gmx-trjconv - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-trjconv - המרה ומניפולציה של קבצי מסלול

תַקצִיר

gmx trjconv [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-פרו [<.ndx>]] [-תַת [<.ndx>]] [-יְרִידָה [<.xvg>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-b ] [-e ]
[-אתה ] [-[עַכשָׁיו] [-xvg ] [-לדלג ]
[-dt ] [-[אין] עגול] [-מזבלה ] [-0 ]
[-צעד זמן ] [-pbc ] [-אור ]
[-[אין]מרכז] [-boxcenter ] [-קופסא ]
[-עָבָר ] [-מִשׁמֶרֶת ] [-לְהַתְאִים ]
[-נדק ] [-[רוֹמָן] [-[אין]כוח] [-טראנק ]
[-Exec ] [-לְפַצֵל ] [-[לא] ספטמבר]
[- אפס ] [-דרופנדר ] [-צניחה ]
[-[אין] קשר]

תיאור

GMX trjconv יכול להמיר קבצי מסלול בדרכים רבות:

· מפורמט אחד לאחר

· בחר תת-קבוצה של אטומים

· לשנות את ייצוג המחזוריות

· לשמור מולקולות מולטימריות ביחד

· מרכז אטומים בקופסה

· להתאים אטומים למבנה התייחסות

· להפחית את מספר הפריימים

· לשנות את חותמות הזמן של הפריימים (-0 ו -צעד זמן)

· חותכים את המסלול בתתי מסלולים קטנים לפי מידע בקובץ אינדקס.
זה מאפשר ניתוח שלאחר מכן של תת-המסלולים שיכולים להיות, למשל
תוצאה של ניתוח אשכולות. השתמש באפשרות -תַת. זה בהנחה שהערכים ב-
קובץ האינדקס הם מספרי מסגרת ומשליך כל קבוצה בקובץ האינדקס לקבוצה נפרדת
קובץ מסלול.

· בחר מסגרות בטווח מסוים של כמות הנתונה ב-an .xvg קובץ.

GMX trjcat מתאים יותר לשרשור קבצי מסלול מרובים.

הפורמטים הבאים נתמכים עבור קלט ופלט: ‎.xtc, .trr, .gro, .g96 ו .pdb.
פורמטי הקובץ מזוהים מתוך סיומת הקובץ. הדיוק של ‎.xtc ו .gro
הפלט נלקח מקובץ הקלט עבור ‎.xtc, .gro ו .pdb, ומה -נדק אפשרות עבור
פורמטי קלט אחרים. הדיוק תמיד נלקח מ -נדק, כאשר אפשרות זו מוגדרת.
לכל שאר הפורמטים יש דיוק קבוע. .trr הפלט יכול להיות דיוק יחיד או כפול,
בהתאם לדיוק של GMX trjconv בינארי. שימו לב כי המהירויות הן בלבד
נתמך ב .trr, .gro ו .g96 קבצים.

אפשרות -ספטמבר ניתן להשתמש כדי לכתוב כל מסגרת לפריים .gro, .g96 or .pdb קוֹבֶץ. על ידי
ברירת מחדל, כל המסגרות נכתבות כולן לקובץ אחד. .pdb קבצים עם כל המסגרות משורשרות יכול
להיראות עם רסמול -nmrpdb.

אפשר לבחור חלק מהמסלול שלך ולכתוב אותו לקובץ מסלול חדש
על מנת לחסוך מקום בדיסק, למשל להשארת המים ממסלול של חלבון
במים. תמיד שים את המסלול המקורי בקלטת! אנו ממליצים להשתמש בנייד
‎.xtc פורמט עבור הניתוח שלך כדי לחסוך מקום בדיסק וכדי לקבל קבצים ניידים.

ישנן שתי אפשרויות להתאמת המסלול להתייחסות או חיונית
ניתוח דינמיקה וכו'. האפשרות הראשונה היא פשוט התאמה למבנה התייחסות
בקובץ המבנה. האפשרות השנייה היא התאמה מתקדמת שבה מסגרת הזמן הראשונה
מותאם למבנה ההתייחסות בקובץ המבנה להשגה וכל המשך
מסגרת הזמן מותאמת למבנה שהותקן קודם לכן. בדרך זו מסלול מתמשך
נוצר, מה שאולי לא יהיה המקרה בעת שימוש בשיטת ההתאמה הרגילה, למשל מתי
החלבון שלך עובר מעברים קונפורמטיביים גדולים.

אפשרות -pbc קובע את סוג הטיפול התקופתי במצב גבול:

· M מכניס את מרכז המסה של מולקולות לקופסה, ודורש קובץ קלט להפעלה
להיות מסופק עם -s.

· מיל מכניס את מרכז המסה של שאריות לקופסה.

· אטום מכניס את כל האטומים לקופסה.

· nojump בודק אם אטומים קופצים על פני הקופסה ואז מחזיר אותם. יש לזה את
השפעה שכל המולקולות יישארו שלמות (בתנאי שהן היו שלמות בהתחלה
קונפורמציה). הערות שזה מבטיח מסלול רציף אבל מולקולות כן
להתפזר מחוץ לקופסה. תצורת ההתחלה עבור הליך זה נלקחה מ
קובץ המבנה, אם מסופק, אחרת הוא המסגרת הראשונה.

· אשכול מקבץ את כל האטומים באינדקס שנבחר כך שכולם יהיו הכי קרובים
למרכז המסה של האשכול, שמתעדכן באופן איטרטיבי. הערות שזה
ייתן תוצאות משמעותיות רק אם יש לך למעשה אשכול. מזל שזה יכול להיות
נבדק לאחר מכן באמצעות מציג מסלול. שימו לב גם שאם המולקולות שלכם כן
שבור גם זה לא יעבוד.

האפשרות הנפרדת -מרכז אשכול ניתן להשתמש כדי לציין מרכז משוער עבור
האשכול. זה שימושי למשל אם יש לך שתי שלפוחיות גדולות, ואתה רוצה
לשמור על עמדותיהם היחסיות.

· כל רק הופך מולקולות שבורות לשלמות.

אפשרות -אור מגדיר את ייצוג תא היחידה עבור אפשרויות M, מיל ו אטום of -pbc. כל
שלוש אפשרויות נותנות תוצאות שונות עבור קופסאות טריקליניק ותוצאות זהות עבור
קופסאות מלבניות. rect היא צורת הלבנים הרגילה. טריק הוא תא היחידה הטריקלינית.
קומפקטי שם את כל האטומים במרחק הקרוב ביותר ממרכז התיבה. זה יכול להיות
שימושי להדמיה למשל אוקטהדרה קטומה או דודקהדרה מעוינת. המרכז ל
אפשרויות טריק ו קומפקטי is טריק (ראה להלן), אלא אם כן האפשרות -boxcenter מוגדר
באופן שונה.

אפשרות -מֶרְכָּז מרכז את המערכת בקופסה. המשתמש יכול לבחור את הקבוצה שבה נעשה שימוש
כדי לקבוע את המרכז הגיאומטרי. אוֹפְּצִיָה -boxcenter קובע את המיקום של המרכז של
התיבה לאפשרויות -pbc ו -מֶרְכָּז. אפשרויות המרכז הן: טריק: מחצית מהסכום של ה
וקטורי קופסה, rect: חצי מהקופסה באלכסון, אפס: אפס. השתמש באפשרות -pbc M בנוסף
ל -מֶרְכָּז כאשר אתה רוצה את כל המולקולות בקופסה לאחר הריכוז.

אפשרות -קופסא קובע את גודל הקופסה החדשה. אפשרות זו פועלת רק עבור מידות מובילות
ובדרך כלל הוא שימושי רק עבור קופסאות מלבניות. אם אתה רוצה לשנות רק חלק
של הממדים, למשל בעת קריאה ממסלול, אתה יכול להשתמש ב-1 עבור אלה
מידות שאמורות להישאר זהות לא תמיד ניתן להשתמש בשילובים של
-pbc, -לְהַתְאִים, -אור ו -מֶרְכָּז לעשות בדיוק מה שאתה רוצה בשיחה אחת GMX trjconv.
שקול להשתמש במספר שיחות, ועיין באתר GROMACS לקבלת הצעות.

עם -dt, אפשר להפחית את מספר הפריימים בפלט. אפשרות זו מסתמכת
על דיוק הזמנים במסלול הקלט שלך, אז אם אלה לא מדויקים השתמש ב-
-צעד זמן אפשרות לשנות את השעה (ניתן לעשות זאת בו זמנית). להכנת חלק
סרטים, התוכנית GMX לסנן יכול להפחית את מספר הפריימים תוך שימוש ב-low-pass
סינון תדרים, זה מפחית כינוי של תנועות בתדר גבוה.

שימוש -טראנק GMX trjconv יכול לקצץ .trr במקום, כלומר מבלי להעתיק את הקובץ. זֶה
שימושי כאשר ריצה קרסה במהלך קלט/פלט דיסק (כלומר דיסק מלא), או כאשר שניים צמודים
יש לשרשר מסלולים ללא מסגרות כפולות.

אפשרות -מזבלה ניתן להשתמש כדי לחלץ מסגרת בזמן מסוים או בסמוך אליו
מסלול, אבל עובד בצורה מהימנה רק אם מרווח הזמן בין פריימים הוא אחיד.

אפשרות -יְרִידָה קורא א .xvg קובץ עם זמנים וערכים. כאשר אפשרויות -דרופנדר ו / או
-צניחה מוגדרים, מסגרות עם ערך מתחת ומעל הערך של האפשרויות המתאימות
לא ייכתב.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
מַסלוּל: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (אופציונלי)
מבנה+מסה(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

-פרו [<.ndx>] (frames.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

-תַת [<.ndx>] (cluster.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

-יְרִידָה [<.xvg>] (drop.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-o [<.xtc/.trr/...>] (trajout.xtc)
מַסלוּל: xtc trr gro g96 pdb tng

אפשרויות אחרות:

-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול

-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול

-אתה (נ.ב)
יחידה לערכי זמן: fs, ps, ns, us, ms, s

-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים

-xvg
עיצוב העלילה xvg: xmgrace, xmgr, none

-לדלג (1)
כתוב רק כל מסגרת מס'

-dt (0)
כתוב מסגרת רק כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)

-[אין] עגול (לא)
עגול מידות לפיקושניה הקרובה

-מזבלה (-1)
Dump frame המועד המצוין הקרוב ביותר (ps)

-0 (0)
שעת התחלה (ps) (ברירת מחדל: לא משתנה)

-צעד זמן (0)
שנה שלב זמן בין מסגרות קלט (ps)

-pbc (ללא)
טיפול PBC (ראה טקסט עזרה לתיאור מלא): none, mol, res, atom, nojump,
אשכול, שלם

-אור (נכון)
ייצוג יחידה-תא: רקט, טריקי, קומפקטי

-[אין]מרכז (לא)
מרכז אטומים בקופסה

-boxcenter (טריק)
מרכז עבור -pbc ו -center: tric, rect, zero

-קופסא (0 0 0)
גודל לקופסה מעוקבת חדשה (ברירת מחדל: קריאה מקלט)

-עָבָר (0 0 0)
כל הקואורדינטות יתורגמו על ידי טרנס. ניתן לשלב את זה בצורה טובה
עם -pbc mol -ur compact.

-מִשׁמֶרֶת (0 0 0)
כל הקואורדינטות יוזזו לפי framenr*shift

-לְהַתְאִים (ללא)
התאם מולקולה למבנה ref בקובץ המבנה: אין, ריקבון+טרנס,
rotxy+transxy, תרגום, transxy, פרוגרסיבי

-נדק (3)
דיוק לכתיבת .xtc ו-.gro במספר מקומות עשרוניים

-[רוֹמָן (כן)
קריאה וכתיבה של מהירויות אם אפשר

-[אין]כוח (לא)
קרא וכתוב כוחות אם אפשר

-טראנק (-1)
חתוך קובץ מסלול קלט לאחר זמן זה (ps)

-Exec
בצע פקודה עבור כל מסגרת פלט עם מספר המסגרת כארגומנט

-לְפַצֵל (0)
התחל לכתוב קובץ חדש כאשר t MOD split = פעם ראשונה (ps)

-[לא] ספטמבר (לא)
כתוב כל מסגרת לקובץ .gro, .g96 או .pdb נפרד

- אפס (0)
אם דגל -sep מוגדר, השתמש בספרות רבות אלה עבור מספרי הקבצים והוסף מראש
אפסים לפי הצורך

-דרופנדר (0)
שחרר את כל המסגרות מתחת לערך זה

-צניחה (0)
שחרר את כל המסגרות מעל הערך הזה

-[אין] קשר (לא)
הוסף רשומות קונקט בעת כתיבה .pdb קבצים. שימושי להדמיה של
מולקולות לא סטנדרטיות, למשל גרגירים גסים

השתמש ב-gmx-trjconv באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net