Questo è il comando fastq-stats che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
fastq-stats - ea-utils: produce molte statistiche facilmente digeribili
SINOSSI
fastq-stats [Opzioni]
DESCRIZIONE
Versione: 1.01 $Id: fastq-stats.cpp 652 2013-09-17 17:40:32Z Earonesty $
Produce molte statistiche facilmente digeribili per i file elencati
Opzioni
-c cyclemax: cicli massimi per i quali vengono prodotte le seguenti statistiche di qualità [35] -w INT
finestra: dimensione massima della finestra per la generazione di statistiche di lettura duplicate [2000000] -d eseguire il debug:
stampa le istruzioni di debug -D non duplicare le statistiche di lettura -s INT numero di cima
letture duplicate da visualizzare -x FIL output statistiche fastx (richiede un nome file di output) -b
Ripartizione della base di output FIL per qualità per phred ad ogni ciclo.
Imposta cylemax alla lunghezza di lettura più lunga
-L FIL Output lunghezza conta
I seguenti dati vengono stampati su stdout:
legge: #legge nel file fastq
len : leggi la lunghezza. mean e stdev sono forniti per lunghezze di lettura variabili
phred : scala phred utilizzata
dimensione della finestra
: Numero di letture utilizzate per generare statistiche di lettura duplicate
ciclo-max
: Numero di basi da valutare per la duplicità
dups : numero di letture che sono duplicate
%dup : Pct legge che sono duplicati
sequenza di duplicazione univoca
: Sequenze numeriche duplicate
numero minimo di duplicati
: Il più piccolo numero di duplicati per qualsiasi sequenza duplicata
dup seq
: Elenca le prime 10 letture duplicate più frequenti insieme a count mean e stdev
qual : Qualità di base min, max e media
%A,%T,%C,%G
: percentuali di base
basi totali
: numero totale di basi
Usa fastq-stats online utilizzando i servizi onworks.net
