gt-genomediff - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gt-genomediff - Calcola Kr: distanze a coppie tra i genomi.

SINOSSI

gt genomediff [opzione ...] (INDICE | -nomeindice NOME SEQFILE SEQFILE [...])

DESCRIZIONE

-tipoindice [...]
specificare il tipo di indice, uno tra: esa|pck|encseq. Dove encseq è una sequenza codificata e
un array di suffissi potenziato verrà costruito solo in memoria. (predefinito: encseq)

-nomeindice [stringa]
Nome base di encseq da costruire. (predefinito: non definito)

-unitfile [Nome del file]
specifica le unità genomiche, vedere sotto per la descrizione. (predefinito: non definito)

-rispecchiato [si|no]
aggiungere virtualmente il complemento inverso di ogni sequenza (predefinito: no)

-pl [APPREZZIAMO]
specificare la lunghezza del prefisso per la raccomandazione sull'ordinamento del bucket: utilizzare senza argomenti; poi un
la lunghezza ragionevole del prefisso viene determinata automaticamente. (predefinito: 0)

-cc [APPREZZIAMO]
specificare il valore della copertura della differenza (predefinito: 0)

-limite di memoria [stringa]
specificare la quantità massima di memoria da utilizzare durante la costruzione dell'indice (in byte, il
parole chiave MB che a GB sono consentiti) (predefinito: non definito)

-scansione [si|no]
non caricare l'indice esa ma scansionarlo in sequenza. (impostazione predefinita: sì)

-thr [APPREZZIAMO]
Soglia per la differenza (du, dl) nel calcolo della divergenza. predefinito: 1e-9

-err_abs [APPREZZIAMO]
errore assoluto per il calcolo dello shulen previsto. predefinito: 1e-5

-rel_err [APPREZZIAMO]
errore relativo per il calcolo dello shulen previsto. predefinito: 1e-3

-M [APPREZZIAMO]
soglia per il logaritmo minimo. predefinito: DBL_MIN

-v [si|no]
essere prolisso (predefinito: no)

-Aiuto
visualizza la guida per le opzioni di base ed esci

-aiuto+
visualizza la guida per tutte le opzioni ed esci

-versione
visualizza le informazioni sulla versione ed esci

Lo strumento genomediff accetta solo input di DNA.

Se utilizzato con file di sequenza o encseq, in memoria verrà creato un array di suffissi avanzato.
L'ESA non verrà creata completamente, ma verrà utilizzata per la costruzione -limite di memoria come soglia
e costruiscilo parzialmente, calcolando la lunghezza Shu per ciascuna parte.

Formato file per opzione -unitfile (nella sintassi Lua):

unità = {
genoma1 = { "percorso/file1.fa", "file2.fa" },
genoma2 = { "file3.fa", "percorso/file4.fa" }
}

Fornisci il percorso ai file così come sono stati forniti allo strumento encseq! Puoi usare

$ gt encseq info NOMEINDICE

per ottenere un elenco di file in una sequenza codificata.

Le righe di commento in Lua iniziano con -- e verrà ignorato.

Vedi GTDIR/testdata/genomediff/unitfile1.lua per un esempio.

Opzioni -pl, -cc che a -limite di memoria sono opzioni per influenzare la costruzione dell’ESA.

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