fastqc - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

FastQC - strumento di analisi QC in sequenza ad alta produttività

SINOSSI

fastqc seqfile1 seqfile2 .. seqfileN

fastqc [-o dir output] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam]

[-c file contaminante] seqfile1 .. seqfileN

DESCRIZIONE

FastQC legge una serie di file di sequenza e produce da ciascuno un controllo di qualità
report composto da una serie di moduli diversi, ognuno dei quali aiuterà a
identificare un diverso tipo di potenziale problema nei dati.

Se nessun file da elaborare è specificato sulla riga di comando, il programma lo farà
iniziare come un'applicazione grafica interattiva. Se i file sono forniti su
riga di comando, il programma verrà eseguito senza necessità di interazione da parte dell'utente. In questo
modalità è adatto per l'inclusione in una pipeline di analisi standardizzata.

Le opzioni per il programma come segue:

-h --Aiuto
Stampa questo file di aiuto ed esci

-v --versione
Stampa la versione del programma ed esci

-o --dir
Crea tutti i file di output nella directory di output specificata. Si prega di notare che questo
directory deve esistere poiché il programma non la creerà. Se questa opzione non è impostata
quindi il file di output per ogni file di sequenza viene creato nella stessa directory del
file di sequenza che è stato elaborato.

--casava
I file provengono dall'output raw di casava. File nello stesso gruppo di campioni (solo differenze
dal numero del gruppo) saranno analizzati come un insieme piuttosto che individualmente. sequenze
con il flag di filtro impostato nell'intestazione verrà escluso dall'analisi. File
devono avere gli stessi nomi dati loro da casava (incluso l'essere gzip e
che terminano con .gz) altrimenti non verranno raggruppati correttamente.

--estratto
Se impostato, il file di output compresso verrà decompresso nella stessa directory dopo
è stato creato. Per impostazione predefinita questa opzione verrà impostata se viene eseguito fastqc
modalità non interattiva.

-j --Giava
Fornisce il percorso completo del binario java che si desidera utilizzare per avviare fastqc. Altrimenti
fornito, si presume che Java sia nel tuo percorso.

--noextract
Non decomprimere il file di output dopo averlo creato. Dovresti impostare questa opzione se
non si desidera decomprimere l'output durante l'esecuzione in modalità non interattiva.

--nessun gruppo
Disabilita il raggruppamento delle basi per le letture >50 bp. Tutti i rapporti mostreranno i dati per ogni
base nella lettura. ATTENZIONE: l'uso di questa opzione causerà l'arresto anomalo e la masterizzazione di fastqc
se lo usi su letture davvero lunghe, e le tue trame potrebbero diventare ridicole.
Sei stato avvertito!

-f --formato
Ignora il normale rilevamento del formato del file di sequenza e forza l'uso del programma
il formato specificato. I formati validi sono bam,sam,bam_mapped,sam_mapped e fastq

-t --thread
Specifica il numero di file che possono essere elaborati contemporaneamente. Ogni filo
verranno allocati 250 MB di memoria, quindi non dovresti eseguire più thread del tuo
la memoria disponibile farà fronte e non più di 6 thread su una macchina a 32 bit

-c Specifica un file non predefinito che contiene l'elenco di

--contaminanti
contaminanti contro cui sottoporre a screening le sequenze sovrarappresentate. Il file deve contenere
insiemi di contaminanti denominati nella forma name[tab]sequence. Linee precedute da a
l'hash verrà ignorato.

-k --kmers
Specifica la lunghezza di Kmer da cercare nel modulo di contenuto di Kmer. Kmer . specificato
la lunghezza deve essere compresa tra 2 e 10. La lunghezza predefinita è 5 se non specificata.

-q --silenzioso
Sopprime tutti i messaggi di avanzamento su stdout e segnala solo gli errori.

Usa fastqc online utilizzando i servizi onworks.net