Ini adalah perintah subread-buildindex yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
subread-buildindex - membangun indeks ruang-dasar atau ruang-warna menggunakan referensi
urutan
PENGGUNAAN
subread-buildidex [pilihan] -o {FASTA file1} [FASTA file2] ...
Argumen yang diperlukan:
-o
nama dasar indeks yang akan dibuat
Argumen opsional:
-F membangun indeks lengkap untuk genom referensi. Subread 16bp akan diekstraksi dari
setiap posisi genom referensi. Ukuran indeks biasanya 3 kali lipat
ukuran indeks dibangun dari menggunakan pengaturan default.
-B buat satu blok index. Indeks yang dibangun tidak akan dibagi menjadi beberapa bagian.
Ini membuat jumlah memori terbesar diminta saat menjalankan penyelarasan, tetapi
memungkinkan kecepatan pemetaan maksimum untuk dicapai. Opsi ini menimpa -M ketika
itu disediakan juga.
-M
ukuran memori yang diminta (RAM) dalam megabyte, 8000 secara default.
-f
tentukan ambang batas untuk menghapus subbacaan yang tidak informatif (16mers yang sangat berulang
dalam referensi). 100 secara default.
-c membangun indeks ruang warna.
-v versi keluaran program.
Untuk informasi lebih lanjut tentang argumen ini, silakan merujuk ke Panduan Pengguna.
subbaca- 1.5.0-p1+dfsg-2
Gunakan subread-buildindex online menggunakan layanan onworks.net
