Questo è il comando pynast che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
PyNAST - allineamento di brevi sequenze di DNA
SINOSSI
pinasta [Opzioni] {-io ingresso_fp -t modello_fp}
DESCRIZIONE
[] indica l'input facoltativo (ordine non importante) {} indica l'input richiesto (ordine
irrilevante)
Esempio utilizzo:
pinasta -i mio_input.fasta -t mio_template.fasta
VERSIONI
--versione
mostra il numero di versione del programma ed esci
-h, --Aiuto
mostra questo messaggio di aiuto ed esci
-t MODELLO_FP, --template_fp=MODELLO_FP
percorso del file di allineamento del modello [OBBLIGATORIO]
-i INGRESSO_FP, --fp_input=INGRESSO_FP
percorso per inserire il file fasta [OBBLIGATORIO]
-v, --verboso
Stato di stampa e altre informazioni durante l'esecuzione [predefinito: False]
-p MIN_PCT_ID, --min_pct_id=MIN_PCT_ID
identità di sequenza percentuale minima per considerare una sequenza una corrispondenza [predefinito: 75.0]
-l LUNGHEZZA_MIN, --min_len=LUNGHEZZA_MIN
lunghezza minima della sequenza da includere nell'allineamento NAST [predefinito: 1000]
-m PAIRWISE_ALIGNMENT_METHOD, --pairwise_alignment_method=PAIRWISE_ALIGNMENT_METHOD
metodo per eseguire l'allineamento a coppie [predefinito: uclust]
-a FASTA_OUT_FP, --fasta_out_fp=FASTA_OUT_FP
percorso per memorizzare il file di allineamento risultante [predefinito: derivato dal percorso file di input]
-g LOG_FP, --log_fp=LOG_FP
percorso per memorizzare il file di registro [predefinito: derivato dal percorso del file di input]
-f FAILURE_FP, --fallimento_fp=ERRORE_FP
percorso per memorizzare file di seq che non riescono ad allinearsi [predefinito: derivato da input
percorso del file]
-e MAX_E_VALUE, --max_e_value=MAX_E_VALORE
Ammortato. Verrà rimosso in PyNAST 1.2
-d BLAST_DB, --blast_db=BLAST_DB
Ammortato. Verrà rimosso in PyNAST 1.2
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