これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド oeprop です。
プログラム:
NAME
oeprop - XNUMX 電子物性プログラム
DESCRIPTION
プログラム オイプロップ を使用して XNUMX 電子プロパティ演算子の期待値を計算します。
PSIF_CHKPT の固有ベクトルから計算されるか、または
外部ファイル。 現在、Mulliken 集団分析を実行できます。
八極子による電気多極子モーメント、原子における静電特性の計算
中心(静電ポテンシャル、電場、電場勾配、電子および
スピン密度、超微細結合定数に対する双極子の異方性の寄与)、
電子とスピンの密度、電子とスピンの密度勾配、電子のラプラシアン、
任意の XNUMX 次元 (平面) 上のスピン密度、静電ポテンシャル
長方形グリッド、および任意の XNUMX 次元上の分子軌道値
長方形のグリッド。 相対論的計算などのその他の機能
エネルギーの一次一電子補正 (質量速度およびダーウィン項)、
外部から読み取った一粒子密度からの自然分子軌道の構築
ファイル (NO は PSIF_CHKPT に書き込むことができます) と空間範囲の計算 - 期待
X^2、Y^2、Z^2、R^2 演算子の値 - 全電子密度と個々の電子密度の値
MO (場合 READ_OPDM = false) または自然 (if READ_OPDM = true) 軌道 (MPMAX 設定する必要があります
これらのエンティティを計算するには 1 より大きい値)。 空間範囲を使用する必要があります
基準点に依存するため注意してください。
参考文献
マリケン電荷分析
1. LCAO-MO 分子波関数の電子集団解析。 RS
マリケン、J.Chem. 物理学。 23 年 1833 日 (1955 年)、同上。 23 年 1841 日 (1955 年)、同上。 36、3428
とします。
デカルト ガウス関数上の XNUMX 電子積分の漸化式。
1. デカルト・ガウス上の分子積分の効率的な再帰計算
機能。 S. Obara および A. Saika、J. Phys. 化学。 84、3963 (1986)。
基本的な物理定数と変換係数。
1. 化学と物理学の CRC ハンドブック。 DRリデが編集。 第73版
(1992-1993)。
ファイル REQUIRED
input.dat - 入力ファイル
PSIF_CHKPT - チェックポイント ファイル
ファイル UPDATED
出力.dat
dipmom.dat - 双極子モーメント
esp.dat - 2D グリッド上の静電ポテンシャル
edens.dat - 2D グリッド上の電子密度
edgrad.dat - 2D グリッド上の電子密度勾配
edlapl.dat - 2D グリッド上の電子密度のラプラシアン
sdens.dat - 2D グリッド上のスピン密度
sdgrad.dat - 2D グリッド上のスピン密度勾配
sdlapl.dat - 2D グリッド上のスピン密度のラプラシアン
mo.dat - 3D グリッド上の分子軌道/密度値
mo.pov - mo.dat のイメージをレンダリングするための MegaPov 入力ファイル
mo.cube - Gaussian3 Cube 形式の 94D グリッド上の分子軌道
dens.cube - Gaussian3 Cube 形式の 94D グリッド上の電子/スピン密度
入力 FORMAT
キーワードのほとんどは日常的なタスクには必要ありません。 以下のキーワードは、
有効:
WFN = boolean
波動関数のタイプ。 このキーワードは、ユーザーがほとんどの設定を可能にする「マクロ」です。
必要なキーワード。 次の値が認識されます。
WFN = SCF - と同等 READ_OPDM = 偽;
WFN = DETCI - と同等 READ_OPDM = 本当、 OPDM_FILE = 40、 OPDM_BASIS = AO、
OPDM_FORMAT = トライアングル;
WFN = CCSD - と同等 EAD_OPDM = 本当、 OPDM_FILE = 79、 OPDM_BASIS = AO、
OPDM_FORMAT = トライアングル;
WFN = QVCCD - と同等 READ_OPDM = 本当、 OPDM_FILE = 76、 OPDM_BASIS = そう、
OPDM_FORMAT = トライアングル;
READ_OPDM = boolean
このフラグは、XNUMX 粒子密度行列をディスクから読み取るかどうかを指定します。
デフォルトはfalseです。
OPDM_FILE = 整数
40 粒子密度マトリックスのファイル番号を指定します。 デフォルトは XNUMX (マスターファイル) です。 に
以前の PSI プロパティ パッケージとの下位互換性を提供します (適切な,
シプロップ, ccprop) 密度ファイルの特別な形式が想定される場合 OPDM_FILE = 40
(CI 密度からプロパティを計算 - シプロップ 互換モード)と OPDM_FILE =
79 (CC密度から特性を計算 - ccprop 互換モード)。 今のところ、
一般的な場合、onepdm はファイルの先頭に書き込む必要があります。 の中に
将来の PSI には標準の onepdm ファイルが含まれる予定です。
OPDM_BASIS = string
このオプションは将来的には存在しない可能性があります。 1 年 1998 月 XNUMX 日現在、
onepdm ファイル形式が設定されていません。 このキーワードは「SO」のいずれかに設定する必要があります。
(SO ベースで onepdm マトリックスで読み取られます) または「AO」(AO ベースで)。 デフォルトは「SO」です。
OPDM_FORMAT = string
このオプションは将来的には存在しない可能性があります。 このキーワードは次のいずれかに設定する必要があります。
"TRIANG" (onepdm マトリックスで下三角形式で読み取られます) の "SQUARE" (正方形で)
形状)。 デフォルトは「トライアング」です
ASYMM_OPDM = boolean
このフラグは、XNUMX 粒子密度行列を対称化する必要があるかどうかを指定します。
汎用の非対称 onepdm を (たとえば、
結合クラスタープログラム)。 このキーワードはコード開発専用です。 既存の PSI
現在使用されている CC コードは対称 onepdm を生成するため、使用する必要はありません。
このキーワード。 デフォルトは false です。
ROOT = 整数
これは、どのルートに対して励起状態解析を行うかを指定します。 適切な
XNUMX つの粒子密度行列がディスクから読み取られます。 現在実装されているのは、
DETCI および DETCAS 波動関数。
MPMAX = 整数
1 から 3 までのこの整数は、最大の電気多極子モーメントを指定します。
計算された。
MPMAX = 1 - 電気双極子モーメントのみが計算されます (デフォルト)。
MPMAX = 2 - 電気双極子モーメントと四重極モーメントが計算されます。 MPMAX = 3 -
電気双極子、四重極、および八極子モーメントが計算されます。
MP_REF 整数
このパラメータは、電気多極モーメントの基準点を指定します。
計算。
MP_REF = 0 (デフォルト) または 1 - 質量の中心。
MP_REF = 2 - 空間座標系の原点。
MP_REF = 3 - 電子電荷の中心。
MP_REF = 4 - 核電荷の中心。
MP_REF = 5 - 正味電荷の中心。
注意 : 古典的な電気力学によれば、電気 2^(n+1) 極モーメント
電気 2^(n) 極モーメントが次の場合にのみ、基準点から独立します。
消失。 これは、双極子モーメントが基準点に依存することを意味します。
システムの合計充電量はゼロではありません。 類推すると、電気四重極モーメント
システムがゼロ以外の電気双極子を持っている場合は、基準点に依存します。
瞬間など
MP_REF_XYZ = 実数ベクトル
このベクトルは参照点の座標を指定します。 このキーワードがあれば、
入力に存在する MP_REF キーワードは無視されます。
NUC_ESP = boolean
このフラグは、原子核で静電特性を計算するかどうかを指定します。
現在のリストには、静電ポテンシャル、電界、電界が含まれています
勾配、電子とスピンの密度、超微細への異方性の寄与
結合定数 (後者の XNUMX つは設定が必要です) SPIN_PROP 本当です)。 デフォルトは
真。
GRID = 整数
グリッド上で評価されるプロパティのタイプを指定します。
GRID = 0 (デフォルト) - 何も計算しません。
GRID = 1 - 二次元グリッド上の静電ポテンシャル。
GRID = 2 - 電子密度 (スピン密度 SPIN_PROP は true に設定されます)。
次元グリッド。
GRID = 3 - 電子密度勾配 (スピン密度勾配 SPIN_PROP に設定されています
true) XNUMX 次元グリッド上。
GRID = 4 - 電子密度のラプラシアン (スピン密度のラプラシアン
SPIN_PROP は true に設定されます) XNUMX 次元グリッド上で。 条約によると
フィールドで使用され、実際にプロットされるのは、次の方法で取得されたラプラシアンです。
負の符号。
GRID = 5 - XNUMX 次元グリッド上の分子軌道の値。
GRID = 6 - 電子密度の値 (スピン密度勾配の場合) SPIN_PROP is
true に設定) XNUMX 次元グリッド上で。
GRID_FORMAT = string
グリッド出力をどの形式で生成するかを指定します。 現在、 プロットテレビ
(2 次元グリッドのデフォルト)、 メガポフプラス (3-D グリッドで利用可能)、および
ガウスキューブ(3-D グリッドのデフォルト) がサポートされています。
MO_TO_PLOT = ベクトル
3 次元グリッド上で計算される分子軌道のインデックスを指定します。 指数
次のように指定できます。
符号なし整数 - Pitzer 順序付けのインデックス (irreps に従って順序付けされています。
固有値)。 範囲は 1 から MO の数までです。
符号付き整数 - フェルミレベルに関するインデックス。 +1 は LUMO を意味し、+2 は秒を意味します
最低仮想軌道、-1 は HOMO などを意味します。
すべてのインデックスは符号なしまたは符号付きである必要があり、混合して一致させることはできません。
予測できない結果が得られます。 デフォルトでは、HOMO と LUMO を計算します。
GRID_ORIGIN = 実数ベクトル
グリッドの原点を指定します。 全体を包み込む長方形のグリッドボックス
次の場合、分子は自動的に計算されます。 GRID_ORIGIN がありませんが、そこにあります
は 2-D グリッドのデフォルトではありません。
GRID_UNIT_X = 実数ベクトル
このベクトルは、グリッドの最初の (x) 側の方向を指定します。 そうではありません
単位の長さでなければなりません。 2 次元グリッドにはデフォルトはありません。
GRID_UNIT_Y = 実数ベクトル
XNUMX 番目 (y) 側も同様です。 単位の長さである必要はありません。
に直交する GRID_UNIT_X。 2 次元グリッドにはデフォルトはありません。
GRID_XY0 = real_2d_vector
2D のグリッド四角形の左下隅の座標を指定します
GRID_ORIGIN、GRID_UNIT_X、GRID_UNIT_Y で定義される座標系。 がある
デフォルトはありません。
GRID_XY1 = real_2d_vector
2D のグリッド四角形の右上隅の座標を指定します
GRID_ORIGIN、GRID_UNIT_X、GRID_UNIT_Y で定義される座標系。 がある
デフォルトはありません。
GRID_XYZ0 = real_3d_vector
3D のグリッド ボックスの左下隅の座標を指定します。
GRID_ORIGIN、GRID_UNIT_X、GRID_UNIT_Y、および交差によって定義される座標系
後の XNUMX つの積。 デフォルトはありません。
GRID_XYZ1 = real_3d_vector
3D のグリッド ボックスの右上隅付近の座標を指定します。
GRID_ORIGIN、GRID_UNIT_X、GRID_UNIT_Y、および交差によって定義される座標系
後の XNUMX つの積。 デフォルトはありません。
NIX = 整数
x 方向に沿ったグリッド点の数。 このパラメータは以下より大きくなければなりません
1. デフォルトは 20 です。
ニューヨーク = 整数
と同じ NIX y方向の場合。 デフォルトは 20 です。
ニズ = 整数
と同じ NIX z方向の場合。 デフォルトは 20 です。
GRID_ZMIN =
電子密度とその等高線プロットに表示される Z 値の下限
ラプラシアン。 デフォルトは0.0です
GRID_ZMAX =
電子密度とその等高線プロットに表示される Z 値の上限
ラプラシアン。 デフォルトは3.0です
EDGRAD_LOGSCALE = 整数
生成される電子密度勾配プロットの対数スケーリングを制御します。 ターン
ゼロに設定されている場合はスケールオフ、それ以外の場合は値が大きいほど、より強力になります。
グラデーションフィールドがスケーリングされます。 推奨値 (デフォルト) は 5 です。
SPIN_PROP = boolean
スピン特性を計算するためのフラグ (アルファとベータのマリケン集団解析)
密度、スピン密度、超微細結合への異方性の寄与
原子中心の定数)。 デフォルトは false です。
PRINT = 整数
これは最も重要なキーワードであり、印刷される情報の量を決定します。
現在、次の値が使用されています。
PRINT = 0 - 静かモード - 重要な結果のみを印刷 - 「コンパクト」結果
マリケン集団解析、電気多極子モーメント、および静電気
プロパティ;
PRINT = 1 (デフォルト) - 上記のすべてに加えて、実行するタスクのリストとリスト
計算パラメータの;
PRINT = 2 - 上記のすべてに加えて、Mulliken AO 母集団マトリックスと電子的および
電気双極子モーメントの核成分。
PRINT = 3 - 上記のすべてに、AO 基底および双極子モーメントの密度行列を加えたもの
AO (および SO) 基底の積分。
PRINT = 4 - 上記のすべてと基底系情報、用語による自然軌道
対称軌道のオーバーラップ行列。
PRINT >= 5 - 上記のすべてと結合係数ベクトル、職業
ベクトル、および MO ベースの修正 Z ベクトル。
PRINT_NOS = boolean
WRTNOS = TRUE で、このオプションも TRUE の場合、自然軌道が出力されます。
チェックポイント ファイルに書き込まれる前に出力します。
ウォートノス = boolean
TRUE の場合、自然軌道がチェックポイント ファイルに書き込まれます。
GRID 出力 そして プロット
現在、 オイプロップ を使用してプロットできる XNUMX 次元グリッドの出力を生成します。
プログラム プロットテレビ バージョン1.3.2。 プログラムは Kenny Toh によって書かれています
([メール保護])、Intel Corp、テクノロジー CAD 部門のソフトウェア開発者、
サンタクララ。 これはフリーウェア パッケージであり、インターネットからダウンロードできます。
XNUMX次元グリッドをプログラムでの作図に適した形式で出力 メガハメ撮り
バージョン0.5。 このフリーウェア プログラムは、POV-Ray のパッチ適用バージョンです。 によって開発されました。
インターネットからダウンロードできます (
http://nathan.kopp.com/patched.htm 詳細についてはこちらをご覧ください)。 MO または密度をレンダリングするには
画像、(必要に応じて) コマンド ファイルを編集 モ・ハメ撮り によって作成された オイプロップ 、実行します メガポブプラス
+Imo.pov さらにオプションを実行するには メガポブプラス -h
2001 年 3 月 30 日 オイプロップ(1)
onworks.net サービスを使用して oeprop オンラインを使用する