masai_mapper - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

masai_mapper - Masai Mapper

תַקצִיר

masai_mapper [אפשרויות]

תיאור

מסאי הוא ממפה קריאה מהיר ומדויק המבוסס על זרעים משוערים ומרובים
חזרה לאחור.

לִרְאוֹת http://www.seqan.de/projects/masai לקבלת מידע נוסף.

(ג) זכויות יוצרים 2011-2012 מאת אנריקו סיראגוסה.

-h, - עזרה

מציג הודעת עזרה זו.

--גִרְסָה

הצגת מידע על גרסה

אפשרויות מיפוי:

-מ, --מצב מיפוי STR

בחר מצב מיפוי. אחד מכולם, הכל הכי טוב, וכל הכי טוב. ברירת מחדל: כל-הטוב ביותר.

-מב, -- בלוק מיפוי NUM

המספר המרבי של קריאות למיפוי בבת אחת. בטווח [10000..inf]. בְּרִירַת מֶחדָל:
2147483647.

-e, --שגיאות NUM

מספר שגיאות מקסימלי לכל קריאה. בטווח [0..32]. ברירת מחדל: 5.

-סל, --אורך זרע NUM

אורך זרע מינימלי. בטווח [10..100]. ברירת מחדל: 33.

-נג, --ללא פערים

אין ליישר קריאות עם פערים.

אפשרויות אינדקס הגנום:

-x, --אינדקס STR

בחר את סוג אינדקס הגנום. אחד מ-esa, sa, qgram ו-fm. ברירת מחדל: sa.

-xp, --index-prefix STR

ציין שם קידומת אינדקס גנום. ברירת מחדל: השתמש בקידומת שם הקובץ של הגנום.

אפשרויות פלט:

-o, --קובץ פלט קובץ

ציין קובץ פלט. ברירת מחדל: השתמש בקידומת שם הקובץ reads. סוגי קבצים חוקיים
הם: raw ו-sam.

-נ.צ., --ללא סיגר

אל תוציא מחרוזת CIGAR. זה משפיע רק על פלט SAM.

אפשרויות ניפוי באגים:

-nv, --לא-אמת

אל תאמת כניסות זרעים.

-nd, --אין מזבלה

אל תשליכו תוצאות.

-נ"מ, --אין-מרובה

השבת מעקב לאחור מרובה.

גִרְסָה

גרסה של masai_mapper: 0.7.1 [14053] עדכון אחרון 2013-05-16

השתמש ב-masai_mapper באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net