anfo - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

anfo - ຊອກຫາການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ດີທີ່ສຸດຂອງການອ່ານສັ້ນກັບຖານຂໍ້ມູນ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ຂໍ້​ມູນ [ ທາງເລືອກ | ເອກະສານ ... ]

ລາຍລະອຽດ

ຂໍ້​ມູນ ຈັດລໍາດັບ (ສັ້ນ) ການຈັດລໍາດັບການອ່ານໄປຫາຖານຂໍ້ມູນ (ຂະຫນາດ gigabase). ມັນໃຊ້ heuristic
ວິທີການແກ່ນ, ແຕ່ຫຼັງຈາກນັ້ນນໍາໃຊ້ aligner ທີ່ແທ້ຈິງທີ່ອະນຸຍາດໃຫ້ຊ່ອງຫວ່າງ, ເຂົ້າໃຈຄວາມເສຍຫາຍ
ຮູບແບບໃນ dna ວັດຖຸບູຮານແລະຜະລິດເປັນຄະແນນງ່າຍທີ່ຈະຕີຄວາມຫມາຍ.

ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນສາມາດເປັນໄຟລ໌ FastA ຫຼື FastQ, ຫຼືໄຟລ໌ຕົ້ນສະບັບ ຂໍ້​ມູນ ໄຟລ​໌​ຖານ​ສອງ​,
ບີບອັດ optinally ໂດຍໃຊ້ gziporbzip2. ຮູບແບບໄຟລ໌ໄດ້ຖືກຮັບຮູ້ອັດຕະໂນມັດແລະ
ຮູບແບບອື່ນໆອາດຈະຖືກເພີ່ມ.

OPTIONS

-V, - ຫັນ
ພິມໝາຍເລກລຸ້ນ ແລະອອກ.

-o ໄຟລ໌, --output file
ຂຽນຜົນໄດ້ຮັບໃສ່ ເອກະສານ. ເອກະສານ ຈະຖືກຂຽນໄວ້ໃນພາສາພື້ນເມືອງ ຂໍ້​ມູນ ຮູບແບບຖານສອງ, ເຊິ່ງ
ສາ​ມາດ​ດໍາ​ເນີນ​ການ​ໂດຍ​ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ ເຄື່ອງມືຂໍ້ມູນ ຫຼືການຜູກມັດກັບ ຫຼອກລວງ.

-c conffile, --config conffile
ອ່ານການຕັ້ງຄ່າຈາກ conffile. ໄຟລ໌ນີ້ກໍານົດວ່າຕົວຊີ້ວັດໃດຖືກນໍາໃຊ້, ແລະ
ໂດຍສ່ວນຂະຫຍາຍທີ່ genomes ການຈັດຕໍາແຫນ່ງແມ່ນເຮັດ, ຕົວກໍານົດການທີ່ຈະນໍາໃຊ້ໃນ
aligner ແລະສາມາດກໍານົດເສັ້ນທາງ. ເບິ່ງໄຟລ໌ຕົວຢ່າງ.

-p num, --threads num
ເລີ່ມຕົ້ນ num ກະທູ້ສໍາລັບການສອດຄ່ອງ. ຫນຶ່ງໃນກະທູ້ດັ່ງກ່າວຕໍ່ຫຼັກໂຮງງານຜະລິດແມ່ນປົກກະຕິແລ້ວ
ດີ​ທີ່​ສຸດ.

-x num, --ixthreads num
ເລີ່ມຕົ້ນ num ກະທູ້ສໍາລັບການດັດສະນີ. Indexing ປົກກະຕິໃຊ້ພະລັງງານ cpu ຫນ້ອຍກວ່າ
ການຈັດຮຽງ, ດັ່ງນັ້ນຕົວດັດສະນີຫນ້ອຍກວ່າ aligners ປົກກະຕິແມ່ນດີທີ່ສຸດ.

--solxa-scale
ເມື່ອອ່ານໄຟລ໌ FastQ, ໃຊ້ຂະຫນາດ Solexa (log-odds-ratios) ແທນ
ຂະຫນາດ Phread ມາດຕະຖານ (ຄວາມເປັນໄປໄດ້). ຖ້າທ່ານໃຊ້ Solexa/Illumina sequencers,
ອ້າງເຖິງເອກະສານຂອງເຈົ້າບໍ່ວ່າເຈົ້າຕ້ອງການອັນນີ້. ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນເຈົ້າບໍ່.

--fastq-origin
ກໍານົດຕົ້ນກໍາເນີດສໍາລັບການຖອດລະຫັດ FastQ ເປັນ ຄໍາ. ມາດຕະຖານແລະຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 33, ແຕ່ມັນຕ້ອງ
ຖືກຕັ້ງເປັນ 64 ສໍາລັບບາງລຸ້ນຂອງຊອບແວ Solexa/Illumina. ຖ້າທ່ານໃຊ້
ລໍາດັບ Solexa/Illumina, ອ້າງອີງໃສ່ເອກະສານຂອງເຈົ້າບໍ່ວ່າເຈົ້າຕ້ອງການອັນນີ້.
ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນເຈົ້າບໍ່.

-q, --ງຽບ
ສະກັດກັ້ນຜົນຜະລິດທັງຫມົດຍົກເວັ້ນຄວາມຜິດພາດທີ່ຮ້າຍແຮງ.

-v, --verbose
ພິມຕົວຊີ້ບອກຄວາມຄືບໜ້າໃນລະຫວ່າງການດຳເນີນການ.

ENVIRONMENT

ANFO_PATH
Colon ແຍກລາຍຊື່ຂອງໄດເລກະທໍລີທີ່ຊອກຫາໄຟລ໌ genome ແລະດັດຊະນີ.

ໃຊ້ anfo ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net