gmx-sorient - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-sorient - ניתוח אוריינטציה של ממס סביב מומסים

תַקצִיר

gmx sorient [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-לא [<.xvg>]] [-רו [<.xvg>]]
[-שיתוף [<.xvg>]] [- [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[עַכשָׁיו] [-xvg ] [-[no]com] [-[no]v23]
[-rmin ] [-rmax ] [-תא ]
[-רבין ] [-[no]pbc]

תיאור

GMX sorient מנתח אוריינטציה של ממס סביב מומסים. זה מחשב שתי זוויות ביניהן
הווקטור ממיקום ייחוס אחד או יותר לאטום הראשון של כל ממס
מולקולה:

· theta_1: הזווית עם הווקטור מהאטום הראשון של מולקולת הממס ל-
נקודת אמצע בין אטומים 2 ו-3.

· theta_2: הזווית עם הנורמלי של מישור הממס, המוגדרת על ידי אותם שלושה
אטומים, או, כאשר האפשרות -v23 מוגדר, הזווית עם הווקטור בין אטומים 2 ו
3.

ההתייחסות יכולה להיות קבוצת אטומים או מרכז המסה של קבוצת אטומים. הקבוצה של
אטומי ממס צריכים להיות מורכבים מ-3 אטומים לכל מולקולת ממס. רק מולקולות ממס
בֵּין -rmin ו -rmax נחשבים עבור -o ו -לא כל מסגרת.

-o: התפלגות cos(theta_1) עבור rmin<=r<=rmax.

-לא: התפלגות cos(theta_2) עבור rmin<=r<=rmax.

-רו: ו<1cos(^3theta_2)-2> כפונקציה של המרחק.

-שיתוף: הסכום על כל מולקולות הממס במרחק r של cos(theta_1) ו
3cos(^2(theta_2)-1) כפונקציה של r.

-: התפלגות מולקולות הממס כפונקציה של r

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
מַסלוּל: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
מבנה+מסה(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-o [<.xvg>] (sori.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

-לא [<.xvg>] (snor.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

-רו [<.xvg>] (sord.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

-שיתוף [<.xvg>] (scum.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

- [<.xvg>] (scount.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

אפשרויות אחרות:

-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול

-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול

-dt (0)
השתמש רק במסגרת כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)

-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים

-xvg
עיצוב העלילה xvg: xmgrace, xmgr, none

-[no]com (לא)
השתמש במרכז המסה כמיקום הייחוס

-[no]v23 (לא)
השתמש בוקטור בין אטומים 2 ו-3

-rmin (0)
מרחק מינימלי (ננומטר)

-rmax (0.5)
מרחק מקסימלי (ננומטר)

-תא (0.02)
רוחב bin עבור הקוסינוס

-רבין (0.02)
רוחב bin עבור r (ננומטר)

-[no]pbc (לא)
בדוק את PBC עבור חישוב מרכז המסה. הכרחי רק כאשר הפניה שלך
הקבוצה מורכבת ממספר מולקולות.

השתמש ב-gmx-sorient באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net