Questa è l'app Linux denominata BisSNP la cui ultima versione può essere scaricata come BisSNP-1.0.0.jar. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata BisSNP con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
BisSNP
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DESCRIZIONE
Ora in Github: https://github.com/dnaase/Bis-tools/tree/master/Bis-SNP
BisSNP è un pacchetto basato sul framework map-reduce Genome Analysis Toolkit (GATK) per la genotipizzazione nel sequenziamento massivo parallelo trattato con bisolfito (Bisulfite-seq, NOMe-seq e RRBS) su piattaforma Illumina. Utilizza l'inferenza bayesiana con probabilità di metilazione specificate manualmente o stimate automaticamente di diversi contesti di citosina (non solo CpG, CHH, CHG in Bisulfite-seq, ma anche GCH et.al. in altri sequenziamenti trattati con bisolfito) per determinare simultaneamente genotipi e livelli di metilazione . Funziona sia per letture single-end che paired-end. La specificità e la sensibilità sono state convalidate dall'array Illumina IM SNP. Nei dati della soglia 30X predefinita (punteggio della scala Phred > 20), è possibile rilevare il 92.21% di SNP eterozigoti con un tasso di falsi positivi dello 0.14%. Gruppo Google per assistenza: http://goo.gl/zL7Nj
Caratteristiche
- chiamante SNP
- chiamante della metilazione
- bisolfito-seq/NOMe-seq/RRBS
- genotipizzazione
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
Perl, Java
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/bissnp/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
