Ini adalah aplikasi Linux bernama trj_cavity yang rilis terbarunya dapat diunduh sebagai trj_cavity_v2.1.tar.gz. Ini dapat dijalankan secara online di penyedia hosting gratis OnWorks untuk workstation.
Unduh dan jalankan aplikasi ini secara online bernama trj_cavity dengan OnWorks secara gratis.
Ikuti petunjuk ini untuk menjalankan aplikasi ini:
- 1. Download aplikasi ini di PC Anda.
- 2. Masuk ke file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan username yang anda inginkan.
- 3. Upload aplikasi ini di filemanager tersebut.
- 4. Jalankan emulator online OnWorks Linux atau Windows online atau emulator online MACOS dari situs web ini.
- 5. Dari OS Linux OnWorks yang baru saja Anda mulai, buka file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang Anda inginkan.
- 6. Download aplikasinya, install dan jalankan.
Tangkapan layar
Ad
trj_cavity
DESKRIPSI
trj_cavity menemukan rongga protein di seluruh lintasan simulasi Dinamika Molekuler (MD). Program ini bekerja dengan file dalam format PDB, tetapi juga dapat membaca/menghasilkan format yang kompatibel dengan GROMACS seperti XTC.
Proyek yang sama dapat dikompilasi sebagai alat GROMACS atau sebagai versi mandiri. Petunjuk penginstalan disediakan dalam file INSTALL proyek dan di https://sourceforge.net/p/trjcavity/wiki/Home/#ffad
Jika Anda memerlukan dukungan menggunakan alat ini (atau melaporkan bug), silakan posting di forum diskusi.
Keterangan: v2 berjalan secara paralel dan mendukung seri GROMACS v5.1+. Jika Anda ingin terus menggunakan GROMACS v4.x, silakan gunakan trj_cavity_v1.1.
Fitur
- Menemukan rongga protein dalam lintasan simulasi MD.
- Menghasilkan lintasan MD dari rongga protein vs waktu.
- Menyediakan statistik distribusi rongga protein.
- Menghitung deskriptor volume rongga.
- Profil radius terowongan pori sumbu normal.
Bahasa Pemrograman
C + +
Kategori
Ini adalah aplikasi yang juga dapat diambil dari https://sourceforge.net/projects/trjcavity/. Ini telah di-host di OnWorks untuk dijalankan secara online dengan cara termudah dari salah satu Sistem Operasi gratis kami.
