זוהי הפקודה asn2gb שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
asn2gb - המרת נתונים ביולוגיים של ASN.1 לפורמט שטוח בסגנון GenBank
תַקצִיר
asn2gb [-] [-A הצטרפות] [-F] [-a מסוג asn] [-b] [-c] [-d] [-f פוּרמָט] [-g N] [-h N]
[-i שם הקובץ] [-j N] [-k N] [-l שם הקובץ] [-m מצב] [-n שם הקובץ] [-o שם הקובץ] [-p]
[-q שם הקובץ] [-r] [-s סגנון] [-t N] [-u N] [-y N]
תיאור
asn2gb ממירה תיאורים של רצפים ביולוגיים מפורמט ASN.1 של NCBI לאחד
מספר פורמטים של קבצים שטוחים, והוא היורש של asn2ff(1).
אפשרויות
סיכום האפשרויות כלול להלן.
- הדפס הודעת שימוש
-A הצטרפות
הצטרפות להביא; עשוי לקחת את הטופס הצטרפות,מורכבות,דגלים איפה מורכבות
אמור להיות בדרך כלל 0 וכן דגלים ערך של -1 מאפשר שליפת תכונות חיצוניות
(כמו עם המורשת -F אוֹפְּצִיָה)
-F אחזר הערות מרחוק (שקול לציון -A הצטרפות,0,-1)
-a מסוג asn
סוג ASN.1:
[רשומה בודדת]
a כל (זוהה אוטומטית; ברירת מחדל)
e seq-Entry
b Bioseq
s bioseq-Set
m seq-subMit
q Catenated
[קובץ שחרור; רכיבים מעובדים ומשוחררים בנפרד]
t batch bioseq-set
u batch seq-submit
-b קובץ הקלט הוא בינארי
-c קובץ אצווה דחוס
-d Seq-loc מינוס גדיל
-f פוּרמָט
פוּרמָט:
b GenBank (ברירת מחדל)
bp או pb
GenBank ו-GenPept
e EMBL
p GenPept
q נוקלאוטיד GBSet (XML)
r חלבון GBSet (XML)
• טבלת תכונות בלבד
x nucleotide INSDSet (XML)
y tiny seq (XML)
Y FASTA
z protein INSDSet (XML)
-g N דגלי סיביות (כולם כברירת מחדל כבויים):
1 HTML
2 XML
4 ContigFeats
8 ContigSrcs
16 FarTransl
-h N דגלי נעילה/חיפוש (כולם כברירת מחדל כבויים):
8 LockProd
16 LookupComp
64 LookupProd
-i שם הקובץ
שם קובץ קלט (ברירת מחדל = stdin)
-j N מיקום התחלה (ברירת המחדל היא 0, תחילת הרצף)
-k N מיקום סיום (ברירת המחדל היא 0, סוף הרצף)
-l שם הקובץ
קובץ לוג
-m מצב
מצב:
r שחרר
e Entrez
s נצנצים (ברירת מחדל)
ד לזרוק
-n שם הקובץ
Asn2Flat קובץ הפעלה (ברירת מחדל = asn2flat)
-o שם הקובץ
שם קובץ פלט (ברירת מחדל = stdout)
-p הפצת תיאורים מובילים
-q שם הקובץ
קובץ הפעלה של Ffdiff (ברירת מחדל = /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)
-r אפשר אחזור מרחוק
-s סגנון
סגנון:
n רגיל (ברירת מחדל)
פלח
מ' מאסטר
ג קנטיג
-t N קבוצה:
דוח 1
2 נצנצים/שחרור
3 asn2gb SSEC/nocleanup
4 asn2flat BSEC/nocleanup
5 asn2gb/asn2flat
6 asn2gb חדש dbxref/ישן dbxref
7 oldasn2gb/newasn2gb
-u N דגלים מותאמים אישית (כולם כברירת מחדל כבויים):
4 הסתר תכונות
1792 הסתר הפניות
8192 הסתר מקורות
262144 הסתר תרגומים
-y N מזהה פריט תכונה
השתמש ב-asn2gb באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
