blastclust - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

blastclust - ການຈັດກຸ່ມເຊື່ອມຕໍ່ດຽວໂດຍອີງໃສ່ຄະແນນ BLAST

ສະຫຼຸບສັງລວມ

blastclust [-] [-C] [-L X] [-S X] [-W N] [-a N] [-b F] [-c ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-d ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-e F]
[-i ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-l ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-o ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-p F] [-r ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-s ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ]
[-v [ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ]]

ລາຍລະອຽດ

blastclust ອັດຕະໂນມັດແລະລະບົບຈັດກຸ່ມທາດໂປຼຕີນຫຼື DNA ລໍາດັບໂດຍອີງໃສ່
ການຈັບຄູ່ຄູ່ທີ່ພົບເຫັນໂດຍໃຊ້ BLAST algorithm ໃນກໍລະນີຂອງທາດໂປຼຕີນຫຼື Mega BLAST
ສູດການຄິດໄລ່ສໍາລັບ DNA. ໃນກໍລະນີສຸດທ້າຍ, ການຄົ້ນຫາ Mega BLAST ດຽວແມ່ນປະຕິບັດສໍາລັບທັງຫມົດ
ລໍາດັບລວມກັນກັບຖານຂໍ້ມູນທີ່ສ້າງຂຶ້ນຈາກລໍາດັບດຽວກັນ. blastclust ພົບ
ຄູ່ຂອງລໍາດັບທີ່ມີການຈັບຄູ່ທີ່ສໍາຄັນທາງສະຖິຕິແລະຈັດກຸ່ມໃຫ້ເຂົາເຈົ້ານໍາໃຊ້
ການເຊື່ອມໂຍງແບບກຸ່ມ.

OPTIONS

ສະຫຼຸບຂອງທາງເລືອກແມ່ນລວມຢູ່ຂ້າງລຸ່ມນີ້.

- ພິມຂໍ້ຄວາມການນໍາໃຊ້

-C ສຳເລັດການຈັດກຸ່ມທີ່ຍັງບໍ່ທັນສຳເລັດ

-L X ເກນຄວາມຍາວຂອງການຄຸ້ມຄອງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 0.9)

-S X ເກນການຄອບຄຸມຄະແນນ (ຄະແນນບິດ / ຄວາມຍາວຖ້າ < 3.0, ເປີເຊັນຂອງຕົວຕົນ
ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນ; ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 1.75)

-W N ໃຊ້ຄໍາສັບຂອງຂະຫນາດ N (ຄວາມຍາວຂອງການຈັບຄູ່ທີ່ສົມບູນແບບທີ່ສຸດ; ເລກສູນຮຽກຮ້ອງພຶດຕິກຳເລີ່ມຕົ້ນ: 3
ສໍາລັບທາດໂປຼຕີນ, 32 ສໍາລັບ nucleotides)

-a N ຈໍານວນ CPU ທີ່ຈະໃຊ້ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 1)

-b F ບໍ່ຮຽກຮ້ອງໃຫ້ມີການຄຸ້ມຄອງທັງສອງປະເທດເພື່ອນບ້ານ

-c ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ອ່ານຕົວເລືອກຂັ້ນສູງຈາກໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າ ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ

-d ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ປ້ອນຂໍ້ມູນເປັນຖານຂໍ້ມູນ

-e F ປິດການແຍກ id ໃນການຈັດຮູບແບບຖານຂໍ້ມູນ

-i ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ FASTA (ໂຄງການຈະຈັດຮູບແບບຖານຂໍ້ມູນແລະເອົາໄຟລ໌ອອກໃນທີ່ສຸດ;
default = stdin)

-l ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ຈໍາ​ກັດ​ການ reclusting ກັບ​ລາຍ​ການ id ໃນ​ ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ

-o ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດສໍາລັບບັນຊີລາຍຊື່ຂອງກຸ່ມ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = stdout)

-p F ການປ້ອນຂໍ້ມູນແມ່ນ nucleotides, ບໍ່ແມ່ນທາດໂປຼຕີນ.

-r ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ຟື້ນຟູປະເທດເພື່ອນບ້ານສໍາລັບການ reclustering ຈາກ ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ

-s ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ຊ່ວຍປະຢັດເພື່ອນບ້ານທັງຫມົດເພື່ອ ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ

-v [ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ]
ພິມຂໍ້ຄວາມຄວາມຄືບຫນ້າ verbose (ເຖິງ ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ)

ໃຊ້ blastclust ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net