pymvpa2-prep-afni-surf - אונליין בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

prep_afni_surf - עיבוד מקדים של משטחי FreeSurfer עבור AFNI/SUMA

תיאור

שימוש: pymvpa2-prep-afni-surf [-h] [-v] [-s SID] [-d SURFDIR] [-a ANATVOL]

[-e EPIVOL] [-x EXPVOL] [-E {yes,no}] -r REFDIR
[-p צעדים] [-l LD] [--overwrite] [--hemi {l,r,l+r}] [-S {כן,לא}] [--aea_opts
AEA_OPTS] [-I] [-A {כן,לא}] [-f {מתנה,ascii}] [-T] [-t]

עיבוד מקדים אנטומי ליישור משטחי FreeSurfer עם נתוני AFNI.

הוא מספק פונקציונליות ל:

- המרת משטחי FreeSurfer לפורמט AFNI/SUMA (באמצעות SUMA_Make_Spec_FS).

- דגימה מחדש של משטחים לטופולוגיה סטנדרטית (באמצעות MapIcosahedron) ברזולוציות שונות.

- יצירת משטחים נוספים על ידי ממוצע של משטחים קיימים.

- רישום משותף של פלט הגלישה החופשית לנפח האנטומי או התפקודי של AFNI/SUMA (באמצעות
align_epi_anat.py).

- הפעל את @AddEdge כדי להמחיש רישום משותף.

- למזג את ההמיספרות השמאלית (lh) והימנית (rh) לקבצים בודדים (mh).

- יצירת תצוגות שונות של משטחים מנופחים משמאל + ימין.

- יצירת קבצי מפרט SUMA, וסקריפטי מעטפת see_suma*.

סקריפט זה מניח צינור עיבוד עם FreeSurfer לשחזור פני השטח, ו
AFNI/SUMA לצורך רישום משותף והדמיה. באופן ספציפי, ההנחה היא שמשטחים
שוחזרו באמצעות recon-all של FreeSurfer. פרטים נוספים ניתן למצוא ב
תיעוד זמין ב http://surfing.sourceforge.net

אם EPIs ממספר מושבים מיושרים, סקריפט זה צריך להשתמש בספריות שונות
עבור refdir עבור כל סשן, אחרת עלולות להתרחש התנגשויות במתן שמות.

פונקציה זו אינה דוגמת מחדש או מבצעת טרנספורמציה של נתונים פונקציונליים. במקום זאת, משטחים הם
עבר טרנספורמציה כדי להיות בקו אחד עם ANATVOL או EPIVOL.

לשימוש טיפוסי נדרשים שלושה ארגומנטים: (1) "-e epi_filename" או "-a
"anat_filename" (2) "-d freesurfer/directory/surf" (3) "-r outputdir"' (*) "-T" [if
"epi_filename" / "anat_filename" נמצא במרחב התבנית (MNI/Tal)"

הערות:

- אנא בדקו את היישור ויזואלית.

- קבצי Nifti (.nii או .nii.gz) נתמכים, אך ייתכן ש-AFNI לא יוכל לקרוא אותם
{S,Q}-צורת מידע בצורה נכונה. אם נתונים פונקציונליים עובדו מראש עם תוכנית אחרת
מאשר AFNI, אנא בדקו את היישור ויזואלית עם תוכנה אחרת מלבד AFNI, כגון
MRIcron.

זכויות יוצרים

זכויות יוצרים 2010-2012 Nikolaas N. Oosterhof[מוגן בדוא"ל]>

אופציונלי טיעונים:
-h, - עזרה
הצג הודעת עזרה זו וצא

-v, --גִרְסָה
הצג את מספר הגרסה של התוכנית וצא

-s סיד, --סיד SID
מזהה הנושא בו נעשה שימוש ב-@SUMA_Make_Spec_FS

-d סורפדיר, --surfdir סורפדיר
מדריך גלישה/גלישה של FreeSurfer

-a אנאטבול, --אנאטבול אנאטבול
אנטומי שמניחים שהוא תואם את נתוני ה-EPI הרלוונטיים

-e אפיבול, --אפיבול אפיבול
נתוני EPI מעניינים

-x EXPVOL, --explovvol נפח אקספלורציה
נפח ניסיוני שאליו מיושר SurfVol

-E כן, לא --איספי כן, לא
האם נפח הניסוי הוא EPI (כן) או אנטומי (לא)

-r REFDIR, -o REFDIR, --refdir REFDIR
ספריית פלט שבה נפחים ומשטחים מתייחסים ל-ANATVOL או
אפיבול

-p צעדים, --צעדים צעדים
שלבי עיבוד מופרדים על ידי תווים "+". "all" הוא ברירת המחדל ומקבילה
ל-"toafni+mapico+moresurfs +skullstrip+align+makespec+makespecboth+makesurfmasks"

-l LD, --ld LD
חילוקי שטח ליניאריים של מפה, לדוגמה 80, או 16+96 (עבור 16 או 96). ברירת המחדל
is 4+8+16+32+64+128

--לכתוב
להחליף קבצים קיימים

--המי {שמאל,ימין,שמאל+ימין}
ההמיספרות לעיבוד ([שמאל + ימין])

-S כן, לא --expvol_ss כן, לא
נפח ניסיוני של רצועת גולגולת (כן, לא)

--aea_opts AEA_OPTS
אפשרויות שניתנו ל-align_epi_anat ([-cmass cmass+xyz -מהלך_גדול])

-I, --זהות
השתמש בטרנספורמציה של זהות בין SurfVol ו-anat/epivol (ללא יישור)

-A כן, לא --AddEdge כן, לא
הפעל את AddEdge על אמצעי אחסון מיושרים ([כן])

-f {מתנות,ascii}, --פורמט גלישה {מתנות,ascii}
פורמט פלט של משטחים: 'ascii' (ברירת מחדל - לעת עתה) או 'gifti'

-T, --תבנית
ציין שנפח הניסוי (המסופק על ידי '-e', '-a' או '-x') נמצא ב
שטח תבנית. פעולה זו תוסיף "-Allineate_opts '-maxrot 10 -maxshf 10 -maxscl 1.5 '"
ל --aea_opts

-t, --לאתבנית
ציין שנפח הניסוי (המסופק על ידי '-e', '-a' או '-x') אינו ב
מרחב תבנית.

פונקציה זו היא *ניסיונית*; משתמשת ב- --לכתוב האפשרות עשויה להסיר ו/או להחליף
קבצים קיימים.

השתמש ב-pymvpa2-prep-afni-surf באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net