SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh - חזה את ההשפעה של החלפת חומצות אמינו על
תפקוד חלבון

תַקצִיר

SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh
[BLAST_PROCESSORS]

תיאור

SIFT חוזה האם החלפת חומצות אמינו משפיעה על תפקוד החלבון על סמך
הומולוגיה של רצף והתכונות הפיזיקליות של חומצות אמינו.

התוצאות מאוחסנות ב ./ חיזוי SIFT.

תוכנית זו משמשת עבור קלט FASTA והיא חלק מחבילת SIFT.

אפשרויות

רצף חלבונים בפורמט פאסטה.


מאגר חלבונים לחיפוש. ההנחה היא שהרצפים הללו פונקציונליים.


קובץ ההחלפות לניבוי. ראה /usr/share/doc/sift/examples/lacI.subst
לדוגמא של הפורמט. אם אתה נותן '-', ציונים עבור כל המוטציות של השלם
רצף חלבון מודפס.

[BLAST_PROCESSORS]
מספר המעבדים/הליבות לשימוש בעת הפעלת Blast דרך ה- -a ויכוח.

דוגמאות

SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh /usr/share/doc/sift/examples/lacI.fasta [BLAST_DB] /usr/share/doc/sift/examples/lacI.subst

השתמש ב-SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net