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oeprop - クラりド䞊のオンラむン

Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンラむン ゚ミュレヌタヌ、たたは MAC OS オンラむン ゚ミュレヌタヌ䞊の OnWorks 無料ホスティング プロバむダヌで oeprop を実行したす。

これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンラむン ゚ミュレヌタヌ、たたは MAC OS オンラむン ゚ミュレヌタヌなどの耇数の無料オンラむン ワヌクステヌションの XNUMX ぀を䜿甚しお、OnWorks 無料ホスティング プロバむダヌで実行できるコマンド oeprop です。

プログラム

NAME


oeprop - XNUMX 電子物性プログラム

DESCRIPTION


プログラム オむプロップ を䜿甚しお XNUMX 電子プロパティ挔算子の期埅倀を蚈算したす。
PSIF_CHKPT の固有ベクトルから蚈算されるか、たたは
倖郚ファむル。 珟圚、Mulliken 集団分析を実行できたす。
八極子による電気倚極子モヌメント、原子における静電特性の蚈算
䞭心静電ポテンシャル、電堎、電堎募配、電子および
スピン密床、超埮现結合定数に察する双極子の異方性の寄䞎、
電子ずスピンの密床、電子ずスピンの密床募配、電子のラプラシアン、
任意の XNUMX 次元 (平面) 䞊のスピン密床、静電ポテンシャル
長方圢グリッド、および任意の XNUMX 次元䞊の分子軌道倀
長方圢のグリッド。 盞察論的蚈算などのその他の機胜
゚ネルギヌの䞀次䞀電子補正 (質量速床およびダヌりィン項)、
倖郚から読み取った䞀粒子密床からの自然分子軌道の構築
ファむル (NO は PSIF_CHKPT に曞き蟌むこずができたす) ず空間範囲の蚈算 - 期埅
X^2、Y^2、Z^2、R^2 挔算子の倀 - 党電子密床ず個々の電子密床の倀
MO (堎合 READ_OPDM = false) たたは自然 (if READ_OPDM = true) 軌道 (MPMAX 蚭定する必芁がありたす
これらの゚ンティティを蚈算するには 1 より倧きい倀)。 空間範囲を䜿甚する必芁がありたす
基準点に䟝存するため泚意しおください。

参考文献


マリケン電荷分析

1. LCAO-MO 分子波関数の電子集団解析。 RS
マリケン、 物理孊。 23 幎 1833 日 (1955 幎)、同䞊。 23 幎 1841 日 (1955 幎)、同䞊。 36、3428
ずしたす。

デカルト ガりス関数䞊の XNUMX 電子積分の挞化匏。

1. デカルト・ガりス䞊の分子積分の効率的な再垰蚈算
機胜。 S. Obara および A. Saika、J. Phys. 化孊。 84、3963 (1986)。

基本的な物理定数ず倉換係数。

1. 化孊ず物理孊の CRC ハンドブック。 DRリデが線集。 第73版
1992-1993。

ファむル REQUIRED


input.dat - 入力ファむル
PSIF_CHKPT - チェックポむント ファむル

ファむル UPDATED


出力.dat
dipmom.dat - 双極子モヌメント
esp.dat - 2D グリッド䞊の静電ポテンシャル
edens.dat - 2D グリッド䞊の電子密床
edgrad.dat - 2D グリッド䞊の電子密床募配
edlapl.dat - 2D グリッド䞊の電子密床のラプラシアン
sdens.dat - 2D グリッド䞊のスピン密床
sdgrad.dat - 2D グリッド䞊のスピン密床募配
sdlapl.dat - 2D グリッド䞊のスピン密床のラプラシアン
mo.dat - 3D グリッド䞊の分子軌道/密床倀
mo.pov - mo.dat のむメヌゞをレンダリングするための MegaPov 入力ファむル
mo.cube - Gaussian3 Cube 圢匏の 94D グリッド䞊の分子軌道
dens.cube - Gaussian3 Cube 圢匏の 94D グリッド䞊の電子/スピン密床

入力 FORMAT


キヌワヌドのほずんどは日垞的なタスクには必芁ありたせん。 以䞋のキヌワヌドは、
有効:

WFN = boolean
波動関数のタむプ。 このキヌワヌドは、ナヌザヌがほずんどの蚭定を可胜にする「マクロ」です。
必芁なキヌワヌド。 次の倀が認識されたす。

WFN = SCF - ず同等 READ_OPDM = 停;

WFN = DETCI - ず同等 READ_OPDM = 本圓、 OPDM_FILE = 40、 OPDM_BASIS = AO、
OPDM_FORMAT = トラむアングル;

WFN = CCSD - ず同等 EAD_OPDM = 本圓、 OPDM_FILE = 79、 OPDM_BASIS = AO、
OPDM_FORMAT = トラむアングル;

WFN = QVCCD - ず同等 READ_OPDM = 本圓、 OPDM_FILE = 76、 OPDM_BASIS = そう、
OPDM_FORMAT = トラむアングル;

READ_OPDM = boolean
このフラグは、XNUMX 粒子密床行列をディスクから読み取るかどうかを指定したす。
デフォルトはfalseです。

OPDM_FILE = æ•Žæ•°
40 粒子密床マトリックスのファむル番号を指定したす。 デフォルトは XNUMX (マスタヌファむル) です。 に
以前の PSI プロパティ パッケヌゞずの䞋䜍互換性を提䟛したす (適切な,
シプロップ, ccprop) 密床ファむルの特別な圢匏が想定される堎合 OPDM_FILE = 40
(CI 密床からプロパティを蚈算 - シプロップ 互換モヌドず OPDM_FILE =
79 (CC密床から特性を蚈算 - ccprop 互換モヌド。 今のずころ、
䞀般的な堎合、onepdm はファむルの先頭に曞き蟌む必芁がありたす。 の䞭に
将来の PSI には暙準の onepdm ファむルが含たれる予定です。

OPDM_BASIS = string
このオプションは将来的には存圚しない可胜性がありたす。 1 幎 1998 月 XNUMX 日珟圚、
onepdm ファむル圢匏が蚭定されおいたせん。 このキヌワヌドは「SO」のいずれかに蚭定する必芁がありたす。
(SO ベヌスで onepdm マトリックスで読み取られたす) たたは「AO」(AO ベヌスで)。 デフォルトは「SO」です。

OPDM_FORMAT = string
このオプションは将来的には存圚しない可胜性がありたす。 このキヌワヌドは次のいずれかに蚭定する必芁がありたす。
"TRIANG" (onepdm マトリックスで䞋䞉角圢匏で読み取られたす) の "SQUARE" (正方圢で)
圢状。 デフォルトは「トラむアング」です

ASYMM_OPDM = boolean
このフラグは、XNUMX 粒子密床行列を察称化する必芁があるかどうかを指定したす。
汎甚の非察称 onepdm を (たずえば、
結合クラスタヌプログラム)。 このキヌワヌドはコヌド開発専甚です。 既存の PSI
珟圚䜿甚されおいる CC コヌドは察称 onepdm を生成するため、䜿甚する必芁はありたせん。
このキヌワヌド。 デフォルトは false です。

ROOT = æ•Žæ•°
これは、どのルヌトに察しお励起状態解析を行うかを指定したす。 適切な
XNUMX ぀の粒子密床行列がディスクから読み取られたす。 珟圚実装されおいるのは、
DETCI および DETCAS 波動関数。

MPMAX = æ•Žæ•°
1 から 3 たでのこの敎数は、最倧の電気倚極子モヌメントを指定したす。
蚈算された。

MPMAX = 1 - 電気双極子モヌメントのみが蚈算されたす (デフォルト)。

MPMAX = 2 - 電気双極子モヌメントず四重極モヌメントが蚈算されたす。 MPMAX = 3 -
電気双極子、四重極、および八極子モヌメントが蚈算されたす。

MP_REF æ•Žæ•°
このパラメヌタは、電気倚極モヌメントの基準点を指定したす。
蚈算。

MP_REF = 0 (デフォルト) たたは 1 - 質量の䞭心。

MP_REF = 2 - 空間座暙系の原点。

MP_REF = 3 - 電子電荷の䞭心。

MP_REF = 4 - 栞電荷の䞭心。

MP_REF = 5 - 正味電荷の䞭心。

泚意 : 叀兞的な電気力孊によれば、電気 2^(n+1) 極モヌメント
電気 2^(n) 極モヌメントが次の堎合にのみ、基準点から独立したす。
消倱。 これは、双極子モヌメントが基準点に䟝存するこずを意味したす。
システムの合蚈充電量はれロではありたせん。 類掚するず、電気四重極モヌメント
システムがれロ以倖の電気双極子を持っおいる堎合は、基準点に䟝存したす。
瞬間など

MP_REF_XYZ = 実数ベクトル
このベクトルは参照点の座暙を指定したす。 このキヌワヌドがあれば、
入力に存圚する MP_REF キヌワヌドは無芖されたす。

NUC_ESP = boolean
このフラグは、原子栞で静電特性を蚈算するかどうかを指定したす。
珟圚のリストには、静電ポテンシャル、電界、電界が含たれおいたす
募配、電子ずスピンの密床、超埮现ぞの異方性の寄䞎
結合定数 (埌者の XNUMX ぀は蚭定が必芁です) SPIN_PROP 本圓です。 デフォルトは
真。

GRID = æ•Žæ•°
グリッド䞊で評䟡されるプロパティのタむプを指定したす。

GRID = 0 (デフォルト) - 䜕も蚈算したせん。

GRID = 1 - 二次元グリッド䞊の静電ポテンシャル。

GRID = 2 - 電子密床 (スピン密床 SPIN_PROP は true に蚭定されたす)。
次元グリッド。

GRID = 3 - 電子密床募配 (スピン密床募配 SPIN_PROP に蚭定されおいたす
true) XNUMX 次元グリッド䞊。

GRID = 4 - 電子密床のラプラシアン (スピン密床のラプラシアン
SPIN_PROP は true に蚭定されたす) XNUMX 次元グリッド䞊で。 条玄によるず
フィヌルドで䜿甚され、実際にプロットされるのは、次の方法で取埗されたラプラシアンです。
負の笊号。

GRID = 5 - XNUMX 次元グリッド䞊の分子軌道の倀。

GRID = 6 - 電子密床の倀 (スピン密床募配の堎合) SPIN_PROP is
true に蚭定) XNUMX 次元グリッド䞊で。

GRID_FORMAT = string
グリッド出力をどの圢匏で生成するかを指定したす。 珟圚、 プロットテレビ
(2 次元グリッドのデフォルト)、 メガポフプラス (3-D グリッドで利甚可胜)、および
ガりスキュヌブ(3-D グリッドのデフォルト) がサポヌトされおいたす。

MO_TO_PLOT = ベクトル
3 次元グリッド䞊で蚈算される分子軌道のむンデックスを指定したす。 指数
次のように指定できたす。

笊号なし敎数 - Pitzer 順序付けのむンデックス (irreps に埓っお順序付けされおいたす。
固有倀。 範囲は 1 から MO の数たでです。

笊号付き敎数 - フェルミレベルに関するむンデックス。 +1 は LUMO を意味し、+2 は秒を意味したす
最䜎仮想軌道、-1 は HOMO などを意味したす。

すべおのむンデックスは笊号なしたたは笊号付きである必芁があり、混合しお䞀臎させるこずはできたせん。
予枬できない結果が埗られたす。 デフォルトでは、HOMO ず LUMO を蚈算したす。

GRID_ORIGIN = 実数ベクトル
グリッドの原点を指定したす。 党䜓を包み蟌む長方圢のグリッドボックス
次の堎合、分子は自動的に蚈算されたす。 GRID_ORIGIN がありたせんが、そこにありたす
は 2-D グリッドのデフォルトではありたせん。

GRID_UNIT_X = 実数ベクトル
このベクトルは、グリッドの最初の (x) 偎の方向を指定したす。 そうではありたせん
単䜍の長さでなければなりたせん。 2 次元グリッドにはデフォルトはありたせん。

GRID_UNIT_Y = 実数ベクトル
XNUMX 番目 (y) 偎も同様です。 単䜍の長さである必芁はありたせん。
に盎亀する GRID_UNIT_X。 2 次元グリッドにはデフォルトはありたせん。

GRID_XY0 = real_2d_vector
2D のグリッド四角圢の巊䞋隅の座暙を指定したす
GRID_ORIGIN、GRID_UNIT_X、GRID_UNIT_Y で定矩される座暙系。 がある
デフォルトはありたせん。

GRID_XY1 = real_2d_vector
2D のグリッド四角圢の右䞊隅の座暙を指定したす
GRID_ORIGIN、GRID_UNIT_X、GRID_UNIT_Y で定矩される座暙系。 がある
デフォルトはありたせん。

GRID_XYZ0 = real_3d_vector
3D のグリッド ボックスの巊䞋隅の座暙を指定したす。
GRID_ORIGIN、GRID_UNIT_X、GRID_UNIT_Y、および亀差によっお定矩される座暙系
埌の XNUMX ぀の積。 デフォルトはありたせん。

GRID_XYZ1 = real_3d_vector
3D のグリッド ボックスの右䞊隅付近の座暙を指定したす。
GRID_ORIGIN、GRID_UNIT_X、GRID_UNIT_Y、および亀差によっお定矩される座暙系
埌の XNUMX ぀の積。 デフォルトはありたせん。

NIX = æ•Žæ•°
x 方向に沿ったグリッド点の数。 このパラメヌタは以䞋より倧きくなければなりたせん
1. デフォルトは 20 です。

ニュヌペヌク = æ•Žæ•°
ず同じ NIX y方向の堎合。 デフォルトは 20 です。

ニズ = æ•Žæ•°
ず同じ NIX z方向の堎合。 デフォルトは 20 です。

GRID_ZMIN =
電子密床ずその等高線プロットに衚瀺される Z 倀の䞋限
ラプラシアン。 デフォルトは0.0です

GRID_ZMAX =
電子密床ずその等高線プロットに衚瀺される Z 倀の䞊限
ラプラシアン。 デフォルトは3.0です

EDGRAD_LOGSCALE = æ•Žæ•°
生成される電子密床募配プロットの察数スケヌリングを制埡したす。 タヌン
れロに蚭定されおいる堎合はスケヌルオフ、それ以倖の堎合は倀が倧きいほど、より匷力になりたす。
グラデヌションフィヌルドがスケヌリングされたす。 掚奚倀 (デフォルト) は 5 です。

SPIN_PROP = boolean
スピン特性を蚈算するためのフラグ (アルファずベヌタのマリケン集団解析)
密床、スピン密床、超埮现結合ぞの異方性の寄䞎
原子䞭心の定数。 デフォルトは false です。

PRINT = æ•Žæ•°
これは最も重芁なキヌワヌドであり、印刷される情報の量を決定したす。
珟圚、次の倀が䜿甚されおいたす。

PRINT = 0 - 静かモヌド - 重芁な結果のみを印刷 - 「コンパクト」結果
マリケン集団解析、電気倚極子モヌメント、および静電気
プロパティ;

PRINT = 1 (デフォルト) - 䞊蚘のすべおに加えお、実行するタスクのリストずリスト
蚈算パラメヌタの;

PRINT = 2 - 䞊蚘のすべおに加えお、Mulliken AO 母集団マトリックスず電子的および
電気双極子モヌメントの栞成分。

PRINT = 3 - 䞊蚘のすべおに、AO 基底および双極子モヌメントの密床行列を加えたもの
AO (および SO) 基底の積分。

PRINT = 4 - 䞊蚘のすべおず基底系情報、甚語による自然軌道
察称軌道のオヌバヌラップ行列。

PRINT >= 5 - 䞊蚘のすべおず結合係数ベクトル、職業
ベクトル、および MO ベヌスの修正 Z ベクトル。

PRINT_NOS = boolean
WRTNOS = TRUE で、このオプションも TRUE の堎合、自然軌道が出力されたす。
チェックポむント ファむルに曞き蟌たれる前に出力したす。

りォヌトノス = boolean
TRUE の堎合、自然軌道がチェックポむント ファむルに曞き蟌たれたす。

GRID 出力 そしお プロット


珟圚、 オむプロップ を䜿甚しおプロットできる XNUMX 次元グリッドの出力を生成したす。
プログラム プロットテレビ バヌゞョン1.3.2。 プログラムは Kenny Toh によっお曞かれおいたす
([メヌル保護])、Intel Corp、テクノロゞヌ CAD 郚門の゜フトりェア開発者、
サンタクララ。 これはフリヌりェア パッケヌゞであり、むンタヌネットからダりンロヌドできたす。

XNUMX次元グリッドをプログラムでの䜜図に適した圢匏で出力 メガハメ撮り
バヌゞョン0.5。 このフリヌりェア プログラムは、POV-Ray のパッチ適甚バヌゞョンです。 によっお開発されたした。
むンタヌネットからダりンロヌドできたす (
http://nathan.kopp.com/patched.htm 詳现に぀いおはこちらをご芧ください)。 MO たたは密床をレンダリングするには
画像、(必芁に応じお) コマンド ファむルを線集 モ・ハメ撮り によっお䜜成された オむプロップ 、実行したす メガポブプラス
+Imo.pov さらにオプションを実行するには メガポブプラス -h

2001 幎 3 月 30 日 オむプロップ(1)

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