintah subread-align yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
subread-align - aligner yang akurat dan efisien untuk memetakan kedua pembacaan DNA-seq genom
dan pembacaan RNA-seq (untuk tujuan analisis ekspresi)
PENGGUNAAN
penyelarasan sub-baca [pilihan] -i -r -o -t
Argumen yang diperlukan:
-i
Nama dasar indeks.
-r
Nama file masukan. Format input termasuk fastq gzip, fastq, dan fasta can
terdeteksi secara otomatis. Jika dipasangkan-akhir, ini akan memberikan nama file
termasuk bacaan pertama.
-t
Jenis data pengurutan input. Nilainya meliputi 0: RNA-seq data 1: genomic
data seq DNA.
Argumen opsional:
-o
Nama file keluaran. Secara default, output dalam format BAM.
-n
Jumlah subreads yang dipilih, 10 secara default.
-m
Ambang konsensus untuk melaporkan klik (jumlah minimal sub-pembacaan yang dipetakan
konsensus). Jika dipasangkan-end, ini memberikan ambang batas konsensus untuk pembacaan jangkar.
3 secara default
-M
Tentukan jumlah maksimum pangkalan yang tidak cocok yang diizinkan dalam perataan. 3 oleh
bawaan. Kecocokan yang ditemukan di pangkalan softclipped tidak dihitung.
-T
Jumlah utas CPU yang digunakan, 1 secara default.
-I
Panjang maksimum (dalam bp) indel yang dapat dideteksi. 5 secara default. Program
dapat mendeteksi indel hingga panjang 200bp.
-B
Jumlah maksimum lokasi pemetaan yang sama-sama terbaik untuk dilaporkan. 1 secara default. Catatan
bahwa -u pilihan lebih diutamakan daripada -B.
-P <3:6>
Format skor Phred dalam file input, '3' untuk phred+33 dan '6' untuk phred+64. '3'
secara default
-u Laporkan hanya baca yang dipetakan secara unik. Jumlah basa yang cocok (untuk RNA-seq) atau
basa yang tidak cocok (untuk DNA-seq genomik) digunakan untuk memutuskan ikatan.
-b Ubah basis baca ruang warna menjadi basis baca ruang basis dalam output pemetaan. Catatan
bahwa pemetaan baca dilakukan pada ruang warna.
--sv Mendeteksi varian struktural (mis. indel panjang, inversi, duplikasi, dan
translokasi) dan melaporkan breakpoints. Lihat Panduan Pengguna untuk breakpoint
pelaporan.
--SAMinput
Pembacaan input dalam format SAM.
--BAMinput
Pembacaan input dalam format BAM.
--Keluaran SAM
Simpan hasil pemetaan dalam format SAM.
--trim5
Potong jumlah basis dari 5' akhir setiap membaca. 0 secara default.
--trim3
Potong jumlah basis dari 3' akhir setiap membaca. 0 secara default.
--rg-id
Tambahkan ID grup baca ke output.
--rg
Menambahkan ke header grup baca (RG) di output.
--DPGapBuka Penalti untuk pembukaan celah dalam deteksi indel pendek. -1 by
standar.
--DPGapExt
Penalti untuk perpanjangan celah dalam deteksi indel pendek. 0 secara default.
--DPMismatch Penalti untuk ketidakcocokan dalam deteksi indel singkat. 0 oleh
standar.
--DPMatch
Skor untuk basis yang cocok dalam deteksi indel singkat. 2 secara default.
--kompleksIndels
Deteksi beberapa indel pendek yang terjadi secara bersamaan di wilayah genom kecil
(Indel ini bisa sedekat 1bp terpisah).
-v Versi keluaran program.
Argumen opsional untuk pembacaan berpasangan-akhir:
-R
Nama file termasuk pembacaan kedua.
-p
Ambang konsensus untuk pembacaan non-jangkar (menerima suara lebih sedikit daripada jangkar
membaca dari pasangan yang sama). 1 secara default.
-d
Panjang fragmen/sisipan minimum, 50bp secara default.
-D
Panjang fragmen/sisipan maksimum, 600bp secara default.
-S
Orientasi bacaan pertama dan kedua, 'fr' secara default (maju/mundur).
Lihat Panduan Pengguna untuk penjelasan rinci tentang argumen.
Gunakan subread-align online menggunakan layanan onworks.net
