זוהי הפקודה fastq-multx שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
fastq-multx - ea-utils: החלף את % במזהה הברקוד בקובץ הברקודים
תַקצִיר
fastq-multx [-g|-l|-B] -o r1.%fq [mate.fq -o r2.%fq]...
תיאור
fastq-multx: אפשרות לא חוקית -- 'h' אפשרות לא ידועה '-h'.
גרסה: 1.02.684
קבצי פלט חייבים להכיל סימן '%' אשר מוחלף במזהה הברקוד בברקודים
קוֹבֶץ. קובץ פלט יכול להיות לא זמין כדי למחוק את הנתונים המתאימים (השתמש בזה עבור הברקוד
לקרוא)
קובץ ברקודים (-B) נראה ככה:
...
ברירת המחדל היא לנחש את -בול or -eol מבוסס על סטטיסטיקה ברורה.
If -g נעשה שימוש, אז הפרמטר שלו הוא נתיב אינדקס, ורצפים שמתרחשים לעתים קרובות הם
מְשׁוּמָשׁ.
If -l נעשה שימוש ואז כל הברקודים בקובץ מנוסים, ו*הקבוצה* עם ה*הכי*
נבחר התאמות.
קובץ ברקודים מקובצים (-l or -L) נראה ככה:
...
קריאות משודכות, אם מסופקות, נשמרות מסונכרנות
אפשרויות
-o קבצי פלט FIL1 (אחד לכל קלט, נדרש) -g SEQFIL קבע ברקודים מ
באינדקס קרא SEQFIL -l BCFIL קבע ברקודים מכל קריאה, באמצעות BCFIL כמאסטר
רשימה -L BCFIL קבע ברקודים מ , באמצעות BCFIL כרשימה מאסטר -B BCFIL
השתמש בברקודים מהקובץ שצוין, אל תפעיל שלב קביעה -b להכריח
תחילת השורה (5') להתאמת ברקוד -e כפה סוף שורה (3') עבור קוד batcode
תואם -t NUM חלק את הסף לקביעה אוטומטית לפי פקטור NUM (1), > 1 = יותר
רגיש -G NAME השתמש בקבוצות התואמות ל-NAME בלבד -x אל תקצץ ברקודים
לפני כתיבת יעד -n אל תבצע, רק הדפס רשימת ברקודים סבירים
-v C ודא שהמזהה המשויך תואם לתו C (השתמש ב- ' ' עבור illumina) -m N
אפשר עד N אי התאמה, כל עוד הן ייחודיות (1) -d N דורש מינימום
מרחק של N בין הטוב ביותר לטוב הבא (2) -q N דורש מינימום phred
איכות N כדי לקבל בסיס ברקוד (0)
השתמש ב-fastq-multx באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net