これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド pymvpa2-ofmotionqc です。
プログラム：
NAME
pymvpa2-ofmotionqc - OpenFMRI データセットの大胆な fMRI モーション QC プロット
SYNOPSIS
pymvpa2 モーションQC [- バージョン] [-h] - 道 パス [-t ID] [--estimate-fname NAME]
[- 相対的 REF REF] [--exclude-subjs ID [ID ...]] [-- 見積もり注文 LABEL] [--rad2deg]
[--outlier-minthresh OUTLIER_MINTHRESH] [--outlier-stdthresh OUTLIER_STDTHRESH] [--savefig
セーブフィグ]
DESCRIPTION
OpenFMRI データセットから BOLD fMRI モーション推定の QC プロットを生成します。
生成された Figure は、平行移動用と回転用の XNUMX つのサブプロットで構成されます。
各モーション タイプの L2 ノルムがプロットされます。 実行境界は破線で示されます
垂直線。 次の統計が視覚化されます
1.明るい灰色の影付きの領域を持つ被験者間の範囲（最小、最大）
2. 中程度の灰色の網掛け部分がある平均の 50% パーセンタイル
3. 平均値の標準誤差 (SEM; +/-)、濃い灰色の網掛け部分
4.黒い線で被験者全体の中央値
5.外れ値の被験者は、個々の赤い線で表されます
外れ値は、特定の実行内のどこかでしきい値を超える被験者として定義されます。 の
その場合、その実行のモーション時系列全体が外れ値としてプロットされます。 ID
検出された外れ値はコンソールに出力されます。 これらの ID は考慮されないことに注意してください。
データの欠落または除外された被験者。 ただし、欠落データがなく、除外されていない場合
対象は数値の対象 ID に対応します。
OPTIONS
- バージョン
プログラムのバージョンとライセンス情報を表示して終了します
-h, - 助けて, --ヘルプ-np
このヘルプ メッセージを表示して終了します。 --ヘルプ-np ポケベルの使用を強制的に無効にします
ヘルプを表示するためのものです。
- 道 パス
OpenFMRI データセットのルート ディレクトリへのパス
-t ID、 - 仕事 ID
QC プロットの BOLD fMRI データを含むタスクの ID。 デフォルト: 1
--estimate-fname NAME
各 BOLD タスク実行フォルダー内のモーション推定を含むファイルの名前。 デフォルト：
ボールド_モエスト.txt
- 相対的 参照 参照
すべての推定値を実行 Y のボリューム X の推定値との差として再計算します。
(- 相対的 YX)。 ゼロベースのインデックス！
--exclude-subjs やった ...]
QC 分析から除外する、スペースで区切られた被験者 ID のリスト
-- 見積もり注文 LABEL
ファイル内の推定値の列順。 `transrot` は最初に翻訳を示し、
続いて回転。 「rottrans」は逆順を指します。 デフォルト: 'transrot'
--rad2deg
指定されている場合、回転推定値はラジアンであると想定され、変換されます
度に。
--outlier-minthresh OUTLIER_MINTHRESH
外れ値検出の絶対最小しきい値。 これより大きい値のみ
しきい値は外れ値と見なされます。 デフォルト: なし
--outlier-stdthresh OUTLIER_STDTHRESH
外れ値検出のための標準偏差単位の最小しきい値。 デフォルト：
なし
--savefig セーブフィグ
QC図を保存するファイル名。 デフォルト: なし
onworks.net サービスを使用してオンラインで pymvpa2-ofmotionqc を使用する
