זוהי אלונקת הפקודות שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
stretcher - יישור גלובלי מהיר של Needleman-Wunsch של שני רצפים
תַקצִיר
אֲלוּנקָה -רצף רצף -בהמשך רצף [-קובץ מידע מַטרִיצָה] [-gapoopen מספר שלם]
[-gapextend מספר שלם] -תיק ליישר
אֲלוּנקָה עזרה
תיאור
אֲלוּנקָה היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפיקוד "יישור: גלובלי".
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-רצף רצף
-בהמשך רצף
-קובץ מידע מַטרִיצָה
זהו קובץ מטריצת הניקוד המשמש בעת השוואת רצפים. כברירת מחדל זה ה
קובץ 'EBLOSUM62' (עבור חלבונים) או הקובץ 'EDNAFULL' (עבור רצפי גרעין). אלה
קבצים נמצאים בספריית 'נתונים' של התקנת EMBOSS.
נוסף סעיף
-gapoopen מספר שלם
ערך ברירת מחדל: @($(acdprotein)? 12 : 16)
-gapextend מספר שלם
ערך ברירת מחדל: @($(acdprotein)? 2 : 4)
תְפוּקָה סעיף
-תיק ליישר
השתמש באלונקה באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
