ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ bp_pairwise_kaksp ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
bp_pairwise_kaks - ສະຄຣິບເພື່ອຄິດໄລ່ຄູ່ Ka,Ks ສໍາລັບຊຸດຂອງລໍາດັບ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
bp_pairwise_kaks.PLS -it/data/worm_fam_2785.cdna [-f fasta/genbank/embl...] [-msa
tcoffee/clustal] [-kaks yn00/codeml]
ລາຍລະອຽດ
ສະຄຣິບນີ້ຈະໃຊ້ເວລາເປັນຊຸດຂໍ້ມູນຂອງລໍາດັບ cDNA ຢືນຢັນ
ວ່າພວກມັນມີ codons ທີ່ບໍ່ມີຢຸດ, ຈັດວາງພວກມັນຢູ່ໃນພື້ນທີ່ທາດໂປຼຕີນ,
ຄາດຄະເນການສອດຄ່ອງກັບຄືນໄປບ່ອນ cDNA ແລະຄາດຄະເນ Ka
(non-synonymous) ແລະ Ks (synonymous) ການທົດແທນໂດຍອີງໃສ່ ML
ວິທີການ Yang ກັບຊຸດ PAML.
ຕ້ອງການ:
* ຊຸດ bioperl-ແລ່ນ
* PAML program codeml ຫຼື yn00
* ການຈັດລໍາດັບຫຼາຍໂຄງການ Clustalw ຫຼື T-Coffee
ມັກຈະມີຕົວກໍານົດການສະເພາະທີ່ທ່ານຕ້ອງການທີ່ຈະດໍາເນີນການໃນເວລາທີ່ທ່ານ
ອັດຕາສ່ວນ Ka/Ks ຄອມພິວເຕີສະນັ້ນພິຈາລະນາ script ນີ້ເປັນຈຸດເລີ່ມຕົ້ນແລະ
ຢ່າອີງໃສ່ມັນສໍາລັບທຸກໆສະຖານະການ.
ການຕອບຮັບ
ທາງໄປສະນີ ລາຍການ
ຄວາມຄິດເຫັນຂອງຜູ້ໃຊ້ແມ່ນສ່ວນຫນຶ່ງທີ່ສໍາຄັນຂອງການວິວັດທະນາການນີ້ແລະໂມດູນ Bioperl ອື່ນໆ. ສົ່ງ
ຄໍາເຫັນແລະຄໍາແນະນໍາຂອງທ່ານມັກກັບບັນຊີລາຍການທາງໄປສະນີ Bioperl. ການມີສ່ວນຮ່ວມຂອງທ່ານ
ໄດ້ຮັບການຍົກຍ້ອງຫຼາຍ.
[email protected] - ສົນທະນາທົ່ວໄປ
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - ກ່ຽວກັບລາຍຊື່ທາງໄປສະນີ
ການລາຍງານ ແມງໄມ້
ລາຍງານຂໍ້ບົກພ່ອງກັບລະບົບການຕິດຕາມແມງໄມ້ Bioperl ເພື່ອຊ່ວຍໃຫ້ພວກເຮົາຕິດຕາມແມງໄມ້ແລະພວກມັນ
ຄວາມລະອຽດ. ບົດລາຍງານ bug ສາມາດໄດ້ຮັບການສົ່ງຜ່ານເວັບໄຊຕ໌:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
ໃຊ້ bp_pairwise_kaksp ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
