これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションの2つを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドmacsXNUMX_cmbrepsです。
プログラム：
NAME
macs2_cmbreps-ChIPシーケンスのモデルベースの分析
DESCRIPTION
使用法：macs2 cmbreps [-h] -i IFILE [IFILE ...] [-m {fisher、max、mean}]
[--outdir OUTDIR] -o ファイル
任意 引数：
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示して終了します
-i IFILE [IFILE ...]
各レプリケートのbedGraphのMACSスコア。 '-iAなどのXNUMXつのファイルが必要です
B '。 必要
-m {fisher、max、mean}、 - 方法 {fisher、max、mean}
レプリケートからのスコアを組み合わせるときに使用する方法。 1）フィッシャー：フィッシャーズコンバインド
確率テスト。 ppois形式のスコアが必要です（-log10 pvalues）bdgcmpから。
このメソッドの他のタイプのスコアは、cmbrepsの予期しないエラーを引き起こす可能性があります。 2）最大：
各ゲノム位置の複製から最大値を取得します。 3）意味：取る
平均値。 フィッシャーの方法を除いて、最大または平均は現状のままスコアを取ることに注意してください
つまり、スコアを対数スケールから線形スケールに、またはその逆に変換することはありません。
--outdir 外向き
指定すると、すべての出力ファイルがそのディレクトリに書き込まれます。 デフォルト：
現在の作業ディレクトリ
-o OFILE、 --ofile ファイル
結合されたスコアのBEDGraphファイル名を出力します。
onworks.netサービスを使用してオンラインでmacs2_cmbrepsを使用する
