Questa è l'app Linux denominata BarraCUDA Fast Short Read Aligner la cui ultima versione può essere scaricata come barracuda_0.7.107h.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata BarraCUDA Fast Short Read Aligner con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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Aligner BarraCUDA Fast Short Read
DESCRIZIONE
Barracuda è un allineatore di sequenze ad alta velocità basato sul BWA di Sanger e utilizza l'ultima architettura Nvidia CUDA per accelerare gli allineamenti delle letture di sequenza generate dai sequencer di nuova generazione.
Caratteristiche
- Risolti problemi con la compilazione del software in Ubuntu 16.04
- Modifica: il limite di 8 core di SAMPE è stato rimosso
- Software di mappatura della lettura del sequenziamento dell'indice FM che utilizza l'accelerazione NVIDIA CUDA
- Output in formato SAM per analisi a valle
- Richiede una scheda grafica NVIDIA con capacità di elaborazione 3.5 o superiore e almeno 1 GB di VRAM
- Richiede il toolkit NVIDIA CUDA SDK 6.x o successivo e il driver NVIDIA 340 o successivo
- BarraCUDA è pubblicato su BMC Research Notes 2012, 5:27, doi:10.1186/1756-0500-5-27
- URL carta: http://www.biomedcentral.com/1756-0500/5/27
- Questo progetto è sostenuto dal centro di eccellenza CUDA dell'Università di Cambridge
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
C++, C
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/seqbarracuda/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
