ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ bed2gff3p ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
ucsc_genes2gff.pl - ປ່ຽນໄຟລ໌ gene format ຂອງ UCSC Genome Browser ເປັນໄຟລ໌ GFF ທີ່ເໝາະສົມ
ສໍາລັບການໂຫຼດເຂົ້າໄປໃນ gbrowse
ສະຫຼຸບສັງລວມ
% uscsc_genes2gff.pl [ຕົວເລືອກ] ucsc_file1 ucsc_file2...
ຕົວເລືອກ:
-src ເລືອກແຫຼ່ງທີ່ມາຂອງ gene, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ "UCSC"
- ຕົ້ນກໍາເນີດ ເລືອກຕໍາແຫນ່ງທີ່ສົມທຽບກັບຕົວເລກຈາກ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ແມ່ນ "1"
ລາຍລະອຽດ
script ນີ້ນວດໄຟລ໌ gene ທີ່ມີຢູ່ຈາກ "ຕາຕະລາງ" link ຂອງ genome UCSC
browser (genome.ucsc.edu) ເຂົ້າໄປໃນແບບຟອມທີ່ເຫມາະສົມສໍາລັບການໂຫຼດ gbrowse. ຄໍາເຕືອນ: ມັນພຽງແຕ່
ເຮັດວຽກກັບຕາຕະລາງ gene. ຕາຕະລາງອື່ນໆ, ເຊັ່ນ: ການຈັດຮຽງ EST, contours ແລະ repeats,
ມີຮູບແບບຂອງຕົນເອງທີ່ຈະຕ້ອງການສະຄິບອື່ນເພື່ອວິເຄາະ.
ເພື່ອໃຊ້ສະຄຣິບນີ້, ໃຫ້ເອົາຕາຕະລາງ UCSC ໜຶ່ງ ຫຼືຫຼາຍອັນ, ບໍ່ວ່າຈະຈາກລິ້ງ "Tables" ຢູ່ໃນ
ຕົວທ່ອງເວັບ, ຫຼືຈາກເວັບໄຊທ໌ UCSC Genome Browser FTP. ໃຫ້ໄຟລ໌ຕາຕະລາງເປັນການໂຕ້ຖຽງກັບ
script ນີ້. ທ່ານອາດຈະຕ້ອງການໃຫ້ພາກສະຫນາມ "ແຫຼ່ງ" ທາງເລືອກ. ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນນີ້
script ເລີ່ມຕົ້ນເປັນ "UCSC".
% pucsc_genes2gff.pl -src RefSeq refseq_data.ucsc > refseq.gff
ໄຟລ໌ GFF ທີ່ໄດ້ຮັບຜົນຫຼັງຈາກນັ້ນສາມາດຖືກໂຫລດເຂົ້າໄປໃນຖານຂໍ້ມູນ Bio::DB::GFF ໂດຍໃຊ້ຕໍ່ໄປນີ້
ຄໍາສັ່ງ:
% bulk_load_gff.pl -d refseq.gff
ໃຊ້ bed2gff3p ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
