Questo è il comando gt-seed_extend che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gt-seed_extend - Calcola gli allineamenti locali utilizzando l'algoritmo seed ed extend.
SINOSSI
gt seme_estendere [opzione ...] encseq_basename [encseq_basename]
DESCRIZIONE
-ii [stringa]
Indice di input per sequenze codificate encseq
-qii [stringa]
Indice di input della query (encseq)
-lunghezza del seme [APPREZZIAMO]
Lunghezza minima di un seme predefinito: logaritmo della lunghezza di input rispetto alla dimensione dell'alfabeto di base
-diagbanda larghezza [APPREZZIAMO]
Logaritmo della larghezza della banda diagonale (per filtro) (impostazione predefinita: 6)
-mincopertura [APPREZZIAMO]
Copertura minima in due bande diagonali vicine (per il filtro) predefinita: 2.5 x
lunghezza del seme
-frequenza massima [APPREZZIAMO]
Frequenza massima di un k-mer (per filtro) (impostazione predefinita: non definita)
-limite di memoria [stringa]
Utilizzo massimo della memoria per determinare la frequenza massima di un k-mer (per filtro)
(predefinito: non definito)
-extendxdrop [APPREZZIAMO]
Estendi il seed su entrambi i lati utilizzando l'algoritmo xdrop, specifica il parametro /nopzionale
sensibilità (predefinito: 97)
-xdropbelow [APPREZZIAMO]
Specificare il punteggio limite xdrop (0 significa definito automaticamente in base alla miniidentità)
-estendereavido [APPREZZIAMO]
Estendi il seed su entrambi i lati utilizzando l'algoritmo greedy, specifica il parametro opzionale
sensibilità (predefinito: 97)
-l [APPREZZIAMO]
Lunghezza minima di allineamento (per estensione seme) (impostazione predefinita: non definita)
-minidentità [APPREZZIAMO]
Identità minima delle corrispondenze (per estensione seed) (impostazione predefinita: 80)
-a [APPREZZIAMO]
mostra allineamenti/sequenze (l'argomento opzionale è il numero di colonne per riga) (predefinito:
70)
-no-retromarcia [si|no]
non calcolare le corrispondenze sul filamento complementato inverso (impostazione predefinita: no)
-no-avanti [si|no]
non calcolare le corrispondenze sul filamento diretto (impostazione predefinita: no)
-v [si|no]
essere prolisso (predefinito: no)
-Aiuto
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-versione
visualizza le informazioni sulla versione ed esci
REPORTING BUG
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